目的探究子宮內(nèi)膜異位癥中差異表達基因(DEGs)及其功能,篩選潛在的生物標志物和候選治療藥物。方法磁珠分選異位內(nèi)膜和正常內(nèi)膜組織中的基質(zhì)細胞進行基因表達譜分析;結(jié)合GEO數(shù)據(jù)庫中可獲取的同平臺同類芯片數(shù)據(jù),利用limma軟件包和經(jīng)驗貝葉斯方法篩選DEGs,并進行GO和KEGG富集分析;查詢STRING數(shù)據(jù)庫,進行PPI互作網(wǎng)絡(luò)分析,篩選核心致病基因;再檢索CMAP數(shù)據(jù)庫,篩得類藥物小分子。結(jié)果 869個基因在異位內(nèi)膜中表達有顯著差異,其中17個上調(diào)表達,852個下調(diào)表達;GO富集分析顯示DEGs多調(diào)控受體配體活性、通道活性和被動跨膜轉(zhuǎn)運蛋白活性等功能;KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)DEGs多介導神經(jīng)活性配體-受體相互作用通路、細胞因子-細胞因子受體相互作用通路和IL-17信號通路等通路;PPI網(wǎng)絡(luò)表明FPR2、SAA1、RLN3、CXCL8、FPR1、PF4、CCR7和CXCL5共8個基因是核心致病基因;經(jīng)CMAP數(shù)據(jù)庫分析認為硫代羅寧和氟硝利嗪可能具有治療內(nèi)異癥的潛在價值。結(jié)論 FPR2、SAA1、RLN3、CXCL8、FPR1、PF4、CCR7和CXCL5共8個基因是子宮內(nèi)膜異位癥潛在的生物...

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圖2差異基因的功能注釋和通路富集分析

圖1差異基因的篩選和聚類分析2.4與內(nèi)異癥疾病相關(guān)的類藥物小分子的篩選

圖1差異基因的篩選和聚類分析

為深入挖掘異位內(nèi)膜組織中核心的致病基因和潛在的生物標志物,將全部差異基因輸入STRING數(shù)據(jù)庫預測它們之間的相互作用網(wǎng)絡(luò)。見圖3A。根據(jù)各網(wǎng)絡(luò)節(jié)點的度(degree,表示網(wǎng)絡(luò)中和節(jié)點相連路線的條數(shù))篩選出與其他節(jié)點蛋白相關(guān)性最強的8個核心基因,包括甲酰肽受體2(formylpe....

圖3核心差異基因的篩選及表達差異分析

為尋找治療內(nèi)異癥的候選藥物小分子,并為進一步實驗驗證提供理論依據(jù),將異位內(nèi)膜組織的差異基因表達譜與CMAP數(shù)據(jù)庫進行比對。包括Prestwick-692、硫代羅寧、氟硝利嗪、苯海索和喹吡羅在內(nèi)的5個小分子化合物與內(nèi)異癥的關(guān)聯(lián)性最強(表3)。其中,硫代羅寧和氟硝利嗪與病灶中的差異基....

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