[背景]卵巢癌是女性常見的生殖系統(tǒng)惡性腫瘤,與宮頸癌、子宮內膜癌并稱女性生殖器官三大惡性腫瘤,發(fā)病率第二,但卵巢癌死亡率高,是我國婦科惡性腫瘤的首位死亡原因,中晚期卵巢癌5年生存率僅30%。據統(tǒng)計,2015年我國新增卵巢癌患者約52100例,約22500例女性死于卵巢癌。卵巢癌發(fā)生機制不詳,診治困難,預后極差,嚴重威脅女性健康。因此,對卵巢癌的發(fā)生發(fā)展機制進行研究,對于卵巢癌的早期診治及預防工作來說意義重大。近年來,生物信息學研究方法的發(fā)展為卵巢癌的研究提供了極大的便利,利用生物信息學方法,我們可以對疾病的分子機制、診斷、治療及預后等進行研究,提供研究方向及線索。[目的]以生物信息學方法及分析工具為基礎,對卵巢癌芯片表達譜數據進行分析,篩選與卵巢癌相關的差異表達基因,對差異表達基因進行功能注釋分析、通路富集分析,分析及預測差異表達基因的生物功能。篩選關鍵差異表達基因,尋找感興趣的目的基因,應用Meta分析方法分析評價目的基因在卵巢癌中的意義。[方法]在NCBI的GEO芯片數據庫中篩選并下載卵巢癌相關芯片表達譜數據GSE52460,采用R語言中的limma軟件包與Bioconductor軟件對GSE52460芯片數據集進行差異表達基因分析,篩選出卵巢癌差異表達基因。利用DAVID數據庫將基因探針號轉換為基因符號,并對篩選出的差異表達基因進行GO功能注釋分析及KEGG通路富集分析,分析及預測差異表達基因的生物功能。并利用NCBI查詢前10位差異表達基因生物功能,篩選獲得Meta分析目的基因CD24。計算機檢索 CNKI、萬方、維普、PubMed、The Cochrane Library、Springer Link、OVID數據庫,搜集關于目的基因表達與卵巢癌發(fā)生及其不同臨床特征相關性的相關研究文獻,由2位研究者獨立篩選文獻、提取資料和評價納入研究的偏倚風險后,采用RevMan 5.3軟件進行Meta分析。[結果]1.通過GEO數據庫篩選出卵巢癌相關芯片表達譜數據GSE52460,獲得卵巢癌差異表達基因1505個,其中206個上調基因,1299個下調基因。2.利用DAVID數據庫對差異表達基因進行基因GO功能注釋分析、KEGG通路富集分析。GO分析結果顯示,上調差異表達基因主要涉及細胞有絲分裂、細胞增殖、姐妹染色體的分離與結合等生物功能,主要參與中間體、紡錘體微管、細胞質等細胞組分的形成,并發(fā)揮蛋白結合、細胞外基質的結構組成、蛋白酶結合等分子功能。下調差異表達基因主要涉及細胞遷移的正性調節(jié)、軟骨發(fā)育、BMP通路的負性調節(jié)等生物功能,主要參與細胞質、高爾基體、細胞膜等細胞組分的形成,并發(fā)揮蛋白結合、氧化還原酶活性、Ca離子結合、生長因子結合等分子功能。KEGG通路分析結果顯示,上調差異表達基因主要參與p53信號通路、細胞周期、PI3K-Akt通路等,下調差異表達基因主要參與Ras信號通路、PI3K-Akt通路、腫瘤的蛋白多聚過程等。3.利用NCBI數據庫查詢前10位差異表達基因功能,發(fā)現CD24基因主要涉及細胞的黏附、細胞的遷移以及上皮細胞的分化調節(jié)等生物功能,主要參與細胞膜錨定組分、細胞膜及細胞質等細胞組分的形成,發(fā)揮蛋白結合、蛋白酶結合等分子功能。4.對CD24基因與卵巢癌相關性的Meta分析結果顯示,CD24基因在正常卵巢組織組、良性卵巢腫瘤組、交界性卵巢腫瘤組、卵巢癌組中陽性表達率逐漸升高,各組間CD24陽性表達率存在顯著差異,差異具有統(tǒng)計學意義(P0.05)。此外,CD24在伴淋巴結轉移及Ⅲ～Ⅳ期的卵巢癌患者中表達明顯高于不伴淋巴結轉移及Ⅰ～Ⅱ期的卵巢癌患者,差異有統(tǒng)計學意義(P0.05),但CD24表達率在不同年齡組中差異無統(tǒng)計學意義(P0.05)。[結論]1.運用生物信息學分析方法,可成功篩選出與卵巢癌發(fā)生發(fā)展相關的關鍵基因并進行功能分析。對差異表達基因前10位基因進行基因功能分析,獲得目的基因CD24,用于后續(xù)meta分析,該方法簡便、省時,減少研究過程的盲目性。2.通過meta分析發(fā)現CD24的陽性表達與卵巢腫瘤良惡性、淋巴轉移、FIGO分期相關,提示CD24檢測對卵巢腫瘤診斷及疾病程度的評價具有一定的價值。
【學位單位】：昆明醫(yī)科大學
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2018
【中圖分類】：R737.31
【部分圖文】：

圖１基因芯片的測序原理??Ｆｉｇ．ｌ?Ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｃｈｉｐｓ．??Ｈ＾ｆｌ??Ｌ－？－Ｉ?１＾??■?＾１??圖２基因芯片??Ｆｉｇ．２?Ｇｅｎｅ?Ｃｈｉｐｓ??３．生物信息學??

和?ＡＴＡＣＧＴＴＡ？?定的－組??ＴＡＣＧＴＴＡＧ?一???Ｖ???一??ｍ?Ｘｙ?ＴＴＨ?ａｔａｃｇｔｔａ＾??＝＝＂＝＊?？＝??－￣＾?－＝?－＿二：－＝｜?ＣＧＴＴＡＧＡＴ－｜???ＧＴＴＡＧＡＴＣ．??ＧＴＴＡＧＡｖ?／?▼??ＣＧ丁丁漏爪謹〉，Ａ——］重議互ＡＴＣＴＡＧ＾?Ｉ??ＴＡＴＧＣＡＡＴＣＴＡＧ－?ｉＥ?序列??圖１基因芯片的測序原理??Ｆｉｇ．ｌ?Ｔｈｅ?ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ?ｏｆ?ｇｅｎｅ?ｃｈｉｐｓ．??

Ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ）能夠實現將功能相關的基因聚到一起作為一個單元，并同時實現??對聚類結果打分，篩選基因列表組內的重要基因�；颍桑霓D換（Ｇｅｎｅ?ＩＤ??Ｃｏｎｖｅｒｓｉｏｎ）能實現不同數據庫之間基因標識的迅速轉換。功能注釋（Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ??Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ）是ＤＡＶＩＤ最核心的分析內容，包含了三個子工具：Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ??Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｃｈａｒｔ?工具提供?ｇｅｎｅ－ｔｅｒｍ?富集分析；Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｃｌｕｓｔｅｒｉｎｇ??工具對被注釋上的ｔｅｒｍｓ作類聚；Ｆｕｎｃｔｉｏｎａｌ?Ａｎｎｏｔａｔｉｏｎ?Ｔａｂｌｅ可以實現基因功能??的注釋，并將注釋結果以表格形式呈現［１４］。ＤＡＶＩＤ數據庫可實現ＧＯ注釋及??ＫＥＧＧ注釋。??
【參考文獻】

相關期刊論文 前10條

1 于金江;崔玉蘭;;免疫治療:卵巢癌治療福音[J];疑難病雜志;2015年12期

2 胡玥;;卵巢癌發(fā)生的相關因素分析[J];中國婦幼保健;2015年29期

3 王笑笑;邢蘭瑛;仲華;王治榮;樊江波;;CD24和OPN在上皮性卵巢腫瘤的表達及其與侵襲轉移的關系[J];西安交通大學學報(醫(yī)學版);2015年05期

4 魏楓;任秀寶;;腫瘤過繼免疫細胞治療靶抗原選擇的新視野[J];中國腫瘤生物治療雜志;2015年02期

5 伍寶珍;李惠;;腫瘤標志物CD44v6、CD24與卵巢漿液性癌的關系[J];武漢大學學報(醫(yī)學版);2015年02期

6 韓俊偉;智慧;王宏;徐良德;;R語言在生物信息實踐中的應用[J];生物技術世界;2015年02期

7 劉曉霓;謝棒祥;謝立;王延軍;張愛英;陳德喜;朱曉新;;應用基因芯片技術研究抗腫瘤傳統(tǒng)和天然藥物相關文獻分析[J];世界科學技術-中醫(yī)藥現代化;2014年12期

8 曹明楠;崔俊;李衛(wèi)東;;基因芯片技術在抗腫瘤藥物研究和腫瘤診斷中的應用[J];中國藥理學與毒理學雜志;2014年06期

9 侯娟娟;虎淑妍;劉婷婷;張玲;席維岳;鄭紅軍;潘云燕;;血清腫瘤標志物在卵巢癌早期診斷中的臨床價值[J];中國免疫學雜志;2014年08期

10 白晶;李愛軍;王麗萍;張斌;張毅;;漿液性卵巢癌組織中CD44和CD24的表達[J];鄭州大學學報(醫(yī)學版);2013年06期

相關博士學位論文 前1條

1 李鐵求;前列腺癌轉移相關基因的生物信息學分析及功能預測[D];南方醫(yī)科大學;2014年

相關碩士學位論文 前4條

1 趙曄;卵巢癌組織中CD24、B7-H4及PCNA的表達及其臨床意義[D];河北醫(yī)科大學;2015年

2 陳軍輝;基于GEO數據庫的2型糖尿病、肥胖、癌癥相關數據庫挖掘[D];華南理工大學;2014年

3 劉玉霞;MUC2和CD24蛋白在卵巢上皮性癌組織中的表達及其意義[D];鄭州大學;2010年

4 王亞萍;CD24和PCNA在卵巢漿液性交界性腫瘤中的表達及其相關性研究[D];大連醫(yī)科大學;2006年

本文編號：2880575