本文關(guān)鍵詞：腸道病毒感染后嬰幼兒咽部菌群分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：背景:上呼吸道感染(upper respiratory tract infection,URTI)是兒童的常見病、多發(fā)病,多由病毒感染引起,細(xì)菌感染常繼發(fā)于其后,機(jī)制不明。腸道病毒(Enterovirus,EV)是引起URTI最常見的病原體之一,流行于春末、夏季和秋初。輕者可引起普通感冒、皰疹性咽峽炎和手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)等,重者甚至能導(dǎo)致急性心力衰竭、重癥肺炎、急性遲緩性脊髓炎和敗血癥等。由于目前尚沒有有效的抗病毒藥物和疫苗,每年大范圍的流行給各國家和地區(qū)帶來了巨大的經(jīng)濟(jì)負(fù)擔(dān),因此,尋找一種有效的預(yù)防或治療EV感染的方法具有重要意義。呼吸道定植著大量細(xì)菌,在長期與人類共同進(jìn)化的過程中,這些細(xì)菌與宿主機(jī)體形成了一個(gè)互利共生的狀態(tài)。它們被稱為正常菌群,參與宿主抵御感染、營養(yǎng)獲得、免疫成熟和神經(jīng)調(diào)節(jié)等過程。大量研究表明,腸道微生物菌群在病毒入侵時(shí)可能發(fā)揮雙重作用,即促進(jìn)或者抵御病毒感染,運(yùn)用宏基因組學(xué)方法篩選得到的一種或者若干種細(xì)菌可作為益生菌治療疾病或者改善癥狀。然而,當(dāng)EV入侵時(shí),呼吸道菌群承擔(dān)著怎樣的角色尚屬未知,我們擬運(yùn)用16S rDNA測(cè)序技術(shù)對(duì)EV感染后的嬰幼兒咽部菌群進(jìn)行分析,以揭示EV與上呼吸道菌群的相互作用,闡明其致病機(jī)制為EV感染的治療提供新思路。方法:1.在第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院兒科門診隨機(jī)收集符合入組條件的患兒的臨床資料和口咽拭子,入組條件為:1)由兒科主治醫(yī)師診斷為urti;2)1月內(nèi)未服用抗生素、益生菌和激素等;3)平素體健,1月內(nèi)未患任何感染性疾病;4)自愿參與調(diào)查并簽署知情同意書。在西京醫(yī)院預(yù)防保健科募集正常對(duì)照,其入組條件參照病例組(第一條除外)。運(yùn)用copaneswab標(biāo)本運(yùn)送系統(tǒng)采集樣本,采用epidata軟件設(shè)計(jì)問卷并錄入臨床資料。2.運(yùn)用luminexxtag?rvpfast試劑盒檢測(cè)呼吸道病毒。3.若ev為陽性,則提取樣本的全基因組dna,擴(kuò)增細(xì)菌16srdnav3-v4區(qū),搭載illuminamiseq平臺(tái)進(jìn)行測(cè)序,用生物信息學(xué)方法分析數(shù)據(jù)。4.運(yùn)用spss17.0作統(tǒng)計(jì)學(xué)分析,用graphpadprism5作圖。結(jié)果:1.2015年5-7月期間,本課題共募集到96名urti患兒和15名健康嬰幼兒。96個(gè)urti樣本中,79例檢出病毒,病毒檢出率為82.29%,其中ev、ev+其他病毒混合感染、除ev外其他病毒混合感染、副流感病毒2型、副流感病毒3型,冠狀病毒oc43分別占37.50%、11.46%、9.38%、6.25%、5.21%和5.21%。以3歲以下ev感染的嬰幼兒為研究對(duì)象,共24位感染者,平均年齡19.17月,男:女=14:10;15位健康對(duì)照的平均年齡為19.27月,男:女=10:5。此外,我們還隨機(jī)選取了3名ev+其他病毒混合感染的嬰幼兒和3名年齡大于3歲的兒童的咽拭子進(jìn)行了菌群改變的初步探索。2.illuminamiseq測(cè)序并對(duì)原始序列處理后,共獲得1,120,649條高質(zhì)量的16srdna序列,平均每個(gè)樣品(共45個(gè)樣品)24,903條序列。1)ev感染組較健康對(duì)照組,口咽部菌群多樣性降低,p=0.482,差異無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。在門水平,ev感染組梭桿菌門豐度顯著增加,p=0.0098,fdr=0.0098;在屬水平,假單胞菌屬豐度降低,p=0.0293,fdr=0.0293,孿生球菌屬和無類別的纖毛菌屬豐度明顯增加,前者p=0.0034,fdr=0.0102,后者p=0.0192,fdr=0.0288。孕周、生產(chǎn)方式、喂養(yǎng)方式、白細(xì)胞數(shù)、中性粒細(xì)胞百分比對(duì)腸道病毒感染組樣本的菌群構(gòu)成的影響沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。2)ev感染組內(nèi),無皰疹組較有皰疹組和對(duì)照組,菌群多樣性下降,p值依次是0.0111,0.0392。在物種豐度分析中,有皰疹組和無皰疹組菌群結(jié)構(gòu)在門水平和屬水平均沒有明顯差異。3)混合感染組較ev感染組菌群多樣性顯著降低,p=0.0020,梭桿菌門相對(duì)豐度降低,p=0.0409,菌群構(gòu)成個(gè)體差異大。4)大于3歲兒童咽部菌群的多樣性較嬰幼兒明顯降低,p=0.0062。屬水平表現(xiàn)為鏈球菌屬相對(duì)豐度降低,p=0.0229。結(jié)論:1.2015年5-7月,西安地區(qū)引起兒童URTI的病毒以EV、副流感病毒2型、副流感病毒3型和冠狀病毒OC43等為主。2.EV感染后,嬰幼兒咽部菌群多樣性降低,無類別的纖毛菌屬和孿生球菌屬豐度顯著增加,假單胞菌屬豐度相對(duì)降低,這可能為益生菌通過調(diào)節(jié)咽部菌群構(gòu)成來治療EV感染提供新思路。
【關(guān)鍵詞】：腸道病毒 微生物菌群 梭桿菌門 纖毛菌屬 上呼吸道感染
【學(xué)位授予單位】：第四軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：R725.1
【目錄】：

• 縮略語表5-7
• 中文摘要7-10
• 英文摘要10-14
• 前言14-16
• 文獻(xiàn)回顧16-26
• 一 材料與方法26-38
• 1 樣本和臨床資料收集26-27
• 1.1 URTI患兒和健康對(duì)照入組和排除標(biāo)準(zhǔn)26-27
• 1.2 樣本采集27
• 2 病毒核酸抽提及檢測(cè)27-30
• 2.1 主要試劑27
• 2.2 主要儀器27-28
• 2.3 病毒核酸抽提28-29
• 2.4 病毒檢測(cè)29-30
• 3 細(xì)菌基因組DNA提取及 16S r DNA測(cè)序30-35
• 3.1 主要試劑30-31
• 3.2 主要儀器31
• 3.3 實(shí)驗(yàn)步驟31-35
• 4 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析35-38
• 4.1 數(shù)據(jù)處理35-36
• 4.2 操作分類單元分類36-37
• 4.3 賦予物種分類單元37
• 4.4 基于OTU和物種分類的分析37-38
• 5 統(tǒng)計(jì)學(xué)分析38
• 二 結(jié)果38-54
• 1 病例資料及病毒檢測(cè)結(jié)果38-40
• 2 細(xì)菌基因組提取結(jié)果40-41
• 3 特異性擴(kuò)增 16S rDNA V3-V4區(qū)結(jié)果41-44
• 4 生物信息學(xué)分析44-54
• 4.1 16S rDNA分析結(jié)果44-46
• 4.2 菌群結(jié)構(gòu)分析46-54
• 三 討論54-59
• 小結(jié)59-60
• 參考文獻(xiàn)60-67
• 個(gè)人簡歷和研究成果67-68
• 致謝68

  本文關(guān)鍵詞：腸道病毒感染后嬰幼兒咽部菌群分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

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本文編號(hào)：285669