本文關(guān)鍵詞：偽狂犬病毒與宿主3D基因組層面互作研究

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【摘要】：染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù)讓人們認(rèn)識(shí)到,染色體在細(xì)胞核中的排布不是雜亂無章的,而是占據(jù)著細(xì)胞核的不同位置行使者自己的功能。各染色體間也存在著大量交互。許多實(shí)驗(yàn)都表明,基因組3D結(jié)構(gòu)對(duì)細(xì)胞功能的正常發(fā)揮具有重要的作用。偽狂犬病毒的核酸為線性雙鏈DNA,在進(jìn)入細(xì)胞核后會(huì)迅速環(huán)化,進(jìn)行滾環(huán)復(fù)制。人們對(duì)其與宿主間相互作用的研究越來越深入,但是沒有精細(xì)研究它們的DNA在三維空間的相互作用。我們猜想PRV在進(jìn)入到細(xì)胞核后,會(huì)像宿主基因組的一部分,在3D空間構(gòu)象上與宿主的基因進(jìn)行著交互。從而調(diào)控宿主的細(xì)胞功能以利于自己的生存。本文采用染色質(zhì)構(gòu)象捕獲技術(shù),探索PRV的基因組和宿主的基因組之間的空間互作關(guān)系,得到如下結(jié)果:1,通過對(duì)現(xiàn)有條件的摸索,我們將PRV感染的宿主細(xì)胞進(jìn)行了基因組互作文庫的構(gòu)建。通過電泳檢查以及測(cè)序分析,發(fā)現(xiàn)所得到的文庫和我們預(yù)期的一致,可以進(jìn)行下游的分析使用。2,文庫構(gòu)建完成后,通過二代高通量測(cè)序以及生物信息學(xué)的分析,我們發(fā)現(xiàn)PRV基因組和宿主的基因組存在著很強(qiáng)的交互作用,并且具有很強(qiáng)的實(shí)驗(yàn)重復(fù)性。這就說明我們所得的結(jié)果不是由實(shí)驗(yàn)的隨機(jī)誤差所造成的,而是實(shí)際情況就是如此,即存在基因組間的交互現(xiàn)象。3,通過熒光定量PCR實(shí)驗(yàn),我們發(fā)現(xiàn)這種基因組間的互作具有一定的生物學(xué)意義。在同一位點(diǎn)附近的和病毒基因組互作的基因,它們的上調(diào)或是下調(diào)的步調(diào)一致。這也和目前3D基因組研究的理論較為一致,即在同一個(gè)區(qū)域的基因一般同時(shí)被抑制或是激活。4,另外我們也發(fā)現(xiàn),在病毒核酸內(nèi)部也存在著一種空間結(jié)構(gòu)。病毒基因組上的片段與病毒其它位置的交互頻率是有差異的。有的位置和許多位置都存在較強(qiáng)的交互現(xiàn)象,說明此位置在病毒的3D基因組內(nèi)和其它位置都靠得比較近,可能發(fā)揮著重要的作用。本研究揭示出病毒與宿主在3D基因組層面的相互作用,為人們進(jìn)一步探索病毒和宿主相互作用打下一定的理論基礎(chǔ)。為以后病毒的防治提供一個(gè)新的角度,從阻斷病毒和宿主基因組間的相互作用來遏制病毒基因組整合,從而對(duì)潛伏的病毒予以清除。
【關(guān)鍵詞】：3C 4C 偽狂犬病毒 3D基因組 結(jié)構(gòu) 宿主 互作
【學(xué)位授予單位】：華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S852.65
【目錄】：

• 摘要6-8
• Abstract8-10
• 縮略語表(Abbreviation)10-11
• 1 前言11-25
• 1.1 研究問題的由來11-12
• 1.2 文獻(xiàn)綜述12-24
• 1.2.1 偽狂犬病毒的概述及其生物特性12-15
• 1.2.2 3D基因組的概述及其主要研究方法15-21
• 1.2.3 第二代高通量測(cè)序技術(shù)21-22
• 1.2.4 熒光原位雜交技術(shù)22-24
• 1.3 本課題的實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)思路24-25
• 2 研究目的與意義25-26
• 3 實(shí)驗(yàn)材料與方法26-42
• 3.1 實(shí)驗(yàn)材料26-29
• 3.1.1 毒株、質(zhì)粒和細(xì)胞系26
• 3.1.2 實(shí)驗(yàn)試劑耗材26-27
• 3.1.3 緩沖液（溶液）及其配制27-29
• 3.1.4 重要儀器及設(shè)備29
• 3.2 實(shí)驗(yàn)方法29-42
• 3.2.1 實(shí)驗(yàn)室常規(guī)實(shí)驗(yàn)29-32
• 3.2.2 3C文庫的構(gòu)建32-34
• 3.2.3 TAIL_PCR反應(yīng)體系和程序34-36
• 3.2.4 熒光原位雜交36-37
• 3.2.5 4C文庫的構(gòu)建37
• 3.2.6 第二代高通量測(cè)序文庫構(gòu)建37-39
• 3.2.7 二代測(cè)序數(shù)據(jù)的分析39-40
• 3.2.8 3C-QPCR試驗(yàn)流程40-41
• 3.2.9 3C-PCR試驗(yàn)流程41-42
• 4 結(jié)果與分析42-68
• 4.1 空斑實(shí)驗(yàn)42
• 4.2 探索性實(shí)驗(yàn)42-49
• 4.2.1 探索性實(shí)驗(yàn)流程42-44
• 4.2.2 3C文庫構(gòu)建結(jié)果44-45
• 4.2.3 TAIL_PCR結(jié)果45-46
• 4.2.4 序列驗(yàn)證及結(jié)果分析46-47
• 4.2.5 DNA_FISH驗(yàn)證47-49
• 4.3 系統(tǒng)性驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)49-68
• 4.3.1 4C文庫的構(gòu)建49-54
• 4.3.2 4C數(shù)據(jù)的分析54-60
• 4.3.3 4C結(jié)果的驗(yàn)證60-68
• 5 討論與結(jié)論68-71
• 5.1 PRV與宿主在 3D基因組層面互作的揭示68
• 5.2 PRV基因組內(nèi)部結(jié)構(gòu)的探索68-69
• 5.3 PRV和宿主在 3D基因組層面互作現(xiàn)象的可能解釋69
• 5.4 本實(shí)驗(yàn)的局限性69
• 5.5 本研究的啟示69-70
• 5.6 結(jié)論70-71
• 6 參考文獻(xiàn)71-78
• 致謝78

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