感染高危人乳頭狀瘤病毒(HPV)是宮頸癌發(fā)生的必要因素。目前宮頸癌治療手段以毀損性手術(shù)為主,缺乏特效的阻斷方法。臨床檢測(cè)僅覆蓋23種亞型,占現(xiàn)存亞型10%,而且存在假陽(yáng)性率和漏診率問(wèn)題。高通量測(cè)序技術(shù)產(chǎn)生的海量基因組大數(shù)據(jù)為HPV病毒的預(yù)防控制研究帶來(lái)新契機(jī)。本文介紹一種易于使用的基于大數(shù)據(jù)挖掘技術(shù)的HPV病毒基因組分析與信息可視化流程框架。通過(guò)用比較基因組學(xué)分析方法構(gòu)建的計(jì)算流程,實(shí)現(xiàn)了對(duì)HPV病毒基因組進(jìn)行全基因組與關(guān)鍵核心基因組進(jìn)化分析,并且可以對(duì)致病危險(xiǎn)性較為明確毒株的關(guān)鍵核心基因氨基酸序列進(jìn)行分類(lèi)比較分析。通過(guò)對(duì)基因組大數(shù)據(jù)的有效挖掘分析,來(lái)探究HPV病毒基因組的核酸/氨基酸分子水平結(jié)構(gòu)和氨基酸分類(lèi)的偏好表達(dá)模式,與HPV病毒亞型分化和致病危險(xiǎn)性的關(guān)系,為新發(fā)和未知的HPV病毒的快速確認(rèn)提供必要的數(shù)據(jù)和證據(jù)支持,為臨床宮頸癌的早期預(yù)防和診斷提供理論依據(jù)。

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【部分圖文】：

圖3 42個(gè)參比HPV毒株的關(guān)鍵核心基因組進(jìn)化樹(shù)與其氨基酸分類(lèi)熱圖對(duì)應(yīng)關(guān)系圖

圖242個(gè)HPV參比毒株在目前現(xiàn)存的298株HPV全基因組進(jìn)化樹(shù)上的分布情況3.氨基酸分類(lèi)比較分析:

圖1 HPV基因組數(shù)據(jù)挖掘分析框架流程圖

HPV基因組數(shù)據(jù)挖掘分析包含3個(gè)步驟(圖1):(1)數(shù)據(jù)預(yù)處理:從搜集HPV基因組數(shù)據(jù)最全面的genBank(genBank[http://www.ncbi.nih.gov/nucleotide/SRA/genBank]數(shù)據(jù)庫(kù)下載所有病毒類(lèi)基因組數(shù)據(jù)作為原始數(shù)據(jù)。采用Perl5....

圖2 42個(gè)HPV參比毒株在目前現(xiàn)存的298株HPV全基因組進(jìn)化樹(shù)上的分布情況

包括全基因組進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析和關(guān)鍵核心基因組進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析兩部分內(nèi)容。（1）用全基因組進(jìn)化樹(shù)構(gòu)建與分析:通過(guò)毒株在進(jìn)化樹(shù)上的位置,預(yù)測(cè)不同亞型毒株間親緣性和潛在危險(xiǎn)性,輔助新發(fā)或未知HPV病毒的分型鑒定。將預(yù)處理后的序列輸入Dnasp軟件計(jì)算同義替換率Ka/Ks均值,如果該值遠(yuǎn)....

本文編號(hào)：4040283