宮頸上皮內(nèi)瘤變組織微生態(tài)多樣性分析及中醫(yī)藥對其的防治作用
【學(xué)位單位】:南京中醫(yī)藥大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:R737.33
【部分圖文】:
??圖2-3中的序列長度分布通過Miseq測序去掉冗余的信息后提示所有樣本大部分序列??長度分布在421bp-440bp和441bp-460bp這兩個(gè)序列長度區(qū)間,提示樣品質(zhì)控合格,可繼??續(xù)進(jìn)行數(shù)據(jù)分析。??4.2宮頸組織微生物基礎(chǔ)分析??通過對需要序列的聚類操作,將序列按照彼此的相似性(16S的變異率在3%之內(nèi),超??過97%就被認(rèn)為是另一物種)分為許多小組,故在相似性在97%之下的序列分為一個(gè)組,??分成的組成為OTU?(Operational?Taxonomic?Units),在OTU的基礎(chǔ)上進(jìn)行分析。本次實(shí)??驗(yàn)在OTU基礎(chǔ)上進(jìn)行了對三組組織菌群的Pan/Core物種分析(圖2-4及圖2-5)及Alpha??多樣性分析(表2-18)及稀釋曲線分析(圖2-6)。??圖2-4?Pan物種分析??Pan?analysis?*??—all??z??_?1250?A??I?,000?-??!?x??〇?750?-??I?/??^?500?f??250?-I?!?1?!?r??<?b?9??Numbers?of?samples?、??代:圖2-4橫十標(biāo)代表樣本最,縱外標(biāo)代表物種總最。??圖2-5?Core物種分析??Core?analysis?土
過97%就被認(rèn)為是另一物種)分為許多小組,故在相似性在97%之下的序列分為一個(gè)組,??分成的組成為OTU?(Operational?Taxonomic?Units),在OTU的基礎(chǔ)上進(jìn)行分析。本次實(shí)??驗(yàn)在OTU基礎(chǔ)上進(jìn)行了對三組組織菌群的Pan/Core物種分析(圖2-4及圖2-5)及Alpha??多樣性分析(表2-18)及稀釋曲線分析(圖2-6)。??圖2-4?Pan物種分析??Pan?analysis?*??—all??z??_?1250?A??I?,000?-??!?x??〇?750?-??I?/??^?500?f??250?-I?!?1?!?r??<?b?9??Numbers?of?samples?、??代:圖2-4橫十標(biāo)代表樣本最,縱外標(biāo)代表物種總最。??圖2-5?Core物種分析??Core?analysis?土??—all??500?-????\??I?\??L?\??1??°?-I?1?1?1?r??■??c:?is??Numbers?of?samples?、??23??
第二部分臨床研究線分析(Rarefactioncurve)主要用于反應(yīng)實(shí)驗(yàn)的測序量是否以得出隨著測序量的增加,C、H、N三組OTU的數(shù)目逐漸真實(shí)的組成情況,與Coverage指數(shù)分析結(jié)果相一致,更加坐標(biāo)代表宮頸組織群落的測序量,縱坐標(biāo)代表可檢測到的O微生物組成分析??圖2-7菌群門水平組成??
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本文編號:2853299
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