發(fā)布時(shí)間：2021-09-25 14:08

　　出生缺陷病種繁多且多屬罕見(jiàn)病,大量患兒常因致病機(jī)制不明而缺乏有效診療。縱觀全球,目前并沒(méi)有一個(gè)綜合的知識(shí)系統(tǒng)專注于出生缺陷研究,這為出生缺陷實(shí)施精準(zhǔn)醫(yī)療帶來(lái)困難。為此,本文收錄了12,687個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化出生缺陷詞條并為其添加了臨床注釋信息,同時(shí)基于Pub Med,本文還為80個(gè)罕見(jiàn)出生缺陷整合了5,098個(gè)質(zhì)控嚴(yán)格的病例數(shù)據(jù),基于此,本文構(gòu)建了出生缺陷知識(shí)庫(kù)e Bi DD（http://119.3.41.228:8080/Birth Defect/）。此外,為了驗(yàn)證e Bi DD在推進(jìn)分子機(jī)制研究上的可靠性,以兩個(gè)罕見(jiàn)出生缺陷-成骨不全癥（OI）和Berardinelli-Seip先天性脂肪營(yíng)養(yǎng)不良（BSCL）為例,本文基于e Bi DD臨床病例,利用基因型-表型關(guān)聯(lián)探討了其潛在機(jī)制,并結(jié)合傳統(tǒng)的疾病網(wǎng)絡(luò)、通路富集和表型相似性等方法為其預(yù)測(cè)出潛在致病因子,最后利用文獻(xiàn)調(diào)查和小鼠模型討論預(yù)測(cè)結(jié)果的可靠性。通過(guò)研究,本文為OI預(yù)測(cè)出六個(gè)潛在致病變異（COL1A1:c.3290G>A（p.Gly1097Asp）,c.3289G>C（p.Gly1097Arg）,c.3289G>A... 

【文章來(lái)源】：華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁(yè)數(shù)】：104 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

本論文總體介紹

華東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文17⑹對(duì)前五步匹配后仍未得到標(biāo)準(zhǔn)形式的出生缺陷名稱進(jìn)行人工審校。若仍無(wú)法根據(jù)選定的權(quán)威數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行標(biāo)準(zhǔn)化，則保留其當(dāng)前名稱作為最后結(jié)果。圖2-1出生缺陷名稱標(biāo)準(zhǔn)化流程通過(guò)上述出生缺陷名稱標(biāo)準(zhǔn)化流程后，本研究一共得到12,687個(gè)出生缺陷詞條。其中疾病類出生缺陷有9,072個(gè)，包含8,008個(gè)遺傳并6,341個(gè)罕見(jiàn)并5,275個(gè)胎兒時(shí)期和新生兒時(shí)期疾病以及623個(gè)染色體結(jié)構(gòu)異常(表2-2)。表2-2eBiDD出生缺陷病種構(gòu)成出生缺陷類別疾病類出生缺陷缺陷類出生缺陷遺傳病8,0083,615罕見(jiàn)病6,341胎兒時(shí)期和新生兒時(shí)期疾病5,275染色體結(jié)構(gòu)異常623各類別總計(jì)9,072總計(jì)12,687

華東師范大學(xué)碩士學(xué)位論文248,452條表型），25,627對(duì)出生缺陷-臨床癥狀信息（涵蓋9,731條臨床癥狀），87,174條基因型信息，9,072條小鼠表型信息，3,879,910條“出生缺陷-表型/癥狀”有效文本和722,347條“出生缺陷-基因”有效文本。圖2-2eBiDD平臺(tái)首頁(yè)介紹在eBiDD平臺(tái)查詢有關(guān)出生缺陷時(shí)，本研究在“Search”模塊提供兩種查詢模式。第一種是利用出生缺陷名稱進(jìn)行查詢。由于本研究已經(jīng)標(biāo)準(zhǔn)化所有出生缺陷詞條的名稱并已完成其與多個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)之間的交叉引用結(jié)果，因此用戶可以輸入準(zhǔn)確的出生缺陷名稱、同義詞或模糊名稱進(jìn)行搜索；可以切換至OMIM/UMLS/Orphanet模式下，利用出生缺陷名稱在其他數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的ID進(jìn)行查詢；也可根據(jù)展示的出生缺陷列表點(diǎn)擊進(jìn)入（圖2-3）。第二種是利用基因名稱進(jìn)行查詢。在之前的工作中，本研究已經(jīng)利用NCBI的GeneSymbol對(duì)所有收錄的基因名稱進(jìn)行了標(biāo)準(zhǔn)化映射，因此用戶可以直接輸入已知的基因名稱查詢到與其相關(guān)的出生缺陷，或在展示的基因列表中直接點(diǎn)擊進(jìn)入（圖2-4）。

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]成骨不全癥診斷與治療的研究進(jìn)展[J]. 邢川,李春竹,何冰.  疑難病雜志. 2020(02)
[2]出生缺陷的相關(guān)因素及預(yù)防現(xiàn)狀分析[J]. 肖小紅.  醫(yī)學(xué)理論與實(shí)踐. 2020(01)
[3]出生缺陷兒的倫理決策探討[J]. 郤冠楠,黃璐琪,田桑,汪吉梅.  醫(yī)學(xué)與哲學(xué). 2020(01)
[4]精準(zhǔn)醫(yī)療的概念內(nèi)涵及其服務(wù)應(yīng)用[J]. 楊玉潔,毛阿燕,喬琛,都恩環(huán),黃佳文,張旭,邱五七.  中國(guó)醫(yī)院管理. 2020(01)
[5]重大出生缺陷的精準(zhǔn)預(yù)防:行在當(dāng)下[J]. 邊旭明,蔡艾杞,戚慶煒,朱寶生.  中國(guó)產(chǎn)前診斷雜志(電子版). 2019(02)
[6]成骨不全癥臨床診療指南[J]. 夏維波,章振林,林華,金小嵐,余衛(wèi),付勤,李梅,張浩,張嘉,趙秀麗.  中華骨質(zhì)疏松和骨礦鹽疾病雜志. 2019(01)
[7]我國(guó)出生缺陷監(jiān)測(cè)與干預(yù)措施的研究進(jìn)展[J]. 周宇珍.  華夏醫(yī)學(xué). 2018(06)
[8]基因型-表型關(guān)聯(lián)分析在孤獨(dú)癥譜系障礙早期診斷的研究[J]. 高延,洪琦,吳慧旦,郭輝,蔣滔滔,夏慧蕓,馬曉櫻,丁碧藍(lán),卓秀慧,白婷.  中國(guó)兒童保健雜志. 2018(07)
[9]Towards efficiency in rare disease research: what is distinctive and important?[J]. Jinmeng Jia,Tieliu Shi.  Science China（Life Sciences）. 2017(07)
[10]Gene mutations and clinical phenotypes in Chinese children with Blau syndrome[J]. Caifeng Li,Junmei Zhang,Shipeng Li,Tongxin Han,Weiying Kuang,Yifang Zhou,Jianghong Deng,Xiaohua Tan.  Science China（Life Sciences）. 2017(07)

博士論文
[1]大樣本成骨不全癥基因型—表型關(guān)系及唑來(lái)膦酸對(duì)成骨不全癥患兒椎體形態(tài)影響[D]. 李路嬌.北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院 2019
[2]基于多組學(xué)整合與網(wǎng)絡(luò)分析的罕見(jiàn)病機(jī)制研究[D]. 賈瑾萌.華東師范大學(xué) 2019



本文編號(hào)：3409876