羽色、喙色及蹼色是鴨重要的表型標記。為了尋找影響鴨羽、喙、蹼色變異的基因,本研究以課題組建立的雜交鴨F₂代資源群體(1534個個體)為研究對象,先構(gòu)建不同表型個體DNA池樣本進行基因組簡并測序(Rad-seq)、后采用不同表型樣本全基因組重測序的方法,對影響鴨色素性狀的候選基因進行篩選,并對篩選出的候選基因中的兩個基因CADPS及PTPRG與鴨羽、喙及蹼色進行了關(guān)聯(lián)研究,主要研究結(jié)果如下:1.構(gòu)建不同表型個體DNA池樣本、采取簡并基因組測序法對F₂代群體鴨兩種極端表型(黑羽黑喙黑蹼及白羽黃喙黃蹼)個體DNA樣本分別進行測序,然后進行序列比對,經(jīng)過濾共得到72個分別在黑羽樣本或白羽樣本中純合的SNP位點,其中有12個SNP位點定位于不同功能基因中。對其中導(dǎo)致酶切位點改變的2個SNP(g.593704G>A,g.625503T>C)位點,利用PCR-RFLP方法對F₂代資源群體中部分個體(561個)進行基因型鑒定并采用列聯(lián)表獨立性檢驗法對SNP位點與羽色、喙色及蹼色表型進行關(guān)聯(lián)研究,結(jié)果發(fā)現(xiàn)這2個SNP與鴨羽色、...

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【學(xué)位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
縮略詞表
1 前言
    1.1 研究問題的由來
    1.2 黑色素的合成與轉(zhuǎn)運
    1.3 家禽色素性狀研究進展
        1.3.1 控制鴨羽色的C/T位點
        1.3.2 雞的脛色
    1.4 本研究涉及的基因
        1.4.1 CADPS基因
        1.4.2 PTPRG基因
    1.5 篩選色素性狀相關(guān)基因的研究方法
        1.5.1 高通量測序
        1.5.2 高通量測序在畜禽研究中的應(yīng)用
    1.6 研究目的與意義
2 材料與方法
    2.1 實驗材料
        2.1.1 實驗動物
        2.1.2 F₂代群體表型判定標準
        2.1.3 主要儀器設(shè)備
        2.1.4 主要試劑
        2.1.5 常用溶液及其配制
        2.1.6 主要分子生物學(xué)軟件和分子生物學(xué)網(wǎng)站
    2.2 實驗方法
        2.2.1 RNA的提取與質(zhì)量檢測
        2.2.2 總RNA去基因組DNA污染
        2.2.3 RNA反轉(zhuǎn)錄
        2.2.4 DNA的提取與質(zhì)量檢測
        2.2.5 PCR-RFLP酶切分型
        2.2.6 引物設(shè)計
        2.2.7 RT-PCR檢測鴨CADPS、PTPRG基因的表達量
        2.2.8 鴨基因組重測序
    2.3 數(shù)據(jù)統(tǒng)計與性狀關(guān)聯(lián)分析
        2.3.1 基因型頻率和等位基因頻率
        2.3.2 遺傳多態(tài)性分析
        2.3.3 基因型與性狀關(guān)聯(lián)分析
3 結(jié)果
    3.1 基因組簡并測序(Rad-seq)
        3.1.1 SNP的獲得與篩選
        3.1.2 候選SNP與目標性狀的關(guān)聯(lián)
    3.2 不同表型樣本重測序
        3.2.1 測序質(zhì)量
        3.2.2 數(shù)據(jù)預(yù)處理結(jié)果
        3.2.3 SNP篩選結(jié)果
        3.2.4 SNP的分布
        3.2.5 候選基因的GO注釋
    3.3 鴨CADPS基因與目標性狀的關(guān)聯(lián)
        3.3.1 鴨CADPS基因中檢測到的SNP及部分位點多態(tài)性檢測
        3.3.2 鴨CADPS基因SNP篩選及與羽色、蹼色、喙色的關(guān)聯(lián)分析
        3.3.3 CADPS基因在鴨羽毛毛球中的表達
    3.4 鴨PTPRG基因與目標性狀的關(guān)聯(lián)
        3.4.1 鴨PTPRG基因中檢測到的SNP及部分位點多態(tài)性檢測
        3.4.2 鴨PTPRG基因與羽色、蹼色、喙色的關(guān)聯(lián)分析
        3.4.3 PTPRG基因在鴨羽毛毛球中的表達
4 討論
    4.1 鴨的顏色性狀遺傳控制復(fù)雜
    4.2 鴨CADPS基因多態(tài)性與色素性狀相關(guān)
    4.3 鴨PTPRG基因多態(tài)性與色素性狀相關(guān)
    4.4 兩種測序方法的比較
5 總結(jié)
    5.1 研究小結(jié)
    5.2 本研究的不足之處與下一步研究設(shè)想
參考文獻
致謝



本文編號：3961978