本文關(guān)鍵詞：豬戊型肝炎病毒熒光定量PCR檢測方法的建立及鹽城地區(qū)流行病學(xué)調(diào)查

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【摘要】：戊型肝炎是由戊型肝炎病毒(Hepatitis E virus,HEV)感染引發(fā)的一種急性的病毒性傳染病。HEV主要在發(fā)展中國家流行,在發(fā)達(dá)國家呈散發(fā)性流行,在我國感染率較高。市場上用于治療戊型肝炎的藥物很少,現(xiàn)在對于HEV的防治,主要以預(yù)防及切斷傳播途徑為主。1.為建立豬戊型肝炎病毒(Swine Hepatitis E virus,SHEV)的TaqMan熒光定量PCR檢測方法,本研究根據(jù)SHEV基因ORF2保守區(qū)設(shè)計引物及探針,并對PCR反應(yīng)條件進行優(yōu)化。結(jié)果表明,該方法相關(guān)系數(shù)可達(dá)0.999,102拷貝/μL~109拷貝/μL內(nèi)具有良好的線性關(guān)系。對豬圓環(huán)病毒2型、豬瘟病毒、豬繁殖與呼吸綜合征病毒和偽狂犬病毒的RNA或DNA進行檢測,結(jié)果均為陰性。該方法可檢出最低拷貝數(shù)為101拷貝/μL。重復(fù)性試驗結(jié)果表明該方法的批內(nèi)和批間變異系數(shù)均小于等于3.0%。本研究使用熒光定量PCR對黑龍江省臨床收集的131份樣品(肝臟45份、糞便86份)進行檢測,總陽性率為11.45%,其中肝臟陽性率為22.22%,糞便陽性率為5.81%。該方法的建立為SHEV的快速檢出及絕對定量奠定了良好的基礎(chǔ)。2.為了解鹽城地區(qū)豬群感染SHEV的情況,在江蘇省鹽城地區(qū)10家豬場采集了747份豬糞便樣品進行檢測。采用套式RT-PCR的方法對目的片段進行擴增,通過測序及比對分析。研究結(jié)果表明,10家豬場均存在SHEV感染,感染率因豬場及生長階段而異,感染率分布在2%~28%。試驗共檢出陽性樣品86份,可測序樣品81份。對測序結(jié)果進行比對分析,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,進行同源進化分析。系統(tǒng)進化分析結(jié)果表明,有73份為SHEV基因Ⅳ型,8份屬于SHEV基因Ⅲ型。
【關(guān)鍵詞】：豬戊型肝炎病毒 熒光定量PCR TaqMan探針 流行病學(xué)
【學(xué)位授予單位】：黑龍江八一農(nóng)墾大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S855.3
【目錄】：

• 摘要4-5
• Abstract5-9
• 第一章 文獻(xiàn)綜述9-27
• 1.1 戊型肝炎病毒9-14
• 1.1.1 戊型肝炎病毒病原學(xué)9-10
• 1.1.2 戊型肝炎病毒基因組結(jié)構(gòu)10
• 1.1.3 戊型肝炎病毒蛋白10-12
• 1.1.4 戊型肝炎病毒基因型及分布12-13
• 1.1.5 戊型肝炎病毒的復(fù)制13-14
• 1.1.6 戊型肝炎病毒的培養(yǎng)系統(tǒng)14
• 1.2 戊型肝炎病毒致病機制14-16
• 1.2.1 致病機制14-15
• 1.2.2 動物模型在致病機制中的研究15-16
• 1.3 戊型肝炎病毒的傳播及臨床表現(xiàn)16-18
• 1.3.1 傳播途徑16-17
• 1.3.2 可能的動物傳染源17-18
• 1.3.3 臨床表現(xiàn)18
• 1.4 豬戊型肝炎病毒的診斷18-21
• 1.4.1 酶聯(lián)免疫吸附試驗19
• 1.4.2 聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)19-20
• 1.4.3 血清中和試驗20
• 1.4.4 免疫熒光20
• 1.4.5 免疫電鏡法20
• 1.4.6 熒光定量PCR20-21
• 1.5 戊型肝炎病毒的流行病學(xué)21-22
• 1.6 治療和控制策略22-24
• 1.7 未來展望24
• 1.8 研究目的及意義24-27
• 第二章 豬戊型肝炎病毒熒光定量PCR檢測方法的建立27-37
• 2.1 材料27-28
• 2.1.1 克隆載體及菌種27
• 2.1.2 病毒株27
• 2.1.3 肝臟及糞便樣品27
• 2.1.4 主要試劑與儀器27-28
• 2.2 方法28-32
• 2.2.1 引物與探針的設(shè)計28-29
• 2.2.2 病毒RNA的提取及cDNA的合成29
• 2.2.3 標(biāo)準(zhǔn)品的制備29-31
• 2.2.4 反應(yīng)條件的優(yōu)化31
• 2.2.5 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立31
• 2.2.6 特異性試驗31
• 2.2.7 敏感性試驗31
• 2.2.8 重復(fù)性試驗31-32
• 2.2.9 臨床樣品檢測32
• 2.3 結(jié)果32-37
• 2.3.1 標(biāo)準(zhǔn)品的制備32-33
• 2.3.2 熒光定量PCR方法的建立33
• 2.3.3 標(biāo)準(zhǔn)曲線的建立33-34
• 2.3.4 特異性試驗結(jié)果34
• 2.3.5 敏感性試驗結(jié)果34-35
• 2.3.6 重復(fù)性試驗結(jié)果35
• 2.3.7 臨床檢測35-37
• 第三章 鹽城地區(qū)豬戊型肝炎病毒流行病學(xué)調(diào)查37-43
• 3.1 材料37
• 3.1.1 樣品37
• 3.1.2 主要試劑與儀器37
• 3.1.3 引物37
• 3.2 方法37-39
• 3.2.1 糞便樣品病毒RNA的提取37-38
• 3.2.2 套式PCR反應(yīng)38
• 3.2.3 鑒定及回收純化38-39
• 3.2.4 統(tǒng)計分析39
• 3.3 結(jié)果39-43
• 3.3.1 鹽城地區(qū)豬戊型肝炎病毒流行情況39-40
• 3.3.2 測序結(jié)果40-41
• 3.3.3 進化樹分析41-42
• 3.3.4 同源性分析42-43
• 第四章 討論43-45
• 第五章 結(jié)論45-47
• 參考文獻(xiàn)47-59
• 致謝59-61
• 附錄61-63
• 作者簡歷63

【參考文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

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本文編號：999760