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唐氏綜合征母體胎源性CircRNA差異性表達(dá)譜及功能分析

發(fā)布時(shí)間:2018-05-28 04:18

  本文選題:唐氏綜合征 + 環(huán)狀RNA; 參考:《廣西師范大學(xué)》2017年碩士論文


【摘要】:唐氏綜合征(Down Syndrome,DS),也被稱為21-三體綜合征,由第21號(hào)染色體多了一份拷貝而引起,它是常染色體數(shù)目異常引起的最常見(jiàn)的出生缺陷疾病。DS患者一般均具有較為常見(jiàn)的臨床表現(xiàn),包括輕度至中度學(xué)習(xí)障礙、顱面異常、體格發(fā)育遲緩等,并常伴有免疫力低下、先天性心臟病、白血病以及早期出現(xiàn)的阿爾茲海默病等。DS給家庭和社會(huì)帶來(lái)了沉重的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān)。目前,避免DS患兒出生的唯一醫(yī)療手段是對(duì)孕婦進(jìn)行全面的產(chǎn)前篩查和產(chǎn)前診斷。然而,傳統(tǒng)的產(chǎn)前篩查具有檢出率低、漏檢率和假陽(yáng)性率相對(duì)較高的缺點(diǎn),胎兒染色體產(chǎn)前診斷相關(guān)方法則因?yàn)榍秩胧饺拥氖侄稳菀桩a(chǎn)生出血、流產(chǎn)或患有其它并發(fā)癥。而已有的無(wú)創(chuàng)性的產(chǎn)前診斷方法又存在步驟繁瑣、成本較高等問(wèn)題。因此,基于傳統(tǒng)產(chǎn)前篩查和產(chǎn)前診斷的缺陷,以及已有無(wú)創(chuàng)性產(chǎn)前診斷方法不足的現(xiàn)狀,探索新的無(wú)創(chuàng)性唐氏綜合征胎兒產(chǎn)前診斷標(biāo)志物具有非常重要的意義。目的:本研究擬從circRNA為切入點(diǎn),利用基因芯片技術(shù)從妊娠有唐氏綜合征胎兒孕婦和正常胎兒孕婦的臍帶血中篩選出差異性表達(dá)的circRNA,并采用RT-PCR技術(shù)對(duì)篩選出的胎源性差異表達(dá)的circRNA在外周血中進(jìn)行驗(yàn)證,以尋找潛在的標(biāo)志物;同時(shí)利用相同的方法篩選差異表達(dá)mRNA,對(duì)circRNA與mRNA進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,并通過(guò)基因信息生物學(xué)對(duì)差異基因進(jìn)行功能分析,為建立新的無(wú)創(chuàng)性DS胎兒產(chǎn)前篩查診斷新方法提供依據(jù)。方法:選取12例孕婦臍帶血標(biāo)本(其中包括6例經(jīng)G顯帶染色體核型分析確診為標(biāo)準(zhǔn)型唐氏綜合征胎兒的臍帶血標(biāo)本以及6例健康胎兒臍帶血),利用Trizol法提取總RNA,使用NanoDropND-1000檢測(cè)RNA是否降解并測(cè)定RNA濃度;采用Agilent表達(dá)譜芯片分析樣本中的circRNA、mRNA差異表達(dá)譜;應(yīng)用RT-PCR驗(yàn)證差異表達(dá)的circRNA和mRNA在唐氏綜合征患兒以及健康兒童外周血中的表達(dá)情況;并使用Arraystar的自制miRNA靶基因預(yù)測(cè)軟件對(duì)circRNA上的miRNA結(jié)合位點(diǎn)進(jìn)行預(yù)測(cè);最后采用上述Agilent公司檢測(cè)的circRNA和mRNA表達(dá)譜芯片數(shù)據(jù),對(duì)篩選出的DS母體胎源性差異表達(dá)circRNA表達(dá)譜和mRNA基因表達(dá)譜信息進(jìn)行整合分析,尋找circRNA與mRNA的關(guān)聯(lián)作用,以探究I circRNA在DS中的功能及其發(fā)生機(jī)制。結(jié)果:(1)兩組臍帶血樣本中共檢測(cè)到差異表達(dá)circRNA4568個(gè),其中顯著差異表達(dá)circRNA 735個(gè),包括差異性上調(diào)表達(dá)circRNA 414個(gè),差異性下調(diào)表達(dá)circRNA 321個(gè)。外周血中 RT-PCR 驗(yàn)證結(jié)果表明 hsa circRNA_103135、hsa_circRNA_103137、hsa_circRNA_101116表達(dá)差異不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05);而 hsa_circRNA_103127、hsa_circRNA_103112、hsa_circRNA_104907 表達(dá)差異具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05);(2)共檢測(cè)到17567個(gè)差異表達(dá)mRNA,其中顯著表達(dá)差異的mRNA 6619個(gè),包括差異性上調(diào)表達(dá)mRNA 3411個(gè),差異性下調(diào)表達(dá)mRNA 3208個(gè)。外周血中RT-PCR驗(yàn)證結(jié)果表明DYRK1A、STRBP表達(dá)差異不具有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05);而USP25表達(dá)差異具有有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(P0.05);(3)通過(guò)對(duì)差異表達(dá)基因進(jìn)行GO分析,發(fā)現(xiàn)參與生物過(guò)程的基因有805個(gè),其中315個(gè)基因表達(dá)上調(diào),490個(gè)基因表達(dá)下調(diào),富集最大的5種生物過(guò)程為:細(xì)胞過(guò)程、主要代謝過(guò)程、細(xì)胞代謝過(guò)程、生物調(diào)節(jié)和氮化合物代謝過(guò)程;參與細(xì)胞組成的基因有189個(gè),其中66個(gè)基因表達(dá)上調(diào),123個(gè)基因表達(dá)下調(diào),富集最大的5種細(xì)胞組成為:細(xì)胞內(nèi)、細(xì)胞內(nèi)的部分、細(xì)胞器、細(xì)胞內(nèi)的細(xì)胞器和膜結(jié)合細(xì)胞器;參與分子功能的基因有155個(gè),其中77個(gè)基因表達(dá)上調(diào),78個(gè)基因表達(dá)下調(diào),富集最大的5種分子功能為:結(jié)合、蛋白結(jié)合、RNA結(jié)合、連接酶活性和催化活性。對(duì)差異基因進(jìn)行pathway通路分析,發(fā)現(xiàn)差異基因顯著富集通路73條,23個(gè)基因上調(diào)表達(dá),50個(gè)基因下調(diào)表達(dá)。差異表達(dá)基因主要涉及粘合斑,ECM受體相互作用,間隙連接,蛋白消化和吸收,維生素消化和吸收,TNF信號(hào)通路等,也參與了原發(fā)性免疫缺陷,類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎,致心律失常性右心室心肌病(ARVC),系統(tǒng)性紅斑狼瘡,Ⅰ型糖尿病以及同源重組等其它過(guò)程;(4)對(duì)具有2倍差異的circRNA與對(duì)應(yīng)的差異基因表達(dá)譜信息關(guān)聯(lián),我們發(fā)現(xiàn)有254個(gè)差異表達(dá)circRNA可能通過(guò)吸附特定的miRNA,調(diào)控其靶基因mRNA的表達(dá)。結(jié)論:(1)在本實(shí)驗(yàn)的唐氏綜合征樣本中,胎兒circRNA發(fā)生了差異性表達(dá)變化;(2)差異表達(dá)circRNA有其對(duì)應(yīng)的miRNA結(jié)合位點(diǎn),可能作為miRNA海綿通過(guò)與miRNA的結(jié)合進(jìn)而調(diào)控靶基因的表達(dá);(3)差異表達(dá)的基因主要參與了細(xì)胞分裂與發(fā)育過(guò)程,也參與了原發(fā)性免疫缺陷,類風(fēng)濕關(guān)節(jié)炎,Ⅰ型糖尿病等的發(fā)生以及同源重組過(guò)程,可能是21號(hào)染色體拷貝異常導(dǎo)致的基因表達(dá)紊亂,可能與DS胎兒免疫系統(tǒng)的發(fā)育缺陷、免疫力低下、智力發(fā)育異常、體格發(fā)育遲緩等各種臨床癥狀密切相關(guān);(4)Hsa_circRNA_103112不僅在DS胎兒臍帶血中顯著性差異表達(dá),在外周血中也存在顯著性差異表達(dá),其相應(yīng)的靶基因USP25與DS患者各種臨床癥狀的產(chǎn)生有關(guān),該結(jié)果提示過(guò)表達(dá)的Hsa_circRNA_103112可能通過(guò)circRNA-miRNA-mRNA之間的相互作用引起二倍體基因的表達(dá)失衡,參與唐氏綜合征的病理發(fā)生。孕婦外周血中的Hsa_circRNA_103112可能是胎兒DS無(wú)創(chuàng)產(chǎn)前篩查診斷的潛在的重要標(biāo)志物之一。
[Abstract]:In order to find a new method for prenatal diagnosis of fetal chromosomal abnormalities , it is very important to study the prenatal screening and prenatal diagnosis of fetal chromosomal abnormalities . The results of RT - PCR in peripheral blood showed that there were 805 genes involved in the biological process . Conclusion : ( 1 ) There is a significant difference in the expression of target gene . ( 4 ) There are 254 differentially expressed genes involved in the pathogenesis of primary immunodeficiency , rheumatoid arthritis , arrhythmia - induced right ventricular cardiomyopathy ( ARVC ) , systemic lupus erythematosus , type I diabetes and homologous recombination .
【學(xué)位授予單位】:廣西師范大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2017
【分類號(hào)】:R714.5

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本文編號(hào):1945254


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