本文關(guān)鍵詞：腸道病毒感染后嬰幼兒咽部菌群分析，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：背景:上呼吸道感染(upper respiratory tract infection,URTI)是兒童的常見病、多發(fā)病,多由病毒感染引起,細菌感染常繼發(fā)于其后,機制不明。腸道病毒(Enterovirus,EV)是引起URTI最常見的病原體之一,流行于春末、夏季和秋初。輕者可引起普通感冒、皰疹性咽峽炎和手足口病(hand foot and mouth disease,HFMD)等,重者甚至能導(dǎo)致急性心力衰竭、重癥肺炎、急性遲緩性脊髓炎和敗血癥等。由于目前尚沒有有效的抗病毒藥物和疫苗,每年大范圍的流行給各國家和地區(qū)帶來了巨大的經(jīng)濟負擔,因此,尋找一種有效的預(yù)防或治療EV感染的方法具有重要意義。呼吸道定植著大量細菌,在長期與人類共同進化的過程中,這些細菌與宿主機體形成了一個互利共生的狀態(tài)。它們被稱為正常菌群,參與宿主抵御感染、營養(yǎng)獲得、免疫成熟和神經(jīng)調(diào)節(jié)等過程。大量研究表明,腸道微生物菌群在病毒入侵時可能發(fā)揮雙重作用,即促進或者抵御病毒感染,運用宏基因組學(xué)方法篩選得到的一種或者若干種細菌可作為益生菌治療疾病或者改善癥狀。然而,當EV入侵時,呼吸道菌群承擔著怎樣的角色尚屬未知,我們擬運用16S rDNA測序技術(shù)對EV感染后的嬰幼兒咽部菌群進行分析,以揭示EV與上呼吸道菌群的相互作用,闡明其致病機制為EV感染的治療提供新思路。方法:1.在第四軍醫(yī)大學(xué)西京醫(yī)院兒科門診隨機收集符合入組條件的患兒的臨床資料和口咽拭子,入組條件為:1)由兒科主治醫(yī)師診斷為urti;2)1月內(nèi)未服用抗生素、益生菌和激素等;3)平素體健,1月內(nèi)未患任何感染性疾病;4)自愿參與調(diào)查并簽署知情同意書。在西京醫(yī)院預(yù)防保健科募集正常對照,其入組條件參照病例組(第一條除外)。運用copaneswab標本運送系統(tǒng)采集樣本,采用epidata軟件設(shè)計問卷并錄入臨床資料。2.運用luminexxtag?rvpfast試劑盒檢測呼吸道病毒。3.若ev為陽性,則提取樣本的全基因組dna,擴增細菌16srdnav3-v4區(qū),搭載illuminamiseq平臺進行測序,用生物信息學(xué)方法分析數(shù)據(jù)。4.運用spss17.0作統(tǒng)計學(xué)分析,用graphpadprism5作圖。結(jié)果:1.2015年5-7月期間,本課題共募集到96名urti患兒和15名健康嬰幼兒。96個urti樣本中,79例檢出病毒,病毒檢出率為82.29%,其中ev、ev+其他病毒混合感染、除ev外其他病毒混合感染、副流感病毒2型、副流感病毒3型,冠狀病毒oc43分別占37.50%、11.46%、9.38%、6.25%、5.21%和5.21%。以3歲以下ev感染的嬰幼兒為研究對象,共24位感染者,平均年齡19.17月,男:女=14:10;15位健康對照的平均年齡為19.27月,男:女=10:5。此外,我們還隨機選取了3名ev+其他病毒混合感染的嬰幼兒和3名年齡大于3歲的兒童的咽拭子進行了菌群改變的初步探索。2.illuminamiseq測序并對原始序列處理后,共獲得1,120,649條高質(zhì)量的16srdna序列,平均每個樣品(共45個樣品)24,903條序列。1)ev感染組較健康對照組,口咽部菌群多樣性降低,p=0.482,差異無統(tǒng)計學(xué)意義。在門水平,ev感染組梭桿菌門豐度顯著增加,p=0.0098,fdr=0.0098;在屬水平,假單胞菌屬豐度降低,p=0.0293,fdr=0.0293,孿生球菌屬和無類別的纖毛菌屬豐度明顯增加,前者p=0.0034,fdr=0.0102,后者p=0.0192,fdr=0.0288。孕周、生產(chǎn)方式、喂養(yǎng)方式、白細胞數(shù)、中性粒細胞百分比對腸道病毒感染組樣本的菌群構(gòu)成的影響沒有統(tǒng)計學(xué)意義。2)ev感染組內(nèi),無皰疹組較有皰疹組和對照組,菌群多樣性下降,p值依次是0.0111,0.0392。在物種豐度分析中,有皰疹組和無皰疹組菌群結(jié)構(gòu)在門水平和屬水平均沒有明顯差異。3)混合感染組較ev感染組菌群多樣性顯著降低,p=0.0020,梭桿菌門相對豐度降低,p=0.0409,菌群構(gòu)成個體差異大。4)大于3歲兒童咽部菌群的多樣性較嬰幼兒明顯降低,p=0.0062。屬水平表現(xiàn)為鏈球菌屬相對豐度降低,p=0.0229。結(jié)論:1.2015年5-7月,西安地區(qū)引起兒童URTI的病毒以EV、副流感病毒2型、副流感病毒3型和冠狀病毒OC43等為主。2.EV感染后,嬰幼兒咽部菌群多樣性降低,無類別的纖毛菌屬和孿生球菌屬豐度顯著增加,假單胞菌屬豐度相對降低,這可能為益生菌通過調(diào)節(jié)咽部菌群構(gòu)成來治療EV感染提供新思路。
【關(guān)鍵詞】：腸道病毒 微生物菌群 梭桿菌門 纖毛菌屬 上呼吸道感染
【學(xué)位授予單位】：第四軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：R725.1
【目錄】：

• 縮略語表5-7
• 中文摘要7-10
• 英文摘要10-14
• 前言14-16
• 文獻回顧16-26
• 一 材料與方法26-38
• 1 樣本和臨床資料收集26-27
• 1.1 URTI患兒和健康對照入組和排除標準26-27
• 1.2 樣本采集27
• 2 病毒核酸抽提及檢測27-30
• 2.1 主要試劑27
• 2.2 主要儀器27-28
• 2.3 病毒核酸抽提28-29
• 2.4 病毒檢測29-30
• 3 細菌基因組DNA提取及 16S r DNA測序30-35
• 3.1 主要試劑30-31
• 3.2 主要儀器31
• 3.3 實驗步驟31-35
• 4 生物信息學(xué)數(shù)據(jù)分析35-38
• 4.1 數(shù)據(jù)處理35-36
• 4.2 操作分類單元分類36-37
• 4.3 賦予物種分類單元37
• 4.4 基于OTU和物種分類的分析37-38
• 5 統(tǒng)計學(xué)分析38
• 二 結(jié)果38-54
• 1 病例資料及病毒檢測結(jié)果38-40
• 2 細菌基因組提取結(jié)果40-41
• 3 特異性擴增 16S rDNA V3-V4區(qū)結(jié)果41-44
• 4 生物信息學(xué)分析44-54
• 4.1 16S rDNA分析結(jié)果44-46
• 4.2 菌群結(jié)構(gòu)分析46-54
• 三 討論54-59
• 小結(jié)59-60
• 參考文獻60-67
• 個人簡歷和研究成果67-68
• 致謝68

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本文編號：285669