本文關(guān)鍵詞：陸川豬皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及毛色決定分子機(jī)制初步分析

  更多相關(guān)文章： 陸川豬 黑色皮膚 白色皮膚 差異表達(dá)基因 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

【摘要】：為探討黑白花陸川豬皮膚毛色形成的分子機(jī)制,應(yīng)用高通量測(cè)序技術(shù)對(duì)廣西本地豬同一頭陸川豬黑色和白色皮膚組織進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序,分別獲得了35201618和31171136條讀段序列,其中唯一定位于豬參考基因組(Sscrofa10.2版本)分別占總讀段數(shù)的74.9%、73.6%。經(jīng)堿基測(cè)序錯(cuò)誤率分布檢查、表達(dá)標(biāo)簽測(cè)序質(zhì)量均值的分布峰值分析、ATGC含量分布檢查、測(cè)序時(shí)序列長(zhǎng)度的分布檢查及對(duì)豬參考基因組定位檢測(cè),顯示測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量較高,基因飽和度分析顯示曲線斜率接近于0,說明數(shù)據(jù)接近于飽和,可用于分析基因的表達(dá)模式。對(duì)獲得的黑色皮膚組織和白色皮膚組織轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行拼接和系統(tǒng)的生物信息分析。多樣品差異表達(dá)基因分析可知黑色皮膚相對(duì)于白色皮膚有7個(gè)基因表達(dá)顯著上調(diào),包括：TYRP1(酪氨酸酶相關(guān)蛋白1),DCT(即TYRP2,酪氨酸酶相關(guān)蛋白2),TRPM1(瞬時(shí)受體勢(shì)M亞基1),KRT35,LOC100524022以及兩個(gè)新基因(知道基因長(zhǎng)度和編碼的蛋白,但功能注釋不全)。其中TYRP1,TRPM1只在Ctrl-Hei中表達(dá)(log2FC得分分別為11.15,9.51),其次是DCT,它在黑色皮膚組織中的表達(dá)量是Ctrl-Bai中的表達(dá)量是25.57倍。再次就是兩個(gè)編碼角蛋白的基因KRT35,LOC100524022。黑色皮膚相對(duì)于白色皮膚組織有8個(gè)基因表達(dá)顯著下調(diào),包括S100A7, S100A8, S100A12, S100A9, C14H10orf99, ARG1, LOC100738912和MMP1。他們的log2FC均在4和6之間,其基因的功能主要包括四個(gè)鈣結(jié)合蛋白S100A7,S100A8,S100A12和S100A9,一個(gè)基質(zhì)金屬蛋白酶(MMPl),一個(gè)精氨酸酶(ARG1)。對(duì)表達(dá)差異基因進(jìn)行G0分析顯示,在黑色皮膚中表達(dá)上調(diào)的基因LOC100524022, LOC100622023, LOC100519107, KRT74和LOC106504189顯著富集(p=0.0008)于角蛋白,因而推測(cè)黑色皮膚和白色皮膚所使用的角蛋白有所不同。差異表達(dá)基因KEGG Pathway分析得知,白色皮膚因缺少TYRP1和TYRP2基因的表達(dá)造成代謝通路無法合成真黑色素。此外,白色皮膚組織中還缺少基因黑色素體轉(zhuǎn)移相關(guān)基因TRPM1的表達(dá)。這可能是其膚色差異的最主要原因。結(jié)論：白色毛皮合成真黑色素相關(guān)酶的基因TRYP1和TRYP2及黑色素體轉(zhuǎn)移相關(guān)的基因TRPM1均顯著下調(diào)表達(dá),這可能是導(dǎo)致毛色差異的主要原因。
【關(guān)鍵詞】：陸川豬 黑色皮膚 白色皮膚 差異表達(dá)基因 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
【學(xué)位授予單位】：廣西大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S828
【目錄】：

• 摘要4-6
• ABSTRACT6-12
• 第一章：組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及毛色決定分子機(jī)制研究進(jìn)展12-31
• 1. DNA測(cè)序技術(shù)發(fā)展歷程12-18
• 1.1 第一代測(cè)序技術(shù)12-13
• 1.2 第二代測(cè)序技術(shù)13-17
• 1.3 第三代測(cè)序技術(shù)17-18
• 2 轉(zhuǎn)錄組學(xué)概述18-23
• 2.1 轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究方法18-23
• 3 豬基因組測(cè)序23-24
• 4 哺乳動(dòng)物毛色決定24-30
• 4.1 黑色素的形成過程25-28
• 4.2 毛色形成相關(guān)基因28-30
• 5. 實(shí)驗(yàn)?zāi)康暮鸵饬x30-31
• 第二章：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)質(zhì)量控制及單樣品分析31-59
• 前言31-32
• 2.1 實(shí)驗(yàn)材料與方法32-35
• 2.1.1 采樣32
• 2.1.2 測(cè)序基本過程32-33
• 2.1.3 實(shí)驗(yàn)流程圖33-35
• 2.2 研究結(jié)果分析與討論35-58
• 2.2.1 文庫測(cè)序質(zhì)量的檢測(cè)35-46
• 2.2.2 mRNA-seq測(cè)序質(zhì)量控制分析及結(jié)果46
• 2.2.3 單樣品分析46-57
• 2.2.4 單樣品分析結(jié)果57-58
• 2.3 結(jié)論58-59
• 第三章: 陸川豬黑色皮膚與白色皮膚差異表達(dá)基因生物信息分析59-80
• 前言60
• 3.1 實(shí)驗(yàn)方法60
• 3.2 研究結(jié)果60-75
• 3.2.1 陸川豬黑色皮膚與白色皮膚差異表達(dá)基因分析60-63
• 3.2.2 表達(dá)差異基因GO分析63-75
• 3.3 討論75-79
• 3.4 結(jié)論79-80
• 參考文獻(xiàn)80-83
• 附錄83-103
• 致謝103
• 攻讀學(xué)位期間發(fā)表論文情況103

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2 許鐘\，

本文編號(hào)：568261