目的利用公共平臺的子宮內(nèi)膜癌芯片數(shù)據(jù)篩選子宮內(nèi)膜癌相關基因。方法下載GEO數(shù)據(jù)庫的子宮內(nèi)膜癌數(shù)據(jù)集GSE17025和GSE39099,篩選差異表達基因,利用DAVID軟件對差異表達基因進行GO和KEGG信號通路富集分析。利用STRING在線工具對差異表達編碼蛋白進行蛋白-蛋白相互作用網(wǎng)絡分析,并采用Cytoscape進行可視化以及核心模塊和關鍵基因的挖掘。結(jié)果初步篩選出子宮內(nèi)膜癌相關上調(diào)基因101個,下調(diào)基因128個。上調(diào)基因主要位于胞核,富集于細胞增殖、蛋白質(zhì)結(jié)合、細胞周期信號通路,下調(diào)基因主要位于胞外區(qū)域,富集于藥物反應、金屬離子結(jié)合、cAMP信號通路。成功構(gòu)建差異表達基因編碼蛋白的相互作用網(wǎng)絡,利用MCODE算法篩選了兩個核心模塊,其中關鍵基因為DEPDC1和CXCL8。通過TCGA數(shù)據(jù)庫的數(shù)據(jù)證實,兩個關鍵基因均在子宮內(nèi)膜癌中表達升高（P<0.05）,且對患者的生存率有顯著影響（P<0.05）。結(jié)論利用公共數(shù)據(jù)平臺的子宮內(nèi)膜癌多組芯片數(shù)據(jù),篩選出兩個關鍵基因DEPDC1和CXCL8,可能在子宮內(nèi)膜癌中發(fā)揮著重要作用,為子宮內(nèi)膜癌新的診斷標志物和治療靶點篩選提供新思路... 

【文章來源】：遵義醫(yī)科大學學報. 2020,43(04)

【文章頁數(shù)】：7 頁

【部分圖文】：

共同DEGs的GO分析

共同DEGs的PPI網(wǎng)絡納入了142個node(基因)和498條edge(相互作用),其中表達上調(diào)的基因有74個,表達下調(diào)的基因有68個(見圖3A)。使用Cytoscape 3.7.1里的MCODE模塊對PPI網(wǎng)絡進一步分析,結(jié)果顯示在142個結(jié)點中,構(gòu)成了兩個核心模塊。核心模塊1有26個核心結(jié)點,即包括26個核心基因和304條相互作用關系(MCODE score = 24.32),且26個核心基因均為表達上調(diào)的基因(見圖3B)。核心模塊2有6個核心節(jié)點,即包括6個核心基因和12條相互作用關系(MCODE score = 4.8),其中有3個核心基因在子宮內(nèi)膜癌中表達上調(diào),3個核心基因在子宮內(nèi)膜癌中表達下調(diào)(見圖3C)。根據(jù)MCODE算法構(gòu)建的基因模塊中,擴展出基因模塊的種子節(jié)點位置基因,即為關鍵基因,模塊1中關鍵基因為含DEP 結(jié)構(gòu)域的蛋白質(zhì)1(DEP domain containing 1,DEPDC1),模塊2中的關鍵基因為趨化因子C-X-C基序配體8(C-X-C motif chemokine ligand 8,CXCL8)。2.4 關鍵基因的表達與子宮內(nèi)膜癌患者的預后分析

差異表達基因篩選結(jié)果如圖1A、B所示,對于數(shù)據(jù)集GSE17025,有2462個差異基因,其中1010個基因表達上調(diào),1452個基因表達下調(diào);對于數(shù)據(jù)集GSE39099,有1488個差異基因,其中801個基因表達上調(diào),687個基因表達下調(diào)。分別對表達上調(diào)的基因和表達下調(diào)的基因取交集,兩個數(shù)據(jù)集中共同上調(diào)的基因有101個,共同下調(diào)的基因有128個(見圖1,表2)。表2 數(shù)據(jù)集GSE17025和GSE39099的差異表達基因(DEGs) DEGs 基因名稱 上調(diào) CD44 LOC100129518///SOD2 AQP9 RAB3IP CEACAM6 MREG C5orf24 WFDC5 BIRC5 WHSC1 MIR6787///SLC16A3 KLF16 FOXM1 CHST15 TFCP2L1 CHEK1 ARFGEF3 KIF11 DENND1A PRMT2 AIM1L CDC6 MYO10 ENAH CEP85 CXCL8 ABCC4 GANC AURKB TNFAIP6 MTHFD2 POC1A FANCA RIF1 SCD MARVELD3 SPP1 DDX52 KIF2C ARFGEF2 MCM10 IL18 TICRR RNFT2 TYMS VDAC1 DLEU2 STYX TRIM14 VPS53 POLQ S100A11 STAT1 TMPRSS2 MMP12 SLC2A1 ECT2 DEPDC1 IVNS1ABP ASPM BRCA2 CD24 FUT3 CFL1 CEP55 HK2 RRM2 TOP2A ERO1A RTCA MSI2 PAFAH1B2 SLC41A2 ST14 ESYT2 DLGAP5 HJURP ESCO2 MKI67 NHSL1 ZMYND11 ELF5 CENPI CDCP1 CASC7///AGO2 SIX1 STC2 SNTB1 UBE3C LMNA LIMK1 LHX2 C1orf116 TTK NCAPG IWS1 VAV3 NUSAP1 SLC6A10PB///SLC6A10P///SLC6A8 CDC25A 下調(diào) TRAF3IP2-AS1 KCNMA1 SLC6A2 NAALAD2 CHRDL1 RBFOX3 SYNPO2 KIAA1210 TIMP3 PLN SRRM4 LOC101927668 LTBP4 ZBTB38 USP7 BCHE PDZRN3 ZNF334 LOC100272217 PCDH18 CYAT1///IGLV1-44///IGLC1 LOC100507311 GPR22 TRH OLFM1 NDNF FHL1 LINC00938 GNAO1 PRND PGM5-AS1 ABCA8 RORB OMD TMEM132C RAMP1 PAGE4 ASPA CCL15-CCL14///CCL14 GLI1 LOC101060391 CYB561D2 ZNF781 PDS5B ZNF546 ABI3BP TUB TRPC1 SNCA ENPP2 LINC01122 PTCH1 MEIS3 NTRK3 LOC100506558///MATN2 SSBP2 RERGL DPP6 VIPR2 ANGPTL1 EFEMP1 IHH CACNA1D LOC100505851 ADGRD1 MYLIP KIF26A ECM2 ANO4 OGN HTR2B ATP1A2 METAP1D KIAA1644 SEPP1 SDPR LINC00899 STARD10 MTMR9LP LIFR DENND1B CXorf57 LOC101928307 HOXD10 MAGI2 TNXB///TNXA LEPROT///LEPR MEOX2 CXCL12 FBXL22 PDE5A C16orf89 DNAJC27 PCDH10 LINC00957 ADIRF TCTE3 RHOJ GPRASP1 THRA LOC101928635///ALDH1A2 PEG3 TTN TGFBR3 ADH1B ACACB PKDCC CCDC171 CLDN8 CCBE1 ADAMTS9-AS2 TAPT1 ATP8A2 CALD1 TLE4 FREM1 DCN GDF7 EMILIN3 MAMDC2 BNC2 LINC01354 LOC101928910///FAM66C LOC283713///OTUD7A COL6A6 GULP1 CARMN///MIR145


本文編號：3600294