香豬是貴州本地的小型豬品種,即是重要的經(jīng)濟動物,也因為體型小、生理病理等方面與人類的高度相似性,成為重要的實驗動物和模式生物。香豬產(chǎn)仔數(shù)少但性成熟早,公豬三月齡進入青春期,六月齡達到性成熟。piRNAs是一類長度為26-44 nt與PIWI家族蛋白相互作用的不同于miRNAs和siRNAs的小的非編碼RNA,它主要分布在性腺中,其在染色體上分布不均勻,一般成簇分布,成熟piRNA的3’端2-OH被甲基化修飾的,5’端有明顯的尿嘧啶偏愛性。piRNAs通過參與異染色質(zhì)形成,轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄后沉默,抑制轉(zhuǎn)座子,保護生殖系基因組免受DNA損傷和突變的影響,確保遺傳信息可靠地代代相傳。本研究通過高通量測序及生物信息學分析等方法篩選出了4個發(fā)育期的piRNA序列,并分析其特征,染色體分布,來源等,并對其來源基因進行GO富集分析和KEGG通路分析,同時對piRNA簇也進行了相關(guān)分析。本研究主要獲得的結(jié)果如下:1.利用高通量測序及生物信息學分析,從2月齡(斷奶期)香豬睪丸中篩選出100335條已知piRNAs和70514條候選piRNA序列,3月齡(發(fā)情期)中篩出102013條已知piRNAs和66667...

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【學位級別】：碩士

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中文摘要
Abstract
第一章 前言
    1.1 香豬簡介及其現(xiàn)狀
    1.2 睪丸發(fā)育過程
    1.3 piRNA的簡介
        1.3.1 piRNA的來源及產(chǎn)生
        1.3.2 piRNA的特征
    1.4 piRNA簇
    1.5 piRNA的功能機制
        1.5.1 piRNA與胚胎發(fā)育
        1.5.2 piRNA與生殖細胞發(fā)育
        1.5.3 piRNA引導的沉默
        1.5.4 表觀遺傳信息通過piRNAs的傳遞
    1.6 本研究的目的及意義
第二章 材料和方法
    2.1 樣品采集
    2.2 主要數(shù)據(jù)庫及生物分析軟件
    2.3 試驗試劑與儀器
        2.3.1 試驗試劑
        2.3.2 主要試劑盒
        2.3.3 主要溶液的配制
        2.3.4 試驗儀器
    2.4 small RNA的提取
        2.4.1 睪丸組織小RNA提取
        2.4.2 小RNA的富集
    2.5 小RNA文庫的構(gòu)建及高通量測序
    2.6 測序數(shù)據(jù)分析
        2.6.1 原始數(shù)據(jù)質(zhì)控
        2.6.2 序列比對
    2.7 piRNAs的篩選
    2.8 生物信息學分析
    2.9 熒光定量檢測
        2.9.1 引物設(shè)計
        2.9.2 逆轉(zhuǎn)錄反應(yīng)
        2.9.3 PCR擴增
        2.9.4 瓊脂糖凝膠電泳
        2.9.5 目的片段的回收與純化
        2.9.6 DNA的連接
        2.9.7 重組質(zhì)粒的轉(zhuǎn)化
        2.9.8 菌落PCR鑒定
        2.9.9 目的序列測序
        2.9.10 質(zhì)粒DNA的提取
        2.9.11 稀釋質(zhì)粒,建標曲
        2.9.12 熒光定量PCR
第三章 結(jié)果與分析
    3.1 測序數(shù)據(jù)
    3.2 香豬睪丸中已知,同源和新的piRNA的篩選
    3.3 香豬睪丸中已知piRNA和候選piRNA的生物信息學分析
    3.4 香豬睪丸中表達piRNAs的來源分析
        3.4.1 TE衍生的piRNAs
        3.4.2 ncRNA衍生的表達piRNAs
        3.4.3 m RNA衍生的表達piRNAs
    3.5 香豬睪丸中四個發(fā)育期piRNAs的差異分析
    3.6 香豬睪丸四個發(fā)育期piRNA簇的生物信息學分析
        3.6.1 不同發(fā)育期香豬睪丸piRNA簇的篩選及分布
        3.6.2 piRNA簇在四個發(fā)育期的來源分析
        3.6.3 簇內(nèi)區(qū)域piRNA序列重疊現(xiàn)象分析
        3.6.4 piRNA簇表達量及其基因分析
    3.7 實時熒光定量PCR結(jié)果分析
第四章 討論
    4.1 香豬睪丸piRNA及 piRNA簇的篩選分析
    4.2 香豬睪丸piRNAs和 piRNA簇的來源分析
    4.3 piRNAs及 piRNA簇來源基因GO和 KEGG分析
第五章 結(jié)論
參考文獻
附錄
    附錄1 兩個及兩個以上月齡表達的piRNA簇
    附錄2 六個隨機piRNAs的標曲
    附錄3 香豬睪丸piRNA序列信息
致謝



本文編號：3857564