目的運(yùn)用生物信息學(xué)技術(shù)分析膽道閉鎖發(fā)生、發(fā)展的潛在生物學(xué)過程和關(guān)鍵基因。方法從公共數(shù)據(jù)庫平臺(tái)（GEO）下載膽道閉鎖相關(guān)的基因芯片數(shù)據(jù),運(yùn)用R語言分析與膽道閉鎖高度相關(guān)的差異基因;對(duì)差異基因進(jìn)行KEGG分析后,闡述其主要參與的信號(hào)通路。對(duì)差異基因構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò),從中篩選出主要的信息模塊。同時(shí),運(yùn)用GSEA篩選出膽道閉鎖中差異較顯著的兩條信號(hào)通路,富集出Core Enrichment Gene與主要模塊中的基因做交集,檢測(cè)不同基因?qū)δ懙篱]鎖診斷的準(zhǔn)確度。結(jié)果一共篩選出了146個(gè)與膽道閉鎖緊密相關(guān)的差異基因,KEGG分析指出其主要與細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附等信號(hào)通路相關(guān)。構(gòu)建蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)后,從中篩選出含有21個(gè)差異基因的模塊。GSEA篩選結(jié)果指出,在膽道閉鎖中差異較顯著的兩條信號(hào)通路為細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附。富集出79個(gè)Core Enrichment Gene與21個(gè)差異基因做交集后得到11個(gè)差異基因,其中JUN聯(lián)合LAMC2在肝組織中的表達(dá)診斷膽道閉鎖的準(zhǔn)確度為96.4%。結(jié)論生物信息學(xué)分析表明,細(xì)胞外基質(zhì)-受體相互作用及黏附可能與膽道閉鎖的發(fā)生、發(fā)展密切相關(guān),... 

【文章來源】：國際消化病雜志. 2020,40(02)

【文章頁數(shù)】：5 頁

【部分圖文】：

BA的DEG篩選 A BA肝組織與NC相比DEG的表達(dá) B DC與NC相比DEG的表達(dá) C DEG中表達(dá)上調(diào)的基因 D DEG中表達(dá)下調(diào)的基因

圖1 BA的DEG篩選 A BA肝組織與NC相比DEG的表達(dá) B DC與NC相比DEG的表達(dá) C DEG中表達(dá)上調(diào)的基因 D DEG中表達(dá)下調(diào)的基因圖3 GSEA篩選BA的信號(hào)通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI網(wǎng)絡(luò)分析出的差異基因與GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

GSEA篩選BA的信號(hào)通路 A ECM-receptor interaction通路 B Focal adhesion通路 C PPI網(wǎng)絡(luò)分析出的差異基因與GSEA富集出的Core Enrichment Gene做交集

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]Cellular and molecular mechanisms in the pathogenesis of liver fibrosis:An update[J]. Gülsüm ?zlem Elpek.  World Journal of Gastroenterology. 2014(23)



本文編號(hào)：3326551