兒童哮喘危險(xiǎn)因素和TIM基因多態(tài)性研究
發(fā)布時(shí)間:2020-04-23 01:03
【摘要】:研究背景 哮喘是兒童時(shí)期最常見的慢性呼吸道變應(yīng)性疾病,近些年來在全球范圍有逐漸增加的趨勢[1,2]。大多數(shù)成年期哮喘由兒童哮喘發(fā)展而來,其病因既受環(huán)境因素的影響,又有明顯的遺傳傾向,是一種復(fù)雜的多基因遺傳性疾病[3]。 McIntire[4]在小鼠11號染色體上確定了一個(gè)可以調(diào)節(jié)T細(xì)胞和氣道表型的基因座T細(xì)胞和氣道表型調(diào)節(jié)因子Tapr(T cell and airway phenotype regulator),并在這一座位上發(fā)現(xiàn)了一個(gè)新的基因T細(xì)胞免疫球蛋白粘蛋白域TIM (T cell immunoglobulin domainand mucin domain)基因家族,從此人們揭開了TIM家族的神秘面紗。人類的TIM基因家族有三個(gè)即:TIM-1、TIM-3和TIM-4,定位于染色體5q33.2[5-7],此區(qū)域是哮喘的主要遺傳易感位點(diǎn)之一。TIM蛋白是TIM基因編碼的I型跨膜蛋白,其基本結(jié)構(gòu)包括N末端免疫球蛋白V區(qū)(IgV)結(jié)構(gòu)域、黏蛋白樣結(jié)構(gòu)域、跨膜區(qū)和一個(gè)帶有磷酸化基序的胞質(zhì)尾區(qū)結(jié)構(gòu)[8]。TIM基因家族在哮喘等變態(tài)反應(yīng)性疾病和自身免疫性疾病的發(fā)生發(fā)展中起到至關(guān)重要的作用[9]。TIM-1是TIM家族第一個(gè)被發(fā)現(xiàn)也是最重要的一個(gè)分子,在非洲綠猴的腎臟細(xì)胞中首次被發(fā)現(xiàn)[10]。后來被證實(shí)與人類甲型肝炎病毒受體humanhepatitis A virus receptor,hHAVcr-1[11]及腎損傷分子1 kidney injury molecule 1,KIM-1[12]為同一分子。TIM-1分子不僅選擇性地表達(dá)在活化的CD4+T細(xì)胞表面尤其是Th2細(xì)胞表面,調(diào)節(jié)Th2型細(xì)胞介導(dǎo)的免疫應(yīng)答[4,6],還影響巨噬細(xì)胞在局部炎癥中的作用[13]。而TIM-3分子主要表達(dá)在終末期的Th1細(xì)胞表面,對Th1細(xì)胞起負(fù)性調(diào)控作用[14,15]。TIM-4是TIM-1的天然配體,專一地表達(dá)在巨噬細(xì)胞,樹突狀細(xì)胞等抗原體呈細(xì)胞表面,與TIM-1結(jié)合后刺激Th2細(xì)胞的增值和分化[16,17]。因此,人類TIM基因家族在參與Th1/Th2細(xì)胞介導(dǎo)的免疫調(diào)節(jié)中起到關(guān)鍵作用[5]。 研究目的 調(diào)查重慶地區(qū)兒童哮喘發(fā)病的相關(guān)因素,分析TIM-1基因多態(tài)性和HAV感染、TIM-4基因多態(tài)性與中國西南地區(qū)兒童哮喘的關(guān)系,為兒童哮喘的特異性預(yù)防和治療提供參考。 研究方法 1.以重慶第三軍醫(yī)大學(xué)附屬西南醫(yī)院兒科哮喘門診或兒科病房2007年6月-2010年12月期間哮喘兒童413例,采取數(shù)字隨機(jī)法選取同期來院體檢及就診的非哮喘的兒童420例作為對照。通過問卷調(diào)查和做相應(yīng)檢查,追溯哮喘病史并隨訪其治療情況,尋找哮喘發(fā)病的相關(guān)因素。 2.收集2007-2010年在本院兒科門診及住院部就診懷疑哮喘的所有兒童,選取均檢測SPT、TIgE、外周血EOS水平和肺功能的患兒549例,以[18]2003年中華醫(yī)學(xué)會兒科分會呼吸組制定的兒童哮喘防治常規(guī)(試行)以臨床標(biāo)準(zhǔn)(臨床癥狀和肺功能)最終確診358例為哮喘(包括咳嗽變異型哮喘),191例為其他疾病,包括上呼吸道感染、肺炎、濕疹、蕁麻疹、慢性咳嗽(非咳嗽變異型哮喘)、過敏性鼻炎、結(jié)核等。作出受試者工作特征曲線(ROC曲線),確定診斷截?cái)帱c(diǎn)(cut off points)TIgE為88IU/ml,EOS為288×106個(gè)/L,,為兒童哮喘的診斷提供參考。 3.選取TIM-1外顯子4(157insMTTTVP)和啟動子區(qū)-416GC、-1454GA兩個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)和TIM-4基因啟動子區(qū)的rs6882076和內(nèi)含子區(qū)rs4704727兩個(gè)位點(diǎn)。選取哮喘組兒童579例,平均年齡7.2歲,對照組兒童524例,平均年齡7.6歲,采用聚合酶鏈反應(yīng)檢測所有研究對象的TIM-1三個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)和TIM-4兩個(gè)多態(tài)性位點(diǎn)的基因型及等位基因頻率,并檢測HAV感染狀態(tài),進(jìn)行病例對照研究分層分析。 研究結(jié)果 1.調(diào)查10各相關(guān)因素,經(jīng)非條件logistic回歸分析,最終發(fā)現(xiàn)6個(gè)危險(xiǎn)因素,其中家族遺傳性、特應(yīng)性體質(zhì)、皮膚點(diǎn)刺陽性、總IgE是兒童哮喘的高危因素;2個(gè)保護(hù)因素:母乳喂養(yǎng)和HAV感染。 2.應(yīng)用非參數(shù)法估計(jì)兒童哮喘的3種檢驗(yàn)方法曲線下面積:EOS為0.699(95%CI 0.655~0.744),TIgE為0.827(95% CI 0.793~0.862),SPT為0.806(95% CI 0.766~0.847)。檢驗(yàn)的靈敏度、特異度、正確率、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值,TIgE分別是85.5%、64.7%、77.2%、77.9%、75.9%;SPT分別是87.5%、71.8%、81.6%、83.8%、77.5%;而EOS分別是77.5%、46.8%、61.9%、58.7%、68.1%;TigE+SPT平行試驗(yàn)驗(yàn)分別是81.4%、75.2%、79.6%、89.1%、61.8%;TIgE+SPT系列試驗(yàn)分別是94.2%、64.1%、79.2%、72.6%、91.6%。 3.哮喘組和對照組HAV暴露的水平研究發(fā)現(xiàn),哮喘組和對照組的HAV水平存在顯著性差異,HAV血清陰性組相對于陽性組是發(fā)生兒童哮喘的危險(xiǎn)因素(OR=5.529,3.850-7.939,P=0.000)。-416GC位點(diǎn)與哮喘易感性相關(guān)(P=0.002,OR=1.384,95%CI1.148-1.669),外顯子4插入缺失變異和-1454GA位點(diǎn)均與哮喘無相關(guān)性。TIM-4內(nèi)含子區(qū)rs4704727位點(diǎn)與哮喘易感性相關(guān)(P㩳0.00,OR=1.603,95%CI 1.304-1.971),TIM-4啟動子區(qū)rs6882076位點(diǎn)與哮喘易感性無相關(guān)性。 結(jié)論 通過對兒童哮喘患兒的可疑危險(xiǎn)因素的Logistic回歸分析,診斷方法的評價(jià)和TIM基因家族聚合酶鏈反應(yīng)-限制性片段長度多態(tài)性(PCR-RFLP)病例對照研究結(jié)果顯示: 1、遺傳因素與哮喘密切相關(guān),特應(yīng)性體質(zhì)是兒童哮喘的危險(xiǎn)因素。母乳喂養(yǎng)和HAV感染為兒童哮喘保護(hù)因素。 2、TIgE與SPT的靈敏度、特異度、正確率、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值相似,且均優(yōu)于EOS,無論是平行試驗(yàn)還是系列試驗(yàn)TIgE+SPT的組合均優(yōu)于各組中的其他組合,TIgE+SPT的聯(lián)合試驗(yàn)對哮喘的診斷意義較大。 3、TIM-1基因-416GC位點(diǎn)與哮喘易感性相關(guān),但與HAV感染水平無關(guān)。TIM-4內(nèi)含子區(qū)rs4704727位點(diǎn)與哮喘易感性相關(guān)(P㩳0.00,OR=1.603,95%CI 1.304-1.971),TIM-4啟動子區(qū)rs6882076位點(diǎn)與哮喘易感性無相關(guān)性。
【圖文】:
果秩和檢驗(yàn)的 Mann-Whitney統(tǒng)計(jì)量相等。本實(shí)驗(yàn)RO95% CI 0.655~0.744),TIgE為 0.827(95% CI 0.793 CI 0.766~0.847),對于一個(gè)診斷試驗(yàn),ROC曲線下較低,在0.7~0.9之間時(shí)診斷價(jià)值中等,在0.9以上時(shí)診診斷價(jià)值較低,而TIgE和SPT的診斷價(jià)值較高。以TI標(biāo)準(zhǔn)(即≥88IU/ml為陽性,<88IU/ml為陰性),以E診斷標(biāo)準(zhǔn)(即≥288×106個(gè)/L為陽性,<288×106個(gè)/L為IgE、SPT的比較(表 2.1)。并同時(shí)計(jì)算了三種檢查方法T、TIgE、EOS三個(gè)實(shí)驗(yàn)只要有一個(gè)試驗(yàn)陽性,就可以驗(yàn)),只有全部實(shí)驗(yàn)均為陽性時(shí)才能診斷哮喘。以上實(shí)gE、SPT單獨(dú)和聯(lián)合檢測對哮喘的診斷實(shí)驗(yàn)結(jié)果評價(jià)。正確率、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值相似,且均優(yōu)于EO判斷結(jié)果一致。無論是平行試驗(yàn)還是系列實(shí)驗(yàn)TIgE+SP合,說明TIgE+SPT的聯(lián)合實(shí)驗(yàn)對哮喘的診斷意義較大
區(qū)分哮喘組和對照組的等位基因和基因型之間的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,并分析哮喘遺傳多態(tài)性的風(fēng)險(xiǎn) odds ratios (ORs) and 95% confidence interval(CI)。采用在線 SHEsis 軟件(http://analysis.bio-x.cn/myAnalysis.php)進(jìn)行兩兩 SNP 位點(diǎn)的連鎖不平衡分析并構(gòu)建單體型進(jìn)行病例對照研究。血清總 IgE、EOS 和 SPT 水平在各組之間的差異采用 SPS統(tǒng)計(jì)軟件中的單因素方差分析進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析. P <0.05 有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié) 果1 SNP 分型結(jié)果1.1 全基因組 DNA 電泳結(jié)果取全基因組 DNA 20ul 在 1%的瓊脂糖凝膠電泳中進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)均跑出較為明亮的單一條帶(圖 3.1),說明 DNA 提取的量和濃度均達(dá)到要求。
【學(xué)位授予單位】:第三軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2011
【分類號】:R725.6
【圖文】:
果秩和檢驗(yàn)的 Mann-Whitney統(tǒng)計(jì)量相等。本實(shí)驗(yàn)RO95% CI 0.655~0.744),TIgE為 0.827(95% CI 0.793 CI 0.766~0.847),對于一個(gè)診斷試驗(yàn),ROC曲線下較低,在0.7~0.9之間時(shí)診斷價(jià)值中等,在0.9以上時(shí)診診斷價(jià)值較低,而TIgE和SPT的診斷價(jià)值較高。以TI標(biāo)準(zhǔn)(即≥88IU/ml為陽性,<88IU/ml為陰性),以E診斷標(biāo)準(zhǔn)(即≥288×106個(gè)/L為陽性,<288×106個(gè)/L為IgE、SPT的比較(表 2.1)。并同時(shí)計(jì)算了三種檢查方法T、TIgE、EOS三個(gè)實(shí)驗(yàn)只要有一個(gè)試驗(yàn)陽性,就可以驗(yàn)),只有全部實(shí)驗(yàn)均為陽性時(shí)才能診斷哮喘。以上實(shí)gE、SPT單獨(dú)和聯(lián)合檢測對哮喘的診斷實(shí)驗(yàn)結(jié)果評價(jià)。正確率、陽性預(yù)測值、陰性預(yù)測值相似,且均優(yōu)于EO判斷結(jié)果一致。無論是平行試驗(yàn)還是系列實(shí)驗(yàn)TIgE+SP合,說明TIgE+SPT的聯(lián)合實(shí)驗(yàn)對哮喘的診斷意義較大
區(qū)分哮喘組和對照組的等位基因和基因型之間的統(tǒng)計(jì)學(xué)差異,并分析哮喘遺傳多態(tài)性的風(fēng)險(xiǎn) odds ratios (ORs) and 95% confidence interval(CI)。采用在線 SHEsis 軟件(http://analysis.bio-x.cn/myAnalysis.php)進(jìn)行兩兩 SNP 位點(diǎn)的連鎖不平衡分析并構(gòu)建單體型進(jìn)行病例對照研究。血清總 IgE、EOS 和 SPT 水平在各組之間的差異采用 SPS統(tǒng)計(jì)軟件中的單因素方差分析進(jìn)行統(tǒng)計(jì)分析. P <0.05 有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。結(jié) 果1 SNP 分型結(jié)果1.1 全基因組 DNA 電泳結(jié)果取全基因組 DNA 20ul 在 1%的瓊脂糖凝膠電泳中進(jìn)行分析,結(jié)果發(fā)現(xiàn)均跑出較為明亮的單一條帶(圖 3.1),說明 DNA 提取的量和濃度均達(dá)到要求。
【學(xué)位授予單位】:第三軍醫(yī)大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2011
【分類號】:R725.6
【參考文獻(xiàn)】
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1 陶松雪;潘家華;;兒童肥胖與哮喘[J];安徽醫(yī)學(xué);2009年11期
2 王s
本文編號:2637175
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