基于二代測序及臨床病理評分標準評價子宮內(nèi)膜和卵巢雙發(fā)癌的研究
發(fā)布時間:2020-12-21 17:18
目的探究臨床病理學評分標準與二代測序技術相結合用于輔助同時性子宮內(nèi)膜和卵巢雙發(fā)癌(synchronous endometrial and ovarian carcinomas,SEOCs)患者的診斷及預后評價,從而指導臨床個體化治療。方法收集2010年1月至2017年5月的68例經(jīng)術后病理證實的同時性子宮內(nèi)膜和卵巢雙發(fā)癌、2011年1月至2011年12月的50例子宮內(nèi)膜樣子宮內(nèi)膜癌患者的臨床病理資料。根據(jù)Scully病理診斷標準對同時性雙發(fā)癌人群進行分組;谠撛\斷標準及相關臨床研究數(shù)據(jù),制定評分標準,對該人群重新分組。采用全基因外顯子測序方法對其中一例SEOCs進行測序。通過與相關文獻的研究數(shù)據(jù)進行比對,找出該患者子宮內(nèi)膜腫瘤中與發(fā)病風險顯著相關的突變基因,為后續(xù)大量標本實驗驗證做準備。排除所有子宮內(nèi)膜和卵巢均為漿液性癌的雙發(fā)癌,對同時性子宮內(nèi)膜樣的子宮內(nèi)膜和卵巢雙發(fā)癌、單發(fā)卵巢癌及單發(fā)子宮內(nèi)膜癌進行回顧性分析。各組患者間臨床特點及病理特征方面的對比研究采用卡方檢驗進行分析。使用Kaplan-Meier統(tǒng)計學方法計算總生存率(OS)。結果1.根據(jù)Scully標準,68例同時性雙發(fā)癌患...
【文章來源】:天津醫(yī)科大學天津市 211工程院校
【文章頁數(shù)】:44 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
評分系統(tǒng)分組結果
圖2 Scully診斷標準和評分系統(tǒng)分組后各組間總生存率對比。(1)Scully分組后雙原發(fā)癌與轉移癌間的總生存率比較(P=0.059);(2)評分系統(tǒng)分組后雙原發(fā)癌與轉移癌間的總生存率比較(P=0.010)。2.4 全外顯子測序結果為了進一步明確評分為 2 的病例組的分組,對該組患者的兩腫物進行全外顯子測序,并與外周血中的正常 DNA 相匹配,排除存在于血液中的突變,明確配對腫瘤之間的起源關系,其中位測序深度為 147.2×(范圍為 78.95~228.46×)。由于組織樣本質(zhì)量等原因,在本研究中僅 1 例測序成功,測序結果如下:2.4.1 突變特征不同的突變特征揭示了癌癥發(fā)展背后突變過程的多樣性,對于了解癌癥病因,預防和治療具有潛在的意義。本研究中兩配對樣本的突變特征如圖所示,即以 NpCpG 三核苷酸 C 取代 T(C> T)為主(圖 3)。這種突變特征可以在約83.3%的癌癥類型中觀察到,也是子宮體腫瘤與卵巢腫瘤中常見的突變特征之一[21]。
圖 3 測序病例體細胞 SNVs 的突變特征2.4.2 克隆相關性我們分析了體細胞突變的等位基因頻率,這些頻率反映了腫瘤樣本的中心克隆數(shù)和遺傳組成(圖 4.1)。EEC 與 EOC 兩個樣本具有不同的克隆結構。在EOC 樣品中檢測到兩個峰,在 EEC 樣品中檢測到 1 峰。2 個樣本對應頻率的突變密度也不一致,在 EEC 樣品中,除了主克隆以外,還有亞克隆結構。根據(jù)這一觀察結果,推測這兩個部位的腫瘤很可能是不同起源。比較子宮內(nèi)膜腫瘤和卵巢腫瘤樣本之間的突變相似性,以確定該病例是否具有遺傳獨立性。我們已鑒定出在卵巢和子宮內(nèi)膜腫瘤中共有 97 個 SNVs 和 156個 INDELs 突變。共同的體細胞 SNVs / INDELs 突變的鑒定比例分別為 5.2%和7.9%,遠低于我們的預期(圖 4.2-4.5)。如果兩個腫瘤是同義起源,它們將會具有更多共同的 SNVs 和 INDELs。
本文編號:2930189
【文章來源】:天津醫(yī)科大學天津市 211工程院校
【文章頁數(shù)】:44 頁
【學位級別】:碩士
【部分圖文】:
評分系統(tǒng)分組結果
圖2 Scully診斷標準和評分系統(tǒng)分組后各組間總生存率對比。(1)Scully分組后雙原發(fā)癌與轉移癌間的總生存率比較(P=0.059);(2)評分系統(tǒng)分組后雙原發(fā)癌與轉移癌間的總生存率比較(P=0.010)。2.4 全外顯子測序結果為了進一步明確評分為 2 的病例組的分組,對該組患者的兩腫物進行全外顯子測序,并與外周血中的正常 DNA 相匹配,排除存在于血液中的突變,明確配對腫瘤之間的起源關系,其中位測序深度為 147.2×(范圍為 78.95~228.46×)。由于組織樣本質(zhì)量等原因,在本研究中僅 1 例測序成功,測序結果如下:2.4.1 突變特征不同的突變特征揭示了癌癥發(fā)展背后突變過程的多樣性,對于了解癌癥病因,預防和治療具有潛在的意義。本研究中兩配對樣本的突變特征如圖所示,即以 NpCpG 三核苷酸 C 取代 T(C> T)為主(圖 3)。這種突變特征可以在約83.3%的癌癥類型中觀察到,也是子宮體腫瘤與卵巢腫瘤中常見的突變特征之一[21]。
圖 3 測序病例體細胞 SNVs 的突變特征2.4.2 克隆相關性我們分析了體細胞突變的等位基因頻率,這些頻率反映了腫瘤樣本的中心克隆數(shù)和遺傳組成(圖 4.1)。EEC 與 EOC 兩個樣本具有不同的克隆結構。在EOC 樣品中檢測到兩個峰,在 EEC 樣品中檢測到 1 峰。2 個樣本對應頻率的突變密度也不一致,在 EEC 樣品中,除了主克隆以外,還有亞克隆結構。根據(jù)這一觀察結果,推測這兩個部位的腫瘤很可能是不同起源。比較子宮內(nèi)膜腫瘤和卵巢腫瘤樣本之間的突變相似性,以確定該病例是否具有遺傳獨立性。我們已鑒定出在卵巢和子宮內(nèi)膜腫瘤中共有 97 個 SNVs 和 156個 INDELs 突變。共同的體細胞 SNVs / INDELs 突變的鑒定比例分別為 5.2%和7.9%,遠低于我們的預期(圖 4.2-4.5)。如果兩個腫瘤是同義起源,它們將會具有更多共同的 SNVs 和 INDELs。
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