目的:加深理解子宮內(nèi)膜異位癥發(fā)病機制,挖掘參與內(nèi)異癥發(fā)生發(fā)展的關(guān)鍵信號通路和樞紐基因,從而為臨床診療提供新的標(biāo)志物和靶點。方法:從臨床收集內(nèi)異癥患者在位內(nèi)膜、異位內(nèi)膜、外周血和非內(nèi)異癥患者在位內(nèi)膜4種新鮮標(biāo)本共計26例,提取DNA后行全外顯子組測序,并對原始測序數(shù)據(jù)進行質(zhì)控、比對、校正、注釋以及篩選體細(xì)胞突變等處理。從基因表達(dá)綜合數(shù)據(jù)庫（Gene Expression Omnibus,GEO）獲取61例內(nèi)異癥患者在位內(nèi)膜、異位內(nèi)膜和非內(nèi)異癥患者在位內(nèi)膜標(biāo)本的基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù),并對原始表達(dá)譜數(shù)據(jù)進行過濾、補缺、標(biāo)準(zhǔn)化、對數(shù)化、注釋以及消除批間差等處理。綜合運用加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析、差異表達(dá)分析、富集分析、蛋白質(zhì)互作網(wǎng)絡(luò)分析、功能模塊分析和子網(wǎng)絡(luò)分析等多種生物信息學(xué)方法,對經(jīng)過預(yù)處理的全外顯子組測序數(shù)據(jù)和基因表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù)進行深入挖掘,鑒定內(nèi)異癥相關(guān)關(guān)鍵信號通路和樞紐基因。結(jié)果:①在全外顯子組測序部分,獲得了高質(zhì)量、高測序深度和高目標(biāo)區(qū)域捕獲效率的測序數(shù)據(jù),并從中獲取單核苷酸變異（Single nucleotide variant,SNV）和插入缺失（Insertion and del... 

【文章來源】：浙江大學(xué)浙江省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

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【學(xué)位級別】：博士

【部分圖文】：

圖１．２數(shù)據(jù)質(zhì)量主要結(jié)果統(tǒng)計

Ｗｉｌｌｉ??ｎｍｍｉ?ｍ?ｌｉｇｎｉｎ?ｉｉｔｔｆ??圖１．２數(shù)據(jù)質(zhì)量主要結(jié)果統(tǒng)計。橫軸為各標(biāo)本ＩＤ；左側(cè)縱軸為Ｑ３０比例，即測序錯??誤率小于０．１％的比例，對應(yīng)藍(lán)色柱；右側(cè)縱軸為Ｃｌｅａｎ?Ｒａｔｉｏ，即過濾后的高質(zhì)量數(shù)??據(jù)（ＣｌｅａｎＤａｔａ）占原始數(shù)據(jù)（ＲａｗＤａｔａ）的比例，對應(yīng)紅色柱。??１．３．２．２?Ｃｌｅａｎ?Ｄａｔａ堿基質(zhì)量值分布檢測??根據(jù)Ｉｌｌｕｍｉｎａ測序平臺的技術(shù)特點，通常前幾個堿基的錯誤率相對較高，質(zhì)量??值較低，中段質(zhì)量值在高值區(qū)較平穩(wěn)，后隨著序列的不斷延伸，測序試劑不斷消??耗，３’端堿基錯誤率會不斷升高，導(dǎo)致后期質(zhì)量值又逐漸降低。以內(nèi)異癥實驗組患??者?１?（Ｐａｔｉｅｎｔ?ｌ＿ｓｙｊ）的異位內(nèi)膜（Ｅｃｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｓｙｊ）、在位內(nèi)膜（Ｅｕｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｓｙｊ）、夕卜??周血（Ｂｌｏｏｄ?ｌ＿ｓｙｊ）和對照組患者?１?（Ｃｏｎｔｒｏｌ?ｌ＿ｙｓｑ）的在位內(nèi)膜（Ｃｔｒｌ?ｅｕｔｏｐｉｃ?ｌ＿ｙｓｑ）??４個標(biāo)本的結(jié)果為例展示堿基質(zhì)量值分布（圖１．３）。由圖可知這４個標(biāo)本除了最后??的一小段，其余堿基質(zhì)量值均在Ｑ３０以上，符合高質(zhì)量要求，與此相似，本實驗中??其余２２個標(biāo)本的堿基質(zhì)量值分布均符合高質(zhì)量要求。??２２??

通常要求全外顯子測序的平均測序深度（ＴａｒｇｅｔＡｖｅｒａｇｅＤｅｐｔｈ）在６〇ｘ以上，??當(dāng)一個位點的堿基覆蓋深度迗到ｌ〇ｘ以上時，認(rèn)為該位點檢測出的ＳＮＶ相對可信。??由圖１．４及附表１．２可知，本研究所有標(biāo)本的平均測序深度遠(yuǎn)高于上述基本要求，且??當(dāng)測序深度為ｌ〇ｘ時各標(biāo)本目標(biāo)捕獲區(qū)域的覆蓋率均在９０％以上，絕大部分標(biāo)本大??于９５％，甚至當(dāng)測序深度達(dá)５〇ｘ時各標(biāo)本目標(biāo)捕獲區(qū)域的覆蓋率均在６０％以上，且??絕大部分標(biāo)本大于８０％。說明本研究中所有標(biāo)本具有高目標(biāo)區(qū)域捕獲效率，為后續(xù)??ＳＮＶ檢測的全面性和可信度提供了保證。???????????ＴＴｉｍ?：?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｃｆ？ｆｌｅ?Ｒａｔｅ?（１Ｘ）??＜?Ａ．?ｃ?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（１０Ｘ）??一?Ｘ?？?ｉｐｌ?？?＊?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（３０Ｘ）??Ｈ?５００?＾?－Ｔ－?Ｔａｒｇｅｔ?Ｒｅｇｉｏｎ?Ｃｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ?（６０Ｘ）??ｎｎ?Ｖ?Ｖ?ｒ．８０?｜?口加妒?Ａｖｅｒａｇｅ?Ｄｅｐｔｈ??＿ｈｍＩ＿??ＩｌｌＬｔｉｉｉｌ?ｌｉｔ?ｉｉｉ＾ｉｉｉｉ?ｆｉｉｆｆ??以ａ??圖１．４目標(biāo)區(qū)域的捕獲效率統(tǒng)計。橫軸為各標(biāo)本ＩＤ；左側(cè)縱軸為平均測序深度??（Ｔａｒｇｅｔ?Ａｖｅｒａｇｅ?Ｄｅｐｔｈ），對應(yīng)白色柱；右側(cè)縱軸為相應(yīng)測序深度以上的目標(biāo)捕??獲區(qū)域的覆蓋率（ＴａｒｇｅｔＣｏｖｅｒａｇｅ?Ｒａｔｅ），對應(yīng)彩色散點折線，其中深藍(lán)色代表測??序深度ｌｘ以上


本文編號：3110815