本文關(guān)鍵詞：德比沙門菌耐藥性及分子流行病學(xué)特征研究

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【摘要】：本研究從廣東省的農(nóng)貿(mào)市場共采集391份動物性食品,分離得到279株沙門菌,沙門菌在樣品中的分離率為71.34%,德比沙門菌26株,占總體沙門菌的9.32%。并從上海市收集133株德比沙門菌,其中含有74株人源德比沙門菌,59株動物性食品源德比沙門菌。本研究共計使用159株德比沙門菌為本研究所使用。本研究對159株德比沙門菌進(jìn)行16種抗生素的藥敏試驗檢測,結(jié)果顯示98.11%(156/159)的德比沙門菌對抗菌藥物有耐藥性。耐藥率最高的是四環(huán)素、磺胺異惡唑及鏈霉素,分別為88.05%、78.62%及58.49%。不同來源及不同地域的德比沙門菌菌群對部分抗生素的耐藥情況存在差異:動物性食品源德比沙門菌對于鏈霉素的耐藥性顯著高于人源德比沙門菌;廣東省的德比沙門菌菌群對于磺胺異惡唑的耐藥性達(dá)到100%,顯著高于上海市的德比沙門菌。而多重耐藥性統(tǒng)計顯示,菌群有50個耐藥模式,3重及3重以上耐藥的菌株達(dá)到總體菌群比例的69.81%(111/159),耐藥性最嚴(yán)重的菌株達(dá)到11重耐藥,德比沙門菌菌群多重耐藥性情況嚴(yán)重且復(fù)雜。本研究對159株德比沙門菌進(jìn)行了10種毒力基因檢測,檢測結(jié)果顯示毒力基因avr A、bcf C、ssa Q、sii D、mgt C、sop B、sop E、sod C1、gip A和spv C的攜帶率分別為100%、100%、99.37%、98.74%、98.11%、98.11%、96.86%、95.60%、4.40%和0.63%,總體菌群中毒力基因模式“avr A-ssa Q-mgt C-sii D-sop B-sod C1-sop E-bcf C”攜帶率占84.91%(135/159)。存在上海德比沙門菌的毒力基因攜帶種類多于廣東德比沙門菌菌群,毒力基因攜帶模式比廣東德比沙門菌菌群復(fù)雜的情況,提示上海德比沙門菌的致病力可能強于廣東德比沙門菌的。對159株德比沙門菌檢測18個質(zhì)粒不相容群,檢測結(jié)果顯示菌群攜帶有11個質(zhì)粒不相容群,攜帶率最高的三個質(zhì)粒不相容群為FIA、P和FIC,攜帶比例為50.94%、33.33%和28.30%。質(zhì)粒不相容群攜帶模式統(tǒng)計結(jié)果顯示,82.39%(131/159)的德比沙門菌攜帶質(zhì)粒不相容群,無明顯優(yōu)勢的攜帶模式,質(zhì)粒不相容群攜帶數(shù)最多的菌株可達(dá)到6重。存在不同地域或不同來源對同一種質(zhì)粒不相容群攜帶情況出現(xiàn)差異顯著的情況,質(zhì)粒不相容群HI1、HI2和P的攜帶率在不同來源的菌群中差異顯著,質(zhì)粒不相容群T、FIB和Frep B攜帶率在不同地域的菌群中差異顯著,Y和FIIs只存在上海的動物性食品源德比沙門菌菌群中。159株德比沙門菌經(jīng)Xba I酶切處理后進(jìn)行脈沖場電泳,即PFGE分子分型,分型成功率為94.97%(151/159),共得到84個不同的PFGE基因型,德比沙門菌菌群PFGE分子分型相似度范圍為65%-100%。按相似度85%進(jìn)行PFGE基因分簇,得到11個基因簇,經(jīng)統(tǒng)計可知存在不同地域、不同宿主、不同采集時間的菌株共享一個PFGE基因簇,乃至同一PFGE基因型的情況,說明德比沙門菌有跨時間、跨地域、跨宿主交叉?zhèn)鞑サ目赡苄�。本研究毒力基因與質(zhì)粒不相容群的攜帶情況與菌株相似度存在相關(guān)性,且所使用的毒力基因分型及質(zhì)粒不相容群分型兩種分型方法與作為標(biāo)準(zhǔn)的PFGE分子分型方法部分結(jié)果具有一致性,說明毒力基因分型方法及質(zhì)粒不相容群分型方法有作為潛在分型方法的價值。德比沙門菌作為一種常見的沙門菌血清型,長期在各項關(guān)于沙門菌的研究中有前五位的分離率。但由于國內(nèi)外對德比沙門菌的相關(guān)研究十分稀缺,導(dǎo)致德比沙門菌的耐藥性、致病力及質(zhì)粒攜帶等情況尚未明確。本研究對不同地域及不同來源的德比沙門菌菌群進(jìn)行耐藥性檢測、毒力基因檢測、質(zhì)粒不相容群檢測和PFGE分型,從結(jié)果分析并探究了德比沙門菌流行菌株的耐藥性及分子流行病學(xué)特點。
【關(guān)鍵詞】：德比沙門菌 耐藥性 毒力基因 質(zhì)粒不相容群 PFGE
【學(xué)位授予單位】：華南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號】：S852.61
【目錄】：

• 摘要3-5
• Abstract5-8
• 本研究常用縮寫詞8-13
• 1 前言13-20
• 1.1 沙門菌概述13-14
• 1.1.1 沙門菌特性13
• 1.1.2 沙門菌的宿主范圍及污染情況13
• 1.1.3 沙門菌流行與危害13-14
• 1.2 沙門菌的耐藥性現(xiàn)狀概述14-15
• 1.3 沙門菌毒力因子概述15
• 1.4 質(zhì)粒不相容群分型概述15-16
• 1.5 脈沖場凝膠電泳技術(shù)概述16-17
• 1.6 研究目的及意義17-19
• 1.7 技術(shù)路線19-20
• 2 材料與方法20-39
• 2.1 材料20-30
• 2.1.1 樣品采集與菌種來源20-23
• 2.1.1.1 采樣采集20-21
• 2.1.1.2 上海市德比沙門菌菌株21-23
• 2.1.2 標(biāo)準(zhǔn)菌株23-24
• 2.1.3 培養(yǎng)基24
• 2.1.4 主要試劑24
• 2.1.5 實驗耗材24-25
• 2.1.6 試劑的配制25-26
• 2.1.7 主要儀器26
• 2.1.8 藥敏紙片26-27
• 2.1.9 引物27-30
• 2.1.9.1 沙門菌鑒定引物27-28
• 2.1.9.2 毒力基因引物28-29
• 2.1.9.3 質(zhì)粒不相容群引物29-30
• 2.2 方法30-39
• 2.2.1 沙門菌分離鑒定30-33
• 2.2.1.1 樣品的采集及預(yù)增菌處理30-31
• 2.2.1.2 沙門菌的分離31-32
• 2.2.1.3 沙門菌分離株的生化試驗32
• 2.2.1.4 沙門菌分離株的血清型鑒定32-33
• 2.2.1.5 沙門菌的保存33
• 2.2.2 德比沙門菌的藥敏實驗33
• 2.2.3 德比沙門菌毒力基因及質(zhì)粒不相容群的PCR檢測33-35
• 2.2.3.1 DNA模板的制備33-34
• 2.2.3.2 毒力基因的PCR檢測34
• 2.2.3.3 質(zhì)粒不相容群的PCR檢測34-35
• 2.2.4 PFGE分子分型35-37
• 2.2.4.1 細(xì)菌培養(yǎng)35
• 2.2.4.2 凝膠塊的制備35-36
• 2.2.4.3 細(xì)菌的裂解36
• 2.2.4.4 洗膠塊36
• 2.2.4.5 限制性酶切36
• 2.2.4.6 加樣36-37
• 2.2.4.7 脈沖場電泳37
• 2.2.4.8 圖像的獲取37
• 2.2.4.9 圖像的數(shù)據(jù)分析37
• 2.2.5 統(tǒng)計學(xué)數(shù)據(jù)分析37-39
• 3 實驗結(jié)果及分析39-94
• 3.1 細(xì)菌分離鑒定結(jié)果39-40
• 3.2 德比沙門菌藥敏試驗結(jié)果及分析40-58
• 3.2.1 德比沙門菌菌株耐藥情況40-52
• 3.2.2 德比沙門菌菌株耐藥結(jié)果分析52-53
• 3.2.3 德比沙門菌多重耐藥統(tǒng)計及分析53-58
• 3.2.4 德比沙門菌耐藥情況小結(jié)58
• 3.3 德比沙門菌毒力基因檢測結(jié)果58-71
• 3.3.1 毒力基因攜帶情況58-68
• 3.3.2 毒力基因檢測結(jié)果分析68-69
• 3.3.3 毒力基因模式統(tǒng)計69-70
• 3.3.4 毒力基因檢測情況小結(jié)70-71
• 3.4 德比沙門菌質(zhì)粒不相容群檢測結(jié)果71-86
• 3.4.1 質(zhì)粒不相容群檢測結(jié)果71-82
• 3.4.2 德比沙門菌質(zhì)粒不相容群攜帶情況統(tǒng)計分析82
• 3.4.3 質(zhì)粒不相容群攜帶模式統(tǒng)計82-85
• 3.4.4 質(zhì)粒不相容群攜帶模式分析85-86
• 3.4.5 質(zhì)粒不相容群檢測小結(jié)86
• 3.5 德比沙門菌的PFGE分型結(jié)果及分析86-90
• 3.5.1 PFGE分型結(jié)果圖譜86-90
• 3.5.2 PFGE分子分型結(jié)果分析90
• 3.5.3 PFGE分子分型小結(jié)90
• 3.6 德比沙門菌的分子流行病學(xué)相關(guān)性研究90-94
• 3.6.1 整理PFGE分子分型、毒力基因及質(zhì)粒不相容群圖譜結(jié)果90-92
• 3.6.2 毒力基因相關(guān)性分析92-93
• 3.6.3 質(zhì)粒不相容群相關(guān)性分析93
• 3.6.4 德比沙門菌的分子流行病學(xué)相關(guān)性研究小結(jié)93-94
• 4 討論94-103
• 4.1 德比沙門菌耐藥結(jié)果討論94-95
• 4.2 德比沙門菌毒力基因檢測及毒力基因模式分型結(jié)果討論95-97
• 4.3 德比沙門菌質(zhì)粒不相容群檢測及攜帶模式分型結(jié)果討論97-98
• 4.4 德比沙門菌PFGE分子分型結(jié)果討論98-99
• 4.5 PFGE分子分型及本研究中的毒力基因分型、質(zhì)粒不相容群分型方法關(guān)系探究討99-103
• 4.5.1 PFGE分子分型方法、毒力基因分型及質(zhì)粒不相容群分型方法圖譜對比99
• 4.5.2 德比沙門菌PFGE分型與毒力基因分型關(guān)系探究99-100
• 4.5.3 PFGE分子分型和質(zhì)粒不相容群分型關(guān)系探究100-102
• 4.5.4 PFGE分子分型方法與本研究中毒力基因分型及質(zhì)粒不相容群分型方法的關(guān)系探究小結(jié)102-103
• 5 結(jié)論103-105
• 致謝105-106
• 參考文獻(xiàn)106-111
• 附錄111-112

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：755180