本文關(guān)鍵詞：重慶地區(qū)門診兒童急性腹瀉相關(guān)病毒的流行特征與基因特征研究

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【摘要】：背景 急性腹瀉在嬰幼兒中具有很高的發(fā)病率(morbidity)和死亡率(mortality),尤其是在發(fā)展中國家,每年有超過200萬的兒童死于急性腹瀉。據(jù)報道世界范圍內(nèi)每年有超過7億五歲以下的兒童發(fā)生急性腹瀉。隨著手消毒技術(shù)的應用和環(huán)境衛(wèi)生的改善,細菌和寄生蟲導致的腹瀉逐漸減少。但因缺乏有效的治療措施,病毒相關(guān)腹瀉的控制并不是十分理想。諾如病毒(Norovirus, NoV)、輪狀病毒(Rotavirus, RV)、腺病毒(Adenovirus, ADV)、札如病毒(Sapovirus, SLV)和星狀病毒(Astro virus, ASV)都是病毒性腹瀉常見的病原體。急性腹瀉已經(jīng)成為僅次于肺炎的兒童死亡的第二大原因,成為兒童的公共健康問題。 目的 掌握中國重慶地區(qū)兒童急性腹瀉感染病毒性病原體構(gòu)成譜及其流行特征,探討重點病原體——諾如病毒主要的流行毒株基因型、流行趨勢、及其基因變異進化特征,并了解重慶地區(qū)是否存在新的諾如病毒重組株；了解腹瀉兒童感染博卡病毒的型別及其流行特征。 方法 2009年8月到2013年11月,以重慶醫(yī)科大學附屬兒童醫(yī)院為哨點醫(yī)院,開展急性腹瀉病毒的實驗室檢測,按照統(tǒng)一標準納入重慶醫(yī)科大學附屬兒童醫(yī)院門診部的急性腹瀉患者,通過標準的腹瀉問卷調(diào)查與門診信息收集,獲取病人的人口學信息和臨床癥狀。收集患者急性期的糞便標本,采用酶聯(lián)免疫吸附試驗(ELISA)、Real-Time PCR和常規(guī)PCR等方法檢測8種常見腹瀉病毒：A組輪狀病毒(Group A Rotavirus, RVA)、B組輪狀病毒(Group B Rotavirus, RVB)、C組輪狀病毒(Group C Rotavirus, RVC)、諾如病毒Ⅰ型(Norovirus type Ⅰ, GⅠ),諾如病毒Ⅱ型(Norovirus type Ⅱ, GⅡ)、ADV、ASV和SLV。對諾如病毒檢測陽性的標本進一步獲取ORF1和ORF2的目的基因片段序列。對基因序列進行同源性分析和重組分析,將諾如病毒的基因序列上傳到www.Noronet.nl、利用自動諾如病毒分型工具分別對ORF1和ORF2進行基因分型,ORF1基因型與ORF2基因型不一致時提示重組株的存在。分別對諾如病毒的多聚酶區(qū)和衣殼蛋白區(qū)的核酸序列做進化樹,并與Noronet分型結(jié)果進行對比,進一步確定重組株的存在。對新的重組基因型分別利用RDP4和SimPlot進行重組分析,確定重組位點。PCR擴增博卡病毒,產(chǎn)物測序后在NCBI進行序列比對,確定博卡病毒的基因型,并從GenBank下載國內(nèi)外HBoV的標準株序列,使用Mega5.1建立進化樹。 結(jié)果 1.急性腹瀉病毒的病原譜及其流行特征 (1)研究期間共納入門診急性腹瀉患者2416例,腹瀉病毒的檢出率為70.58%。其中諾如病毒檢出率最高,為50.82%,其他依次為輪狀病38.82%,腺病毒4.63%,星狀病毒3.76%和札如病毒2.64%。其中586例患者發(fā)生復合感染,諾如病毒和輪狀病毒復合感染是最常見的復合感染類型。 (2)諾如病毒檢測陽性率在7-12月的兒童最高(56.64%),與小于6個月的兒童(44.21%)和大于2歲的兒童(45.62%)相比具有顯著性差異(卡方檢驗,P0.0001)。7-24個月之間兒童輪狀病毒的檢出率,以及發(fā)生復合感染的概率高于小于6個月和大于2歲的兒童(輪狀病毒,P0.0001；復合感染：卡方檢驗,P0.0001)。不同性別的腹瀉兒童的病毒陽性檢出率無統(tǒng)計學差異(P=0.4095)。 (3)GⅡ型諾如病毒和A組輪狀病毒的感染流行均具有明顯的季節(jié)性。GⅡ型諾如病毒的陽性檢出率在夏秋季(7-11月)為高峰,春季(3-5月)為低谷。RVA檢測陽性率呈現(xiàn)雙峰分布,在秋季和冬季出現(xiàn)兩個流行高峰,在夏季的檢出率最低。2012年春季GⅡ型諾如病毒的檢出率存在異常的高峰,提示可能存在GII型諾如病毒的暴發(fā)。 (4)GⅡ患者就診前腹瀉天數(shù)長于RVA患者(3.61VS3.23,P=0.0118),但是兩者就診前的平均腹瀉次數(shù)無統(tǒng)計學差異(5.89VS6.01,P=0.5031); RVA感染患者發(fā)生嘔吐的概率高于GⅡ(56.69VS50.00, P=0.0220)。復合感染患者發(fā)生嘔吐的比例高于單一病毒感染(57.17%VS50.08%,P=0.0064)。 2.諾如病毒的基因型分布及重組狀況 (1)不同年份流行的諾如病毒基因型存在較大的差異。2010年重慶地區(qū)的流行型別為GⅡ.42006b和GⅡ4New Orleans2009;2011年的流行株為GⅡ.12/GⅡ.3和GⅡ.42006b；2012年9月份前,GⅡ.42006b是主要的流行株,10月份首次在重慶檢測到GⅡ.4Sydney_2012,并迅速取代2006b成為重慶地區(qū)中最要的流行株；2013年GⅡ.4Sydney_2012和GⅡ.12/GⅡ.3成為最重要的流行株,GⅡ.42006b不再流行。幾種主要流行株GⅡ.42006b、GⅡ.12/GⅡ.3、GⅡ.4Sydney_2012的感染患者的年齡和性別構(gòu)成以及臨床癥狀均無統(tǒng)計學差異。 (2)重慶地區(qū)檢測到的散發(fā)諾如病毒基因型包括GⅡ.16/GⅡ.2、GⅡ.21/GⅡ.3、 GⅡ.15/GⅡ.15、GⅡ.6/GⅡ.6和GⅡ16/GⅡ.13。其中GⅡ.16/GⅡ.13重組株為首次在中國地區(qū)檢測到。SimPlot重組分析和RDP.4重組分析都證實GⅡ.16/GⅡ.13重組株的存在。重慶GⅡ.16/GⅡ.13與2012年引起德國Berlin、Luckenwalde和Oranienburg等城市大規(guī)模的急性胃腸炎暴發(fā)的Berlin1195/2012/DE(KC832472)同源性高達99%,但其在重慶地區(qū)只引起少量的散發(fā)病例。 3.博卡病毒的基因型分布及重組狀況 (1)2011年共收集腹瀉標本504份,共有49份樣本為HBoV陽性,檢出陽性率為9.72%。男性兒童陽性31例,檢出率為10.20%；女性兒童18例,檢出率為9.00%。不同性別的患兒之間HBoV的檢出率無統(tǒng)計學差異(P=0.759)。不同年齡段之間的HBoV的檢出率無統(tǒng)計學差異(P=0.280)。HBoV分布具有季節(jié)性,在2月份和7-8月份存在兩個檢出率的高峰(P=0.002)。 (2)根據(jù)BLAST比對和NSl核酸序列進化樹的結(jié)果,將檢測到的HBoV分為3型,25株(51.02%)為HBoV1,23(46.94%)株為HBoV2,1株(2.04)為HBoV3,其檢出率分別為4.96%,4.56%和0.20%。重慶地區(qū)腹瀉樣本中HBoV病毒NS1序列的同源性為79.9～100%,HBoV1組內(nèi)的同源性為98.8～100%,HBoV2組內(nèi)的同源性為99.3～100%。重慶地區(qū)腹瀉HBov1與呼吸道的HBoVl有很高的同源性(98-100%)。HBoV2主要為HBoV-2B型,與FJ375129/Shanghai和FJ973559/Nigeria在進化樹上有很高的同源性,與EU082213/USA同源性較遠。腹瀉樣本1031病毒株與HBoV3病毒株JN086998/USA的同源性高達100%。 結(jié)論： 1.急性腹瀉病毒的病原譜及其流行特征 門診兒童急性腹瀉患者大多由病毒引起,其中GII型諾如病毒和A組輪狀病毒是引起門診兒童腹瀉的主要病原體,其他依次為ADV、ASV和SLV。7-24個月為GⅡ和RVA告高發(fā)年齡段兒童。GⅡ和RVA的感染流行均具有明顯的季節(jié)性,但兩種病毒的主要流行季節(jié)并不相同。GⅡ的病毒陽性檢出率在夏秋季為高峰。而RVA在秋季和冬季出現(xiàn)兩個流行高峰。門診兒童患者GⅡ的住院前就診天數(shù)長于RVA, RVA并發(fā)嘔吐概率高于GⅡ。復合感染患者發(fā)生嘔吐的比例顯著高于單一病毒感染患者。 2.諾如病毒的基因型分布及重組狀況 (1)不同年份流行的諾如病毒基因型不同。到2013年GⅡ.12/GⅡ.3和GⅡ.4Sydney_2012已經(jīng)取代GⅡ.42006b和GⅡ.4New Orleans2009成為重要的流行株。研究發(fā)現(xiàn)重慶的諾如病毒流行基因型的與時間密切相關(guān),而且非常具有典型性。一方面,世界范圍的的流行株GⅡ.42006b和GⅡ.4New Orleans2009在重慶地區(qū)的流行與消失,以及最新的世界范圍的流行株GⅡ.4Sydney_2012在重慶的出現(xiàn)并流行的時間與世界其他地方基本吻合。另一方面,具有地域性的,主要在亞太地區(qū)流行的GⅡ.12/GⅡ.3于2012-2013年在重慶地區(qū)也有很高的檢出率。 (2)重慶地區(qū)檢測到的散發(fā)諾如病毒基因型包括GⅡ.12/GⅡ.3GⅡ.15/GⅡ.15、GⅡ.6/GⅡ.6和GⅡ.16/GⅡ.13。其中GⅡ.16/GⅡ.13重組株為首次在中國地區(qū)檢測到。SimPlot重組分析和RPD.4分析結(jié)果都證實重組株的存在。 (3)2013年GⅡ.42006b消失后,我們在重慶檢測到的流行病毒株和散發(fā)病毒株都為不同ORF1/ORF2基因型的重組株。重慶地區(qū)諾如病毒的流行模式作為一個實例說明了諾如病毒重組,特別是ORF1/ORF2重疊區(qū)的重組對于諾如病毒進化的重要意義。 3.博卡病毒的基因型分布及重組狀況 對重慶地區(qū)急性腹瀉兒童進行的HBoV監(jiān)測結(jié)果顯示重慶地區(qū)兒童中HBoV在不同性別和年齡段人群分布無統(tǒng)計學差異,但是HBoV分布具有明顯的季節(jié)性,檢出率在2月和7-8月存在兩個高峰。HBoV1和HBoV2是HBoV主要的流行基因型,其中HBoV2全部為HBoV-2B。研究結(jié)果可為我國西南地區(qū)的兒童急性病毒性腹瀉的防控提供本底數(shù)據(jù)和科學依據(jù)。
【關(guān)鍵詞】：兒童 急性腹瀉 流行特征 諾如病毒 基因重組 博卡病毒
【學位授予單位】：中國人民解放軍軍事醫(yī)學科學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2014
【分類號】：R725.1
【目錄】：

• 目錄3-5
• 中文摘要5-9
• Abstract9-13
• 英漢縮寫對照與符號說明13-14
• 前言14-16
• 第一部分 門診兒童急性腹瀉病毒性病原譜及流行特征16-30
• (一)材料與方法16-22
• (二)結(jié)果22-27
• (三)討論27-28
• (四)結(jié)論28-30
• 第二部分 諾如病毒的分子流行病學30-48
• (一)材料和方法32-33
• (二)結(jié)果33-45
• (三)討論45-47
• (四)結(jié)論47-48
• 第三部分 博卡病毒的分子流行病學48-55
• (一)材料和方法48-50
• (二)結(jié)果50-52
• (三)討論52-53
• (四)結(jié)論53-55
• 創(chuàng)新點與不足之處55-56
• 創(chuàng)新點55
• 不足之處55-56
• 參考文獻56-62
• 綜述62-71
• 參考文獻66-71
• 附中文論文兩篇71-82
• 綜合性醫(yī)院醫(yī)院感染的描述性研究71-74
• 參考文獻73-74
• 重慶地區(qū)兒童急性腹灣相關(guān)博卡病毒的流行特征研究74-82
• 參考文獻80-82
• 附錄82-83
• 個人簡歷83-84
• 致謝84

【參考文獻】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前4條

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本文編號：648925