神經(jīng)發(fā)育障礙（Neurodevelopmental disorders,NDDs）影響約2～5%的兒童,其臨床表型主要為智力障礙、注意力缺陷多動障礙、自閉癥譜系障礙、交流障礙、運動障礙和特定的學習障礙。NDDs病因的鑒別診斷相對耗時且昂貴,通常沒有明確的診斷結(jié)果。傳統(tǒng)方法包括染色體核型、全基因組拷貝數(shù)變異（Copy number variations,CNVs）等,對NDDs患者的診斷率不到30%。既往研究報道NDDs患者存在明顯的臨床和遺傳異質(zhì)性,導致病因鑒定困難。雖然全外顯子測序（Whole-exome sequencing,WES）、全基因組測序（Whole-genome sequencing,WGS）已用來診斷NDDs患者,但其臨床和成本效益尚不清楚。盡管臨床全外顯子組測序越來越多地被用于罕見孟德爾病的診斷,但在建立基因型-表型相關(guān)以解決致病基因或突變的計算分析方面仍然存在差距。人類表型本體論（Human Phenotype Ontology,HPO）為深入表型分析提供了最全面的生物信息學資源,是基因組生物學向臨床醫(yī)學轉(zhuǎn)化的橋梁,正逐步被用于罕見疾病的表型分析與鑒別診斷。Exo... 

【文章來源】：鄭州大學河南省 211工程院校

【文章頁數(shù)】：66 頁

【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖２．１該項目的技術(shù)路線圖??２．２研究對象??從河南省人民醫(yī)院遺傳研究所門診招募４５例以“發(fā)育遲緩／癲癇／孤獨癥”??

?材料與方法???每個變異進行注釋，該注釋描述了轉(zhuǎn)錄本內(nèi)部或之間的位置、變異的類型（錯??義、無義、基因間等）以及該變體對蛋白質(zhì)編碼序列的預測結(jié)果。然后，使用??不同的方法（如蛋白質(zhì)－蛋白質(zhì)相互作用和跨物種表型比較）對其余候選基因進行??優(yōu)先排序。（見下圖２．２）。??／?ＨＰＯ?術(shù)語丨??￣￣＞?ＰｈｅｎＩＸ??＞ＣＦ?和?ＰＥＤ?文彳ｊ?異注釋—》率?＞?ＰＨＩＶＥ??—＞?ｈｉＰＨＩＶＥ??—?＞?ＥｘｏｍｅＷａｌｋｅｒ??丨鶴麵嫌丨??圖２．２?ＰｈｅｎＩＸ算法根據(jù)ＨＰＯ術(shù)語與孟德爾疾病的分子病因?qū)W已闡明的患者表型的致病性和??語義相似性，對變異進行評估和排序。ＰＨＩＶＥ計算患者的臨床癥狀和體征與外顯子組中每??個候選基因相關(guān)的小鼠突變體中觀察到的表型之間的表型相似性。ｈｉＰＨＩＶＥ可以利用小鼠、??斑馬魚和人類的臨床數(shù)據(jù)，并在分析蛋白－蛋白相互作用網(wǎng)絡的基礎(chǔ)上，進行表型相似分析??及基因相互作用分析。ＥｘｏｍｅＷａｌｋｅｒ優(yōu)先級排序算法是通過識別外顯子組中的哪些突變基??因與該疾病先前涉及的基因密切相互作用來識別新的致病基因。??２．４．４?Ｓａｎｇｅｒ測序法驗證??對ＷＥＳ發(fā)現(xiàn)的候選致病基因進行Ｓａｎｇｅｒ測序，并進行家系間共分離分析。??引物采用Ｐｒｉｍｅｒ?Ｐｒｅｍｉｅｒ?５．０?（Ｐｒｅｍｉｅｒ?Ｂｉｏｓｏｆｔ）設計，引物交由武漢華大醫(yī)學檢驗??所有限公司合成，ＰＣＲ擴增覆蓋突變位點的片段。ＰＣＲ產(chǎn)物經(jīng)ＺｙｍｏｃｌｅａｎＰＣＲ??純化試劑盒（上海佰曄生物科技中心）進一步純化，使用進行正反雙向測序。??測序結(jié)果使用Ｓｎａｐｇｅｎｅ?Ｖｉｅｗｅｒ軟件分析。??１０??

?＾???Ａ?Ｕ神經(jīng)系統(tǒng)生理學?神經(jīng)系統(tǒng)形態(tài)學祌經(jīng)系統(tǒng)＾表型異常??Ｆｒｅｑｕｅｎｃｙ?ｉｎ?ＨＰＯ?ｄａｔａｂａｓｅｓ?＼?＼．?Ｊ??貧了，?＾?Ａ神經(jīng)發(fā)育異常＾??，?〇￥＞萌播?會?－？運？？（：成二一ｄｎ??祌經(jīng)發(fā)育延遲??＇，＾＾ｒ?－＾ｇ卜？脅〇？＝？?令今５０＾ｅ０ｒ?０?＾＾ｒ３５０＾００Ｇ０－?－??■＾ｒ?－＾ｅ＠ｅ０ｅ－?？？■?－＾０？－?－００＾＾？ａ？０ｅ＾ｓ＾）０??粗大運動發(fā)育ｉｆ緩精細運動發(fā)育遲緩運動障礙??圖３．］對異常表型基于ＨＰ０的分層結(jié)構(gòu)圖??為了闡明神經(jīng)發(fā)育障礙患者的臨床表現(xiàn)，我們對這些患者的表型進行了臨??床分析，共記錄了?１２１個由ＨＰ０定義的不同異常表型，分為神經(jīng)系統(tǒng)７０個異??常表型（又分為神經(jīng)系統(tǒng)生理學改變和神經(jīng)系統(tǒng)形態(tài)改變）和非神經(jīng)系統(tǒng)５１個??異常表型。根據(jù)ＤＳＭ－５對神經(jīng)發(fā)育障礙的定義，２３個表型屬于運動障礙（１９％）、??４個表型屬于交流障礙（３％）、有８個表型屬于智力障礙（６％）、２個表型歸為注意??缺陷／多動障礙（２％）、２個表型屬于孤獨癥譜系障礙（２％）、２個表型屬于特定??的學習障礙（２％）?；?６個表型屬于其他神經(jīng)發(fā)育障礙（５％）；共有４７個表型屬??于ＤＳＭ５對ＮＤＤｓ的定義，約占３９％。根據(jù)ＨＰ０分層結(jié)構(gòu)圖，ＤＳＭ５對分ＮＤＤｓ??分為７小類，多屬于神經(jīng)系統(tǒng)生理學改變。１２１個表型中有２個表型不屬于ＤＳＭ５??對ＮＤＤｓ的分類，而是屬于ＤＳＭ５中郁障礙中的破壞性情緒失調(diào)障礙；２１個神??經(jīng)系統(tǒng)表型屬于神經(jīng)形態(tài)改變（１７％）?，?５１個表型屬于非神經(jīng)系統(tǒng)表型（４２％）??（見圖３．２）。??１２??


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