本文關(guān)鍵詞：絨山羊皮膚初級毛囊與次級毛囊轉(zhuǎn)錄組比較分析

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【摘要】：絨毛是紡織業(yè)重要的原料之一,也是絨山羊主要的經(jīng)濟產(chǎn)物。由于不同品質(zhì)的絨毛在紡織工業(yè)中具有不同的價值用途,因此絨山羊的絨毛品質(zhì)及產(chǎn)量是影響其經(jīng)濟價值的關(guān)鍵因素。因此研究絨山羊毛囊的發(fā)育調(diào)控機理及生理結(jié)構(gòu)特點,以及絨毛生長發(fā)育相關(guān)的候選基因,將有助于利用現(xiàn)代分子育種技術(shù)對絨山羊的絨毛經(jīng)濟性狀進行改良和培育。基于上述原因,本研究針對絨山羊毛囊組織展開了以下兩方面研究：1.為尋找能夠區(qū)分不同類型毛囊且具有調(diào)控作用的基因,試驗對絨山羊11個初級毛囊與7個次級毛囊表達譜進行研究,利用Illumina高通量測序技術(shù)方法,共檢測到145,525個外顯子表達,其中初級毛囊與次級毛囊之間差異表達外顯子為4512個(P0.01)。KEGG Pathway分析揭示了差異表達外顯子顯著富集到泛素化介導(dǎo)蛋白質(zhì)水解通路上(UMPP) (P3.32 E-07)。此外,將富集到的UMPP上的51個差異表達外顯子進行聚類分析,很清晰的將初級毛囊與次級毛囊分為兩類。最終試驗采用qRT-PCR技術(shù)對篩選出的UBE20基因C-1、C-2外顯子的轉(zhuǎn)錄數(shù)據(jù)進行定量驗證。結(jié)果顯示,C-1、C-2外顯子在次級毛囊上的表達量顯著高于初級毛囊,說明與RNA-seq測序結(jié)果相一致。本研究表明泛素化介導(dǎo)蛋白質(zhì)水解通路在區(qū)分絨山羊初級毛囊與次級毛囊上起到突出作用,為今后利用轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)對絨山羊絨毛性狀研究提供了理論基礎(chǔ)。2.以內(nèi)蒙古絨山羊生長期毛囊為研究對象,同樣利用Illumina高通量測序技術(shù)方法,檢測六月至十月皮膚毛囊差異基因表達變化情況,尋找對絨毛生長及質(zhì)量具有調(diào)控作用的特異表達基因。實驗發(fā)現(xiàn),多數(shù)差異基因分別在初級毛囊的七、八月份表達和次級毛囊的八、九月份表達；在絨毛生長期的相鄰月份中,發(fā)現(xiàn)FAM83C, LOC102185501, FYCO1, CTTNBP2NL, C6orf132, KRTAP29-1和CRYBG3七個共同差異表達基因呈現(xiàn)相同的表達趨勢,且在次級毛囊上的表達變化均比初級毛囊滯后一個月。綜上所述,次級毛囊在基因表達調(diào)控中存在一定的滯后性,這將為絨毛周期生長發(fā)育和分子育種提供重要的理論基礎(chǔ)。
【關(guān)鍵詞】：內(nèi)蒙古絨山羊 毛囊 RNA-Seq 泛素化介導(dǎo)蛋白質(zhì)水解通路 滯后性
【學(xué)位授予單位】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S827
【目錄】：

• 摘要3-4
• ABSTRACT4-9
• 縮略語表9-10
• 1 引言10-20
• 1.1 絨山羊毛囊的結(jié)構(gòu)10-13
• 1.2 絨山羊毛囊發(fā)育周期性13-14
• 1.3 絨山羊毛囊發(fā)育的調(diào)控因子(機理)14-15
• 1.4 泛素化與毛囊之間的作用關(guān)系15-19
• 1.4.1 泛素化的調(diào)控機制15-16
• 1.4.2 起始形態(tài)：Wnt/β-catenin信號通路16-17
• 1.4.3 生長中的毛囊：Shh/Gli信號通路17-18
• 1.4.4 分化作用：NF-jB/TRAF信號通路18-19
• 1.5 本研究的目的及意義19
• 1.6 技術(shù)路線19-20
• 2 研究一 初級毛囊與次級毛囊差異外顯子表達分析20-34
• 2.1 引言20
• 2.2 材料20-21
• 2.2.1 絨山羊毛囊樣品20-21
• 2.2.2 主要試劑與儀器21
• 2.3 方法21-25
• 2.3.1 絨山羊毛囊樣品采集、保存21-22
• 2.3.2 毛囊總RNA的提取及質(zhì)量檢測22
• 2.3.3 構(gòu)建鏈特異性cDNA文庫22-23
• 2.3.4 高通量轉(zhuǎn)錄組測序及數(shù)據(jù)分析23-25
• 2.4 結(jié)果與分析25-31
• 2.4.1 絨山羊毛囊測序數(shù)據(jù)質(zhì)量檢測25
• 2.4.2 測序原始序列數(shù)據(jù)基礎(chǔ)分析25-26
• 2.4.3 初級毛囊與次級毛囊轉(zhuǎn)錄組表達譜分析26
• 2.4.4 差異顯著外顯子功能分類26-28
• 2.4.5 富集到UMPP外顯子的聚類相關(guān)性分析28-29
• 2.4.6 基于UMPP外顯子的共表達網(wǎng)絡(luò)分析29-30
• 2.4.7 實時定量PCR驗證30-31
• 2.5 討論31-33
• 2.6 小結(jié)33-34
• 3 研究二 毛囊生長期中相鄰月份差異基因表達分析34-47
• 3.1 引言34
• 3.2 材料與方法34-36
• 3.2.1 實驗材料34-35
• 3.2.2 方法35-36
• 3.3 結(jié)果與分析36-45
• 3.3.1 絨山羊毛囊測序數(shù)據(jù)質(zhì)量檢測36
• 3.3.2 測序原始序列數(shù)據(jù)基礎(chǔ)分析36-38
• 3.3.3 絨山羊初級毛囊與次級毛囊中差異表達基因的篩選38-40
• 3.3.4 初級毛囊與次級毛囊差異表達基因功能富集分析40
• 3.3.5 七個共同差異基因表達譜分析40-42
• 3.3.6 初級毛囊與次級毛囊差異基因共表達網(wǎng)絡(luò)分析42-44
• 3.3.7 研究一、研究二共有差異基因分析44-45
• 3.4 討論45-46
• 3.5 小結(jié)46-47
• 4 結(jié)論47-48
• 致謝48-49
• 參考文獻49-56
• 作者簡介56

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7 王若軍;山羊絨增產(chǎn)技術(shù)研究現(xiàn)狀[J];草食家畜;1993年04期

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本文編號：885693