研究背景及目的乙肝病毒(hepatitis B virus,HBV)感染,是造成慢性肝臟疾病的重要原因之一。全球因乙肝病毒感染死亡的病例中,大部分是由于乙型肝炎導(dǎo)致的肝硬化和肝癌。HBV感染目前依然是全球重要的公共衛(wèi)生問題。乙肝病毒可以通過母嬰傳播從孕婦傳染至胎兒或新生兒。即使目前已有阻斷劑來阻斷母嬰傳播,仍有1%-9%的新生兒會通過這種途徑(尤其是宮內(nèi)感染)感染病毒,同時這些新生兒因體內(nèi)免疫系統(tǒng)功能發(fā)育尚未完全,不能自動清除病毒而轉(zhuǎn)化為慢性感染,這可能對其生長發(fā)育,尤其是肝功能,造成嚴(yán)重影響。大多數(shù)研究表明,DNA甲基化可能介導(dǎo)了產(chǎn)前這一重要時期孕婦的不良暴露(如吸煙、抑郁等)與新生兒發(fā)育之間的關(guān)聯(lián)。產(chǎn)前HBV感染與新生兒的生長發(fā)育狀態(tài)有關(guān),然而在未對出生結(jié)局造成影響的前提下,產(chǎn)前HBV感染與胎兒臍帶血DNA甲基化變化的關(guān)聯(lián)尚未可知。本研究結(jié)合流行病學(xué)和生物信息學(xué)的方法,開展產(chǎn)前乙肝病毒感染與胎兒臍帶血DNA甲基化的關(guān)聯(lián)性分析。研究方法采用巢式病例對照的研究方法,我們在前期于廈門市蓮花醫(yī)院建立了含有1064對母嬰的隊列,其中共有179例孕婦感染HBV,34例孕婦的胎兒亦感染HBV。本研...

【文章頁數(shù)】：93 頁

【學(xué)位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖１．１芯片質(zhì)量控制：Ａ．染色質(zhì)控；Ｂ．雜交質(zhì)控；Ｃ．單堿延伸步驟質(zhì)控；Ｄ．殘??留減基質(zhì)控??

芯片完成掃描檢測后，將芯片掃描的圖像文件（．ｉｄａｔ）導(dǎo)入至Ｒ軟件后轉(zhuǎn)化??為數(shù)據(jù)文件。在展開數(shù)據(jù)分析前，需對檢測的原始數(shù)據(jù)（ｒａｗ?ｄａｔａ）進(jìn)行質(zhì)量評??估。質(zhì)量控制通過ＲｎＢｅａｄｓ軟件包實現(xiàn)。圖１．１表示了芯片四種質(zhì)控指標(biāo)的結(jié)果。??圖１．１?Ａ中，紅色和綠色信號通道中的....

圖１．２樣本的背景信號值（Ｎ＝２４）??數(shù)據(jù)過濾采用ｍｉｎｆｉ軟件包，過濾出ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ?ｐ－ｖａｌｕｅ＞?０．０５、具有已知ＳＮＰ??

差異最大的前１０００個位點的平均甲基化率做差異性檢驗（基于Ｍ值），得到的??Ｐ值越小，說明該因素造成的偏倚越大，而校正后的數(shù)據(jù)進(jìn)行分析后得到Ｐ值變??大，則說明該因素造成的偏倚得到了較好的控制。如圖１．３，我們首先根據(jù)樣本??所在的板編號（Ｃｈｉｐｌ和Ｃｈｉｐ２）對數(shù)據(jù)做ＭＤＳ圖....

圖１．３樣本的位置和原始分組的ＭＤＳ圖

??（圖１．３續(xù)圖）??＾?．．．?”。１??？?？〇〇－??？?Ｓｔａｔｕ??？?Ｃａ％ｔ??蟲?Ｃｏａｌｒｏｌ??泰?？?Ｓｔａｔｕ??Ｈｙｂｎｄｉｕｂｏａ?Ｂａｔｃｈ?？?▲?＊?？?Ｃａｓｅ??＃?＾?Ｋ?，?〇－?？?？?？?▲惠?矗?Ｃｏｎｔｒｏｌ??．?‘‘二?：：....

圖１．４全基因組（Ｎ＝４６４，８６７）和區(qū)域ＤＮＡ甲基化水平

我們以位點所在的染色體為橫坐標(biāo)，位點甲基化差異分析的調(diào)整ｐ值為縱坐標(biāo)，??對４６４，８６７個ＣｐＧ位點做曼哈頓圖。從中可以看出，調(diào)整ｐ值小于０．０５的位點??幾乎平均分布在各染色體上（圖１．４Ｆ）。??表１．４不同基因結(jié)構(gòu)分區(qū)和ＣｐＧ?Ｉｓｌａｎｄ結(jié)構(gòu)分區(qū)的平均甲基化水平ａ??基....

本文編號：4005569