目的應用生物信息學分析的方法探討特發(fā)性肺間質(zhì)纖維化(IPF)中差異表達的長鏈非編碼RNA(lncRNAs)及轉(zhuǎn)錄因子(TFs)。方法從NCBI基因表達芯片數(shù)據(jù)庫(GEO)下載與IPF相關的三個基因表達譜(GSE2052、GSE44723以及GSE24206),根據(jù)NCBI Gene數(shù)據(jù)庫及GENCODE v7數(shù)據(jù)庫的基因注釋信息,將下載的數(shù)據(jù)進行注釋合并。然后應用R軟件(3.6.0版本)的limma包,篩選出差異表達的基因(表達倍數(shù)>1或<–1,且P<0.05),并構建基因表達相關網(wǎng)絡,采用R軟件clusterProfiler包對差異表達的lncRNA及TFs進行功能富集分析,以推測其生物學功能。應用實時熒光定量聚合酶鏈反應驗證篩選基因在IPF患者中的表達。結(jié)果篩選出8 483個差異表達的基因,其中3個GEO數(shù)據(jù)集中共有29個共同差異表達的基因,采用功能及通路富集分析注釋差異表達的基因,通過蛋白質(zhì)–蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡獲得18個模塊,主要涉及多聚泛素、高爾基小囊泡轉(zhuǎn)運、胞內(nèi)吞等功能。采用超幾何檢驗的方法獲得IPF中差異表達的lncRNAs和TFs,并且相應的基因主要涉及泛素...

【文章頁數(shù)】：9 頁


本文編號：3746336