COL8A1表達(dá)與上皮性卵巢癌進(jìn)展和預(yù)后關(guān)系分析
發(fā)布時(shí)間：2021-10-20 10:26
目的上皮性卵巢癌（epithelial ovarian cance,EOC）通常發(fā)現(xiàn)時(shí)已為晚期,死亡率高,其潛在分子機(jī)制尚不清楚。本研究旨在通過生物信息學(xué)分析闡明COL8A1與EOC進(jìn)展和預(yù)后的關(guān)系。方法從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（gene expression omnibus,GEO）下載基因表達(dá)譜GSE49997,鑒定EOC進(jìn)展中的候選基因。檢測EOC患者的組織樣本204份,以識(shí)別差異表達(dá)基因（differentially glycol sucinate,DEGs）,然后進(jìn)行生存、獨(dú)立預(yù)后和臨床相關(guān)性分析,進(jìn)一步篩選出40個(gè)基因表達(dá)差異基因。利用互作基因檢索（search tool for recurring instances of neighbouring genes,STRING）數(shù)據(jù)庫檢索工具構(gòu)建蛋白-蛋白互作網(wǎng)絡(luò)（protein&protein interaction,PPI）。采用Cytoscape的MCODE插件進(jìn)行基因功能模塊分析并驗(yàn)證所篩選Hub基因。對Hub基因進(jìn)行獨(dú)立預(yù)后分析和臨床相關(guān)性分析,再進(jìn)行功能富集分析,包括基因本體論（gene ontology,G...
【文章來源】：社區(qū)醫(yī)學(xué)雜志. 2020,18(22)
【文章頁數(shù)】：7 頁
【部分圖文】：
差異基因的熱圖及火山圖
圖2 ACTA2和COL8A1高表達(dá)組及低表達(dá)組生存曲線基質(zhì)成分與細(xì)胞黏附受體相互結(jié)合形成一個(gè)復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)，細(xì)胞生活在其所有組織和器官中。細(xì)胞表面受體將信號從ECM轉(zhuǎn)換為細(xì)胞，從而調(diào)節(jié)多種細(xì)胞功能，如存活、生長、遷移和分化，并且對于維持正常的體內(nèi)平衡至關(guān)重要。ECM是一種高度動(dòng)態(tài)的結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)，在正常和病理狀態(tài)下不斷經(jīng)歷由幾種基質(zhì)降解酶介導(dǎo)的重塑。ECM組成和結(jié)構(gòu)失調(diào)與幾種病理狀況的發(fā)生和發(fā)展有關(guān)[23]。本研究通過生物信息學(xué)方法，分析發(fā)現(xiàn)COL8A1過表達(dá)與EOC進(jìn)展密切相關(guān)。此外，根據(jù)GEO數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)，COL8A1在EOC組織中高表達(dá)水平可能導(dǎo)致EOC患者預(yù)后不良，COL8A1表達(dá)水平高的患者總體生存期和疾病進(jìn)展生存期顯著縮短。
目前，基因芯片技術(shù)已在基因表達(dá)、基因分類、早期診斷、預(yù)后評估和藥物開發(fā)等方面廣泛應(yīng)用。因此，GEO數(shù)據(jù)庫提供了一個(gè)理想的平臺(tái)，可用來挖掘數(shù)據(jù)以解決更多問題，包括卵巢癌的進(jìn)展、復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移機(jī)制[17]。本研究通過挖掘GES49997卵巢癌數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)譜，按照篩選標(biāo)準(zhǔn)，篩選出40個(gè)差異基因（38個(gè)上調(diào)，2個(gè)下調(diào)），在這些差異基因中，COL8A1與臨床特征相關(guān)性最高。通過Cytoscape分析發(fā)現(xiàn)，Hub基因包含COL12A1、TIMP3、COL11A1、COL5A2、POSTN、COL3A1、LUM、COL8A1、COL5A1和TH-BS2。COL8A1已被各種研究報(bào)道，Nguyen等[18]研究指出，COL8A1編碼能夠調(diào)節(jié)不同細(xì)胞的增殖、黏附和遷移。Koon等[19]研究結(jié)果顯示，根據(jù)COL8A1的表達(dá)譜，成功地將一些胃腸道間質(zhì)瘤分成不同的腫瘤特征組。Vilkeviciute等[20]研究報(bào)道，COL8A1的變體與年齡相關(guān)性黃斑變性發(fā)育之間存在密切關(guān)聯(lián)。陳健[21]研究發(fā)現(xiàn)，COL8A1可能通過激活PI3K/AKT信號通路促進(jìn)胃癌細(xì)胞的增殖、侵襲與遷移，抑制胃癌細(xì)胞的凋亡，影響胃癌細(xì)胞的周期分布。鄒小平[22]研究結(jié)果表明，COL8A1過表達(dá)能促進(jìn)MDA-MB-231細(xì)胞增殖，并且發(fā)現(xiàn)氯化兩面針堿可能通過下調(diào)COL8A1mRNA表達(dá)抑制乳腺癌細(xì)胞MDA-MB-231生長及增殖。因此，本研究將COL8A1最終選為分析的基因，GO功能分析結(jié)果顯示，COL6A2、EMILIN1、TNC、COMP、COL8A1、COL1A1、FBLN1和MFAP4參與細(xì)胞外基質(zhì)（extra cellular matrix,ECM）的結(jié)構(gòu)組成，ECM是由膠原蛋白、蛋白聚糖/糖胺聚糖、彈性蛋白、纖連蛋白、層粘連蛋白和其他幾種糖蛋白組成的非細(xì)胞三維高分子網(wǎng)絡(luò)。圖3 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及模塊分析
【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]基于基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)篩選胃癌新的關(guān)鍵基因及COL8A1表達(dá)與胃癌的關(guān)系[D]. 陳健.山東大學(xué) 2019
碩士論文
[1]氯化兩面針堿對乳腺癌MDA-MB-231細(xì)胞的抑制作用及其通過COL8A1抗乳腺癌的初步探索[D]. 鄒小平.廣西醫(yī)科大學(xué) 2019
本文編號：3446743
【文章來源】：社區(qū)醫(yī)學(xué)雜志. 2020,18(22)
【文章頁數(shù)】：7 頁
【部分圖文】：
差異基因的熱圖及火山圖
圖2 ACTA2和COL8A1高表達(dá)組及低表達(dá)組生存曲線基質(zhì)成分與細(xì)胞黏附受體相互結(jié)合形成一個(gè)復(fù)雜的網(wǎng)絡(luò)，細(xì)胞生活在其所有組織和器官中。細(xì)胞表面受體將信號從ECM轉(zhuǎn)換為細(xì)胞，從而調(diào)節(jié)多種細(xì)胞功能，如存活、生長、遷移和分化，并且對于維持正常的體內(nèi)平衡至關(guān)重要。ECM是一種高度動(dòng)態(tài)的結(jié)構(gòu)網(wǎng)絡(luò)，在正常和病理狀態(tài)下不斷經(jīng)歷由幾種基質(zhì)降解酶介導(dǎo)的重塑。ECM組成和結(jié)構(gòu)失調(diào)與幾種病理狀況的發(fā)生和發(fā)展有關(guān)[23]。本研究通過生物信息學(xué)方法，分析發(fā)現(xiàn)COL8A1過表達(dá)與EOC進(jìn)展密切相關(guān)。此外，根據(jù)GEO數(shù)據(jù)庫發(fā)現(xiàn)，COL8A1在EOC組織中高表達(dá)水平可能導(dǎo)致EOC患者預(yù)后不良，COL8A1表達(dá)水平高的患者總體生存期和疾病進(jìn)展生存期顯著縮短。
目前，基因芯片技術(shù)已在基因表達(dá)、基因分類、早期診斷、預(yù)后評估和藥物開發(fā)等方面廣泛應(yīng)用。因此，GEO數(shù)據(jù)庫提供了一個(gè)理想的平臺(tái)，可用來挖掘數(shù)據(jù)以解決更多問題，包括卵巢癌的進(jìn)展、復(fù)發(fā)和轉(zhuǎn)移機(jī)制[17]。本研究通過挖掘GES49997卵巢癌數(shù)據(jù)集的基因表達(dá)譜，按照篩選標(biāo)準(zhǔn)，篩選出40個(gè)差異基因（38個(gè)上調(diào)，2個(gè)下調(diào)），在這些差異基因中，COL8A1與臨床特征相關(guān)性最高。通過Cytoscape分析發(fā)現(xiàn)，Hub基因包含COL12A1、TIMP3、COL11A1、COL5A2、POSTN、COL3A1、LUM、COL8A1、COL5A1和TH-BS2。COL8A1已被各種研究報(bào)道，Nguyen等[18]研究指出，COL8A1編碼能夠調(diào)節(jié)不同細(xì)胞的增殖、黏附和遷移。Koon等[19]研究結(jié)果顯示，根據(jù)COL8A1的表達(dá)譜，成功地將一些胃腸道間質(zhì)瘤分成不同的腫瘤特征組。Vilkeviciute等[20]研究報(bào)道，COL8A1的變體與年齡相關(guān)性黃斑變性發(fā)育之間存在密切關(guān)聯(lián)。陳健[21]研究發(fā)現(xiàn)，COL8A1可能通過激活PI3K/AKT信號通路促進(jìn)胃癌細(xì)胞的增殖、侵襲與遷移，抑制胃癌細(xì)胞的凋亡，影響胃癌細(xì)胞的周期分布。鄒小平[22]研究結(jié)果表明，COL8A1過表達(dá)能促進(jìn)MDA-MB-231細(xì)胞增殖，并且發(fā)現(xiàn)氯化兩面針堿可能通過下調(diào)COL8A1mRNA表達(dá)抑制乳腺癌細(xì)胞MDA-MB-231生長及增殖。因此，本研究將COL8A1最終選為分析的基因，GO功能分析結(jié)果顯示，COL6A2、EMILIN1、TNC、COMP、COL8A1、COL1A1、FBLN1和MFAP4參與細(xì)胞外基質(zhì)（extra cellular matrix,ECM）的結(jié)構(gòu)組成，ECM是由膠原蛋白、蛋白聚糖/糖胺聚糖、彈性蛋白、纖連蛋白、層粘連蛋白和其他幾種糖蛋白組成的非細(xì)胞三維高分子網(wǎng)絡(luò)。圖3 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)及模塊分析
【參考文獻(xiàn)】：
博士論文
[1]基于基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)篩選胃癌新的關(guān)鍵基因及COL8A1表達(dá)與胃癌的關(guān)系[D]. 陳健.山東大學(xué) 2019
碩士論文
[1]氯化兩面針堿對乳腺癌MDA-MB-231細(xì)胞的抑制作用及其通過COL8A1抗乳腺癌的初步探索[D]. 鄒小平.廣西醫(yī)科大學(xué) 2019
本文編號：3446743
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