本文關(guān)鍵詞：蘇淮豬VRTN基因克隆、組織表達(dá)特征與多態(tài)性分析

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【摘要】：【目的】獲得蘇淮豬VRTN基因編碼區(qū)序列,了解其序列特征和組織表達(dá)特征,分析蘇淮豬VRTN基因ins291位點(diǎn)的多態(tài)性�！痉椒ā恳蕴K淮豬卵巢組織c DNA為模板,采用克隆測序技術(shù)分離獲得蘇淮豬VRTN基因編碼區(qū)序列。利用Bio Edit 7.0軟件分析其序列特征和蛋白理化性質(zhì)。利用Clustal W軟件進(jìn)行核苷酸和蛋白質(zhì)序列比對分析。利用UCSC基因組瀏覽器與NCBI基因組數(shù)據(jù)庫進(jìn)行豬VRTN基因的染色體定位和基因組結(jié)構(gòu)分析。利用SMART軟件預(yù)測蛋白質(zhì)功能域,CPHmodels軟件預(yù)測蛋白質(zhì)三級結(jié)構(gòu)。隨機(jī)選取3頭成年蘇淮豬母豬,屠宰后立即采集心、肝、脾、肺、腎、下丘腦、肌肉和卵巢等組織,提取組織總RNA,采用RT-PCR技術(shù)分析蘇淮豬VRTN基因的組織表達(dá)譜。采集106頭成年蘇淮豬繁殖母豬耳組織樣,提取基因組DNA,采用PCR-凝膠電泳分析蘇淮豬VRTN基因ins291位點(diǎn)的多態(tài)性�！窘Y(jié)果】蘇淮豬VRTN基因編碼區(qū)序列全長為2 097bp,與其它哺乳動物如人、小鼠、牛和羊的一致性分別為84.98%、74.53%、85.84%和86.45%,而與雞的一致性只有54.42%�；蚪M結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)豬VRTN基因由2個外顯子和1個內(nèi)含子構(gòu)成,定位在豬7號染色體上。蘇淮豬VRTN基因編碼蛋白含有698個氨基酸殘基,與人、小鼠、牛和羊等的一致性分別為85.55%、70.07%、86.20%和86.06%,但與雞的一致性只有51.17%,可見哺乳動物VRTN基因在進(jìn)化過程中比較保守。氨基酸組分分析顯示蘇淮豬VRTN蛋白氨基酸序列存在全部20種氨基酸,其中Leu(亮氨酸)含量最高,達(dá)到10.44%,而Asp天冬氨酸含量最低,只有1.43%。蛋白結(jié)構(gòu)分析發(fā)現(xiàn)蘇淮豬VRTN蛋白含有HTH結(jié)構(gòu)域等典型結(jié)構(gòu)域,由6個α螺旋、5個β折疊以及若干無規(guī)則卷曲組成。RT-PCR分析表明VRTN基因在蘇淮豬心、肝、脾、肺、腎、下丘腦、卵巢和肌肉組織等組織中均有表達(dá),說明VRTN基因是一個廣泛表達(dá)的基因。在蘇淮豬群體中檢測到VRTN基因ins291位點(diǎn)的3種基因型,其中僅有93bp條帶的為野生純合型(wt/wt),僅有384bp條帶的為突變純合型(Q/Q),含有384和93bp條帶的為雜合型(wt/Q)。在蘇淮豬群體中wt/wt型為優(yōu)勢基因型,基因型頻率為0.717;wt為優(yōu)勢等位基因,基因頻率是0.816;高脊椎數(shù)等位基因Q的頻率為0.184。遺傳多態(tài)性分析發(fā)現(xiàn)蘇淮豬VRTN基因ins291位點(diǎn)的多態(tài)信息含量為0.331,為中度多態(tài)位點(diǎn),雜合度為0.40,變異程度相對較低�！窘Y(jié)論】獲得了蘇淮豬VRTN基因序列,其表達(dá)無組織特異性;蘇淮豬群體中存在高脊椎數(shù)等位基因Q。
【作者單位】： 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科技學(xué)院;南京農(nóng)業(yè)大學(xué)淮安研究院;淮陰種豬場;
【關(guān)鍵詞】： 蘇淮豬 VRTN基因 克隆 組織表達(dá)譜 多態(tài)性
【基金】：國家科技支撐計(jì)劃(2015BAD03B01) 江蘇省農(nóng)業(yè)科技自主創(chuàng)新資金(SCX(12)2097) 南京農(nóng)業(yè)大學(xué)SRT計(jì)劃(1515A08)
【分類號】：S828
【正文快照】： 0引言 【研究意義】脊椎數(shù)是影響豬胴體長和產(chǎn)肉量的重要經(jīng)濟(jì)性狀,也是一個高遺傳力性狀(遺傳力可達(dá)0.7以上)[1]。家豬的祖先野豬的胸腰椎數(shù)共有19根[2],而西方商業(yè)豬種在長期選育的過程中對體型的大小特別是體長進(jìn)行了高強(qiáng)度的人工選擇,胸腰椎數(shù)可達(dá)20—23根[3-4]。研究發(fā)現(xiàn)

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 李景忠;姜建兵;;淮豬的保種和開發(fā)利用[J];養(yǎng)豬;2006年06期

2 ;老淮豬絕處逢生[J];中國農(nóng)業(yè)信息;2007年07期

3 龍水;蘇魯豫皖四省和我省淮豬育種委員會同時成立[J];畜牧與獸醫(yī);1983年04期

4 張非;;千年淮豬保種 繁育獲得成功[J];農(nóng)業(yè)知識;2006年36期

5 ;淮豬資源受保護(hù)[J];農(nóng)家致富;2008年01期

6 張孝慶,韋有江;淺談老淮豬的保種和開發(fā)利用[J];畜牧與獸醫(yī);2002年11期

7 李學(xué)斌,于傳軍,吳建海,王瑞,劉振山,黃瑞華,王林云,劉紅林,徐銀學(xué);蘇淮豬的毛色遺傳分析[J];畜牧與獸醫(yī);2005年01期

8 李景忠;;淮豬的保種和開發(fā)利用[J];豬業(yè)科學(xué);2006年12期

9 唐式校;舒明剛;;淮豬的保種繁育與產(chǎn)業(yè)化開發(fā)[J];中國豬業(yè);2008年11期

10 李開楨;曲亮;黃瑞華;石放雄;邱新深;周波;劉紅林;王林云;;mRNA差異顯示技術(shù)的優(yōu)化及其在蘇淮豬育種中的應(yīng)用[J];畜牧與獸醫(yī);2008年10期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 張浩;;淮豬資源研究與利用[A];現(xiàn)代農(nóng)業(yè)理論與實(shí)踐——安徽現(xiàn)代農(nóng)業(yè)博士科技論壇論文集[C];2007年

2 張偉力;陳鳳芹;曹新旺;;淮豬雜交后胴體品質(zhì)和肉質(zhì)性狀變化趨勢分析[A];2001年肉類科技交流會暨中國畜產(chǎn)品加工研究會第三屆肉類科技大會論文集[C];2001年

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉暢征 何宜坦;讓農(nóng)民來養(yǎng)老淮豬[N];江蘇農(nóng)業(yè)科技報;2006年

2 何宜坦 尹冬冬 薛小勇;老淮豬的“現(xiàn)代生活”[N];連云港日報;2007年

3 本報通訊員　何宜坦 本報記者　鄒建豐;千年“淮豬”絕處逢生[N];新華日報;2006年

4 通訊員 何宜坦 朱桂林;國家淮豬育肥基地在東海開工[N];連云港日報;2008年

5 本報記者 劉君祥　通訊員 何宜坦;老淮豬的“形象大使”任同蘇[N];農(nóng)民日報;2008年

6 何宜坦 陳玉璽;兩千年淮豬重回東海[N];農(nóng)民日報;2003年

7 本報記者 陸璐　通訊員 張正友;老淮豬的“新生活”[N];中華合作時報;2009年

8 朱其太 賀耀堂;讓老淮豬肉香飄萬家[N];中國國門時報;2009年

9 何宜坦　袁春梅;東海老淮豬走進(jìn)“新時代”[N];連云港日報;2011年

10 何宜坦 孫紅禮 許方;“淮豬”產(chǎn)業(yè)在東海崛起[N];江蘇經(jīng)濟(jì)報;2004年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前6條

1 李隱俠;蘇淮豬七個功能 基因多態(tài)性及其與生產(chǎn)性能相關(guān)性研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2005年

2 李興美;東�；簇i肉質(zhì)特性及其肌肉嫩化過程中一氧化氮濃度與嫩度變化的研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

3 曲亮;蘇淮豬十個功能基因多態(tài)性與其生產(chǎn)性狀的相關(guān)性研究[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2007年

4 朱建平;淮豬生長肥育期日糧粗蛋白質(zhì)需要量初步研究[D];揚(yáng)州大學(xué);2013年

5 許金根;淮豬新品系IGF—1和Pit—1基因多態(tài)性及其與生長性狀的關(guān)聯(lián)分析[D];安徽農(nóng)業(yè)大學(xué);2010年

6 牛培培;豬PCYT1A和PEMT的生物信息學(xué)分析與蘇淮豬不同組織中兩基因表達(dá)及卵磷脂含量的分析[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2012年

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