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hsa-miR-378的生物信息學(xué)特征及其在人脂肪細(xì)胞中的表達(dá)調(diào)控規(guī)律

發(fā)布時(shí)間:2019-04-21 09:37
【摘要】:目的本研究主要探討:1、脂肪細(xì)胞分化相關(guān)micro-RNA-hsa-miR-378的預(yù)期生物學(xué)功能,包括轉(zhuǎn)錄調(diào)控、靶基因功能;2、miR-378在脂肪細(xì)胞分化前后的表達(dá)變化。3, TNF-α、IL-6、leptin、resistin分別對(duì)人脂肪細(xì)胞中miR-378表達(dá)的影響。 方法1、應(yīng)用UCSC Genome Browser Promoter scan等在線工具,分析hsa-miR-378在基因組上下游10kb以內(nèi)的CpG島分布情況、轉(zhuǎn)錄起始位置(TSS)、轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位置(TFBS)等;選擇TargetScan、PicTar、MiRanda三種計(jì)算方法預(yù)測(cè)hsa-miR-378的靶基因,取三個(gè)預(yù)測(cè)結(jié)果的交集,并合并DIANA LAB-TarBase6.0數(shù)據(jù)庫(kù)的已驗(yàn)證靶標(biāo),對(duì)所得靶基因集分別進(jìn)行GO注釋描述、GO富集分析和pathway富集分析。2、利用Real-time PCR技術(shù),檢測(cè)脂肪細(xì)胞分化前后miR-378的表達(dá)水平,及TNF-α、IL-6等干預(yù)前后miR-378的表達(dá)水平。 結(jié)果1、生物信息學(xué)分析顯示:hsa-miR-378可能具有獨(dú)立的啟動(dòng)子,可能受C/EBP β轉(zhuǎn)錄因子的調(diào)控;其預(yù)測(cè)靶基因集合富集于轉(zhuǎn)錄調(diào)控、蛋白質(zhì)修飾、細(xì)胞分化等生物學(xué)過(guò)程和功能(P0.01);并顯著富集于TGF-β信號(hào)通路、Wm信號(hào)通路等4個(gè)信號(hào)通路,以及甲狀腺癌、系統(tǒng)性紅斑狼瘡等8個(gè)疾病通路中p0.05)。2、分化成熟的人脂肪細(xì)胞中miR-378的表達(dá)量較分化前顯著上調(diào)(P0.05)。3、TNF-α、IL-6及l(fā)eptin顯著上調(diào)人成熟脂肪細(xì)胞中miR-378的表達(dá)(P0.05),但resistin對(duì)其表達(dá)量無(wú)影響(P0.05)。 結(jié)論hsa-miR-378與人脂肪細(xì)胞的分化成熟過(guò)程密切相關(guān);m1K-3/8可能生肥胖及其并發(fā)癥的發(fā)生發(fā)展中起重要作用,并為肥胖的早期干預(yù)及肥胖相關(guān)并發(fā)癥的防治提供新的靶點(diǎn)。
[Abstract]:Objective to investigate the expected biological functions of adipocyte differentiation-related micro-RNA-hsa-miR-378, including transcriptional regulation and target gene function. 2. The changes of miR-378 expression in adipocytes before and after adipocyte differentiation. 3. The effects of TNF- 偽 and IL-6,leptin,resistin on the expression of miR-378 in human adipocytes. Methods 1. UCSC Genome Browser Promoter scan and other online tools were used to analyze the distribution of CpG islands within the upstream and downstream 10kb of the genome, and the transcription initiation site, (TSS), transcription factor binding site (TFBS), and so on. Three calculation methods of TargetScan,PicTar,MiRanda were used to predict the target gene of hsa-miR-378. The intersection of the three prediction results was taken, and the validated target of DIANA LAB-TarBase6.0 database was combined. The target gene set was described by GO annotation. GO enrichment analysis and pathway enrichment analysis. 2. MiR-378 expression level before and after adipocyte differentiation and miR-378 expression level before and after intervention of TNF- 偽 and IL-6 were detected by Real-time PCR technique. Results 1. Bioinformatics analysis showed that hsa-miR-378 may have independent promoter and may be regulated by C/EBP 尾 transcription factor. The predicted target genes were enriched in biological processes and functions such as transcriptional regulation, protein modification, cell differentiation and so on (P0.01). And significantly enriched in TGF- 尾 signaling pathway, Wm signaling pathway, and 8 disease pathways, such as thyroid cancer and systemic lupus erythematosus (p0.05). The expression of miR-378 in differentiated and mature human adipocytes was significantly up-regulated compared with that before differentiation (P0.05). 3. TNF-偽, IL-6 and leptin up-regulated the expression of miR-378 in human mature adipocytes (P0.05). However, resistin had no effect on its expression (P0.05). Conclusion hsa-miR-378 is closely related to the differentiation and maturation of human adipocytes. M1K-3/8 may play an important role in the occurrence and development of obesity and its complications, and provide a new target for the early intervention of obesity and the prevention and treatment of obesity-related complications.
【學(xué)位授予單位】:南通大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2013
【分類號(hào)】:R723.14

【共引文獻(xiàn)】

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本文編號(hào):2462068

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