本文關鍵詞：Toll樣和RIG-I樣受體基因序列變異與云南家牛地方品種間抗病力差異的關聯(lián)分析

  更多相關文章： 家牛 Toll樣受體基因 RIG-I受體基因 遺傳變異 抗病力

【摘要】：由于受云南復雜多樣的自然生態(tài)環(huán)境和多民族的社會經(jīng)濟文化的長期影響,云南家牛地方品種經(jīng)歷了不同強度的自然選擇和人工選擇作用,形成了許多優(yōu)良特性如抗病力強等。云南家牛地方品種由普通牛(taurine cattle)和瘤牛(zebu cattle)兩種類型組成,除了明顯的外形差異外,二者對多種動物疫病存在明顯的抗病力差異。例如,普通牛比瘤牛對錐蟲病(Trypanosomosis)有更強的抗病力,而瘤牛比普通牛對泰勒蟲病(Theileriosis)和蜱蟲感染(Tick infection)有更強的抗病力。而目前關于普通牛和瘤牛間抗病力差異的分子機理卻知之甚少。鑒于此,我們選擇了模式識別受體(Pattern recognition receptor, PRR)中具有代表性的TOLL樣受體(TLRs)與RIG-I樣受體(RLRs),探討TLR家族的TLR3與TLR8和RLR家族的DDX58這3個基因的序列變異與云南地方品種間抗病力差異之間的聯(lián)系。本研究選取了5個云南家牛地方品種共144個樣本,包括昭通牛32個、文山牛30個、鄧川牛30個、滇中牛20個、云南高峰牛32個,其中云南高峰牛為瘤牛類型,其余4個品種為普通牛類型。首先,測定了以上5個地方品種的TLR3, TLR8與DDX58三個基因的序列；其次,采用了群體遺傳分析方法進行了遺傳多樣性分析、構建了中介網(wǎng)絡圖、檢測了選擇作用信號、開展了變異位點的功能預測分析；最后,探討了重要序列變異位點與云南家牛地方品種間抗病力差異之間的聯(lián)系。結果顯示：云南高峰牛具有較低的遺傳多樣性,其余4個地方品種都顯示出較高的遺傳多樣性；從中介網(wǎng)絡圖與單倍型分析中發(fā)現(xiàn)DDX58比TLR3與TLR8分化程度更大；檢測的3個基因中僅TLR8在鄧川牛、文山牛與昭通牛3個品種中受到了平衡選擇作用：功能預測發(fā)現(xiàn)從普通牛到瘤牛發(fā)生的氨基酸替換大多為良性。此外,還發(fā)現(xiàn)重要序列突變位點在瘤牛和普通牛之間的分布頻率存在顯著差異(P0.05,卡方檢驗)。以上結果提示這3個模式識別受體基因的序列變異與云南家牛地方品種(特別是瘤牛與普通牛類型)間抗病力差異可能存在一定的關聯(lián)。本研究為保護瘤牛品種資源及培育抗病力強的家牛新品種提供了遺傳學依據(jù)。
【關鍵詞】：家牛 Toll樣受體基因 RIG-I受體基因 遺傳變異 抗病力
【學位授予單位】：云南大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S823
【目錄】：

• 摘要3-4
• Abstract4-9
• 第一章 研究背景9-25
• 1 云南家牛品種概況9-14
• 1.1 云南高峰牛10
• 1.2 鄧川牛10-11
• 1.3 滇中牛11-12
• 1.4 文山牛12-13
• 1.5 昭通牛13-14
• 1.6 迪慶牛14
• 2 免疫相關基因研究進展14-24
• 2.1 模式識別受體(PRR)兩大家族研究進展15-16
• 2.2 Toll樣受體家族16-21
• 2.3 RLR家族介紹21-24
• 3 本實驗的研究目的與意義24-25
• 第二章 材料與方法25-35
• 1 實驗材料25-26
• 1.1 樣品來源及外群選擇25-26
• 1.2 實驗儀器26
• 2 實驗操作及方法26-32
• 2.1 DNA提取26-28
• 2.2 PCR擴增28-31
• 2.3 PCR產(chǎn)物檢測31
• 2.4 測序反應31-32
• 3 數(shù)據(jù)處理與分析32-35
• 3.1 序列的編輯比對32
• 3.2 序列分析32
• 3.3 系統(tǒng)發(fā)育分析32-33
• 3.4 選擇壓力33
• 3.5 蛋白功能預測33
• 3.6 統(tǒng)計分析33-35
• 第三章 實驗結果與分析35-63
• 1 TLR3基因結果分析35-45
• 1.1 TLR3基因單倍型分析35-37
• 1.2 TLR3基因單倍型核苷酸序列堿基組成37-38
• 1.3 TLR3基因中介網(wǎng)絡圖38-40
• 1.4 TLR3基因遺傳多樣性分析40-41
• 1.5 TLR3基因系統(tǒng)發(fā)育分析41-43
• 1.6 TLR3基因選擇壓力分析43
• 1.7 TLR3基因蛋白功能預測43-44
• 1.8 TLR3基因變異位點分布頻率44-45
• 2 TLR8基因結果分析45-53
• 2.1 TLR8基因單倍型分析45-46
• 2.2 TLR8基因單倍型核苷酸序列堿基組成46
• 2.3 TLR8基因中介網(wǎng)絡圖46-49
• 2.4 TLR8基因遺傳多樣性分析49-50
• 2.5 TLR8基因系統(tǒng)發(fā)育分析50-51
• 2.6 TLR8基因選擇壓力分析51
• 2.7 TLR8基因蛋白功能預測51
• 2.8 TLR8基因變異位點分布頻率51-53
• 3 DDX58基因結果分析53-63
• 3.1 DDX58基因單倍型分析53-55
• 3.2 DDX58基因單倍型核苷酸序列堿基組成55-56
• 3.3 DDX58基因中介網(wǎng)絡圖56-58
• 3.4 DDX58基因的遺傳多樣性分析58-59
• 3.5 DDX58系統(tǒng)發(fā)育分析59-60
• 3.6 DDX58基因選擇壓力分析60
• 3.7 DDX58基因蛋白功能預測60-61
• 3.8 DDX58基因變異位點分布頻率61-63
• 第四章 討論63-67
• 第五章 結論與展望67-69
• 1 結論67
• 2 展望67-69
• 參考文獻69-77
• 致謝77-78

【相似文獻】

中國重要報紙全文數(shù)據(jù)庫 前2條

1 何德功;“RIG-I”可促進干擾素分泌[N];中國醫(yī)藥報;2004年

2 功;RIG-I酶可促進干擾素分泌[N];醫(yī)藥經(jīng)濟報;2004年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前3條

1 楊陽;Toll樣和RIG-I樣受體基因序列變異與云南家牛地方品種間抗病力差異的關聯(lián)分析[D];云南大學;2016年

2 胡躍;穩(wěn)定表達鵝源RIG-I的雞胚成纖維細胞系的構建及鑒定[D];吉林農(nóng)業(yè)大學;2014年

3 丁娜;鵝RIG-I在抗NDV先天性免疫中的作用[D];中國農(nóng)業(yè)科學院;2012年

，

本文編號：791320