為研究不同體況對(duì)妊娠初期母牛陰道菌群的影響,采集相同放牧條件下不同體況妊娠初期西門塔爾母牛18頭(每組6頭,偏瘦組（TC）,標(biāo)準(zhǔn)組（MC）和肥胖組（FC）)陰道分泌物,利用16SrRNA測(cè)序技術(shù)對(duì)其陰道菌群多樣性進(jìn)行分析。結(jié)果顯示:18份樣品平均每份樣品測(cè)得70 567條序列,經(jīng)過(guò)質(zhì)控平均得到68 309條序列,質(zhì)控有效率達(dá)96.84%;通過(guò)聚類共獲得2 677個(gè)操作分類單元（Operational taxonomic units,OTU）,37.58%的OTU注釋到門水平,24.36%的OTU注釋到屬水平;標(biāo)準(zhǔn)組陰道菌群Alpha多樣性指數(shù)的Shannon指數(shù)、Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)均顯著低于肥胖組和偏瘦組（P<0.05）;各組陰道菌群的Good’s coverage指數(shù)均在99.4%以上,表明樣本測(cè)序質(zhì)量較高;在門水平上,偏瘦組、標(biāo)準(zhǔn)組和肥胖組妊娠初期母牛陰道中前10大優(yōu)勢(shì)菌門為厚壁菌門（Firmicutes）、擬桿菌門（Bacteroidetes）、變形菌門（Proteobacteria）、無(wú)壁菌門（Tenericutes）、放線菌門（Actinobacteria）、梭...

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圖1 18份樣品的稀釋曲線

表1顯示了不同體況陰道菌群Alpha多樣性指數(shù)，直接反映微生物群落的豐度及多樣性。Shannon值越大，生物多樣性越高；Simpson值越低，表明生物多樣性越高；Chao1指數(shù)和ACE指數(shù)是估計(jì)物種總數(shù)的常用指數(shù)，值越大，生物多樣性越高。Good’scoverage表示樣本的測(cè)....

圖2 各組樣品基于Weighted Unifrac距離PCoA分析

β多樣性分析是對(duì)不同樣本的微生物群落構(gòu)成進(jìn)行比較分析。主坐標(biāo)分析反映了各樣本中菌群構(gòu)成的相似性。基于WeightedUnifrac距離進(jìn)行PCoA分析（圖2），并選取貢獻(xiàn)率最大的主坐標(biāo)組合進(jìn)行作圖展示。如果樣本距離越接近，表示物種組成結(jié)構(gòu)越相似，因此群落結(jié)構(gòu)相似度高的樣本傾向于....

本文編號(hào)：4021694