布魯氏菌病是由布魯氏菌引起的一種人畜共患病,嚴重危害公共衛(wèi)生安全和畜牧業(yè)發(fā)展。布魯氏菌是一種胞內(nèi)寄生菌,其侵入宿主細胞后會面臨惡劣的生存環(huán)境。為了應對胞內(nèi)復雜的環(huán)境,布魯氏菌需要調(diào)控相關基因的表達以保證其生存和復制。隨著sRNA在細菌中不斷被發(fā)現(xiàn),sRNA的功能也逐漸被人們熟知,其在細菌基因表達的調(diào)節(jié)中發(fā)揮重要作用,可以影響生物膜形成、代謝、群體感應、應激反應及毒力等。Hfq是一種RNA伴侶蛋白,可以介導sRNA的基因調(diào)控。布魯氏菌中也存在sRNA,但對其參與的轉(zhuǎn)錄調(diào)控尚不明確。為了研究布魯氏菌中sRNA的相關功能,本研究應用二代測序技術(shù)和sRNA-Detect算法對牛種布魯氏菌2308株的sRNA進行預測,選取部分驗證正確的sRNA進行功能研究,包括其對細菌毒力的影響以及應激條件下的轉(zhuǎn)錄,并尋找這些sRNA的作用靶點。1、提取該菌株的總RNA,進行RNA-Seq高通量測序,基于測序結(jié)果采用sRNA-Detect算法進行sRNA預測,并采用反轉(zhuǎn)錄PCR對sRNA進行驗證。結(jié)果共預測出3523條候選的sRNA,隨機挑選14個sRNA均得到驗證。另外經(jīng)驗證,在2308 hfq缺失株中,其中...

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【學位級別】：碩士

【部分圖文】：

圖3-1預測的sRNAs的長度分布

ed508208737103423674510apped185499151554143913queMapped919558329683039804785829271398766767566810412ase11266763741183596039128....

圖3-2反轉(zhuǎn)錄PCR對sRNA預測結(jié)果的驗證Fig.3-2VerificationofsRNApredictionresultsbyRT-PCRM:1000DLMarker；1:sRNA015；2:sRNA020；3:sRNA068；4:sRNACandidate070；5:sRNA104；6:sRNA121；7:sRNA154；8:sRNA218；9:sRNA252；10:sRNA261；11:sRNA265；12:sRNA295；13:sRNA305；14:sRNA308

圖3-2反轉(zhuǎn)錄PCR對sRNA預測結(jié)果的驗證Fig.3-2VerificationofsRNApredictionresultsbyRT-PCRRNA015；2:sRNA020；3:sRNA068；4:sRNACandidate070；59:sRNA25....

圖3-3hfq同源臂擴增結(jié)果

圖3-3hfq同源臂擴增結(jié)果3-3Theresultofhfqhomologousarmb臂擴增結(jié)果；2:hfq下游同源臂擴增臂-Km質(zhì)粒的鑒定e質(zhì)粒經(jīng)SacI和KpnI雙酶切pBlue-hfq同源臂重組質(zhì)粒上下游同源臂之間的EcoRl霉素....

圖3-4pBlue-hfq同源臂-Km酶切鑒定結(jié)果

圖3-3hfq同源臂擴增結(jié)果Theresultofhfqhomologousarm增結(jié)果；2:hfq下游同源臂擴增Km質(zhì)粒的鑒定粒經(jīng)SacI和KpnI雙酶Blue-hfq同源臂重組質(zhì)粒游同源臂之間的EcoR素抗性基因連接，得到后，出現(xiàn)線性化的p....

本文編號：3934321