第一部分通過高通量測(cè)序的方法探討母乳性黃疸患兒腸道微生物群的特征及功能目的:通過高通量測(cè)序探討母乳性黃疸嬰幼兒腸道微生物群的特征及功能。方法:收集并選取2015年10月至2016年3月遵義市第一人民醫(yī)院新生兒科和產(chǎn)科共34例嬰幼兒為研究對(duì)象,分為母乳性黃疸(BMJ)病例組(16例)和母乳喂養(yǎng)未有黃疸對(duì)照組(18例),提取糞便DNA并通過PCR擴(kuò)增和1%瓊脂糖凝膠電泳分析,然后用Mi Seq系統(tǒng)測(cè)序。采用相對(duì)生物信息學(xué)方法分析DNA測(cè)序數(shù)據(jù),利用Illumina高通量測(cè)序平臺(tái)分析嬰兒糞便樣品中的16S r DNA V3和V4片段進(jìn)行相關(guān)生物信息學(xué)分析。結(jié)果:母乳性黃疸患兒與母乳喂養(yǎng)未發(fā)生黃疸嬰幼兒的菌群相比,大便中的腸道菌群在屬水平鏈球菌屬比對(duì)照組顯著增多,腸球菌屬比對(duì)照組顯著減少(P0.05);物種差異分析結(jié)果顯示在門水平兩組大便中變形菌門、厚壁菌門、放線菌及擬桿菌均沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異;母乳性黃疸患兒腸道菌群的多樣性與對(duì)照組菌群多樣性相比,兩組沒有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(P0.05);16S功能預(yù)測(cè)結(jié)果顯示在lever3水平,青霉素和頭孢菌素生物合成代謝通路差別有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義,在母乳性黃疸組中青霉素和頭孢菌素的生物合成增多(P0.05)。結(jié)論:母乳性黃疸嬰兒腸道微生物組中鏈球菌屬比例顯著增多,而腸球菌屬比例顯著減少,這提示母乳喂養(yǎng)嬰兒腸道中的鏈球菌和腸球菌對(duì)于降低母乳性黃疸的發(fā)生是有重要作用的。第二部分:代謝組學(xué)的方法分析母乳性黃疸的腸道菌群特點(diǎn)目的:代謝組學(xué)方法分析母乳性黃疸患兒腸道菌群的差異代謝物,以期找到與母乳性黃疸相關(guān)的生物標(biāo)記物。方法:收集并選取2015年10月至2017年4月遵義市第一人民醫(yī)院新生兒科和產(chǎn)科共65例嬰幼兒為研究對(duì)象,分為母乳性黃疸病例組(30例)和母乳喂養(yǎng)未發(fā)生黃疸對(duì)照組(35例),利用氣相色譜儀-質(zhì)譜儀(Gas chromatograph-mass spectrometer,GC-MS)對(duì)細(xì)菌的代謝產(chǎn)物進(jìn)行靶向測(cè)定短鏈脂肪酸分析研究。結(jié)果:共有65例糞便標(biāo)本納入研究,分析發(fā)現(xiàn)乙酸在母乳性黃疸(BMJ)組中含量低于對(duì)照組(734.4±95.41ug/g vs 1148±134.5ug/g),兩組比較有統(tǒng)計(jì)學(xué)差異(t=2.56,P0.05);丙酸在BMJ組中含量低于對(duì)照組【46.81(44.26,56.06)ug/g vs 53.13(45.1,127.41)ug/g】,兩組比較差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義(F=-2.12,P0.05)。結(jié)論:母乳性黃疸嬰兒腸道菌群代謝物中乙酸和丙酸(短鏈脂肪酸)顯著減少,提示母乳喂養(yǎng)嬰兒代謝產(chǎn)物中的乙酸和丙酸與母乳性黃疸的發(fā)生有著重要的關(guān)系,同時(shí)腸道菌群組成分析結(jié)果與代謝組學(xué)分析結(jié)果有著良好的聯(lián)系,為多組學(xué)深入研究BMJ的發(fā)病機(jī)制提供可能。
【學(xué)位單位】：重慶醫(yī)科大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：R722.17
【部分圖文】：

重慶醫(yī)科大學(xué)博士研究生學(xué)位論文可根據(jù)不同的相似度水平，對(duì)所有序列進(jìn)行 OTU 劃分，通常在 97%的相似水平下的 OTU 進(jìn)行分類學(xué)分析，并分別在各個(gè)分類水平：域（domain），界（kingdom），門（phylum），綱（class），目（order），科（family），屬（genus），種（species）統(tǒng)計(jì)各樣本的群落組成；根據(jù) OTU 聚類分析結(jié)果，對(duì)測(cè)序深度進(jìn)行檢測(cè)同時(shí)進(jìn)行物種多樣性分析；根據(jù) OTU 分布情況，比較不同分組間 OTU 組成重疊及差異情況。綜上所述，在得到序列基礎(chǔ)上進(jìn)行 系列關(guān)于物種多樣性及群落結(jié)構(gòu)的生物信息學(xué)及統(tǒng)計(jì)學(xué)分析。

選取收集 34 例，糞便細(xì)菌 DNA 進(jìn)行高通量上機(jī)測(cè)序，其中 BMJ 組 16 例，對(duì)照組 18 例，所有樣本經(jīng) Illumina Miseq 平臺(tái)測(cè)序序列優(yōu)化后，共獲得序列數(shù)1,176,681 條，每份樣本平均序列數(shù)為 15135 條。測(cè)序深度均達(dá)到 99.66%以上。統(tǒng)計(jì)各樣本 OTU 聚類情況和對(duì)應(yīng)物種分類學(xué)譜系，按最小樣本序列數(shù)進(jìn)行樣本抽平，得到從域、界、門、綱、目、科、屬、種以及 OUT 個(gè)數(shù)分別為：Domain:1、Kingdom:1、Phylum:40、Class:82、Order:169、Family:300、Genus:466、Species:779以及 OTU:1215。2.2.2 Pan／Core 物種分析由圖 1.3 的 Pan／Core 物種分析圖可知，隨著樣本量的加大，物種總量在增多，成正比，上升趨勢(shì)；而隨著樣本量的增多核心物種量在變少，成反比，下降趨勢(shì)的變化情況。

B12 25 1.199079 0.438848 45.094986 39 0.999503B13 312 3.489026 0.132981 320.199837 337.090909 0.998508B14 30 0.973868 0.476624 47.641152 43 0.999129B15 208 1.888897 0.210897 557.647404 388.025641 0.9926B16 352 1.949541 0.281388 545.23686 507.081081 0.990548基于上表的基礎(chǔ)數(shù)據(jù)對(duì) Shannon 和 Ace 指數(shù)進(jìn)行組間差異檢驗(yàn)分析，由圖 1.4可知，Shannon 指數(shù) BMJ 組高于對(duì)照組，進(jìn) 步統(tǒng)計(jì)學(xué)分析得出 BMJ 組的 Shannon指數(shù)：1.38±0.79，對(duì)照組：1.17±0.64，兩組比較無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＞0.05）；Ace指數(shù) BMJ 組高于對(duì)照組，統(tǒng)計(jì)學(xué)分析得出 BMJ 組的 Ace 指數(shù)：229.81±176.62，對(duì)照組：258.06±186.91，兩組比較無統(tǒng)計(jì)學(xué)意義（P＞0.05），說明 BMJ 組患兒糞便標(biāo)本腸道菌群多樣性和豐富度沒有明顯變化（見圖 1.4）。P＞0.05P＞0.05

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2825067