為了解安卡拉病毒貴州流行株penton基因分子特征,本試驗參考GenBank上FAdV基因序列設(shè)計合成特異性引物,對penton基因CDS區(qū)進行擴增,運用生物信息學(xué)軟件對penton基因的核苷酸序列、蛋白質(zhì)理化性質(zhì)、信號肽、二級結(jié)構(gòu)、三級結(jié)構(gòu)和B細胞表位進行分析。結(jié)果顯示,3株FAdV(GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS)penton基因片段大小均為1 578 bp。系統(tǒng)進化樹分析顯示,GZ-BJ、GZ-QL、GZ-LPS均屬于FAdV-4型,3株FAdV-4核苷酸同源性在99.9%～100%之間,推導(dǎo)氨基酸序列同源性在99.8%～100%之間;與國內(nèi)其他分離株、國外分離株差異不大。蛋白理化性質(zhì)分析顯示,該蛋白屬于不穩(wěn)定的、不具有跨膜結(jié)構(gòu)的親水蛋白,其二級結(jié)構(gòu)主要以無規(guī)則卷曲為主(54.29%);結(jié)構(gòu)域預(yù)測結(jié)果顯示,penton蛋白只含有一個低復(fù)雜度區(qū)域;B細胞表位預(yù)測發(fā)現(xiàn),penton基因編碼的氨基酸可能存在3個優(yōu)勢抗原表位區(qū),分別為5-171、207-236和420-462位氨基酸處。本試驗結(jié)果表明,安卡拉病毒penton基因相對保守,存在多個優(yōu)勢抗原表位,可作為安卡拉病毒防控研...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 毒株
    1.2 主要試劑
    1.3 引物設(shè)計與合成
    1.4 病毒總DNA的提取
    1.5 PCR擴增
    1.6 克隆及測序
    1.7 生物信息學(xué)分析
2 結(jié) 果
    2.1 penton基因片段擴增
    2.2 penton基因的克隆鑒定
    2.3 penton基因核苷酸序列及推導(dǎo)氨基酸同源性比對分析
    2.4 penton基因序列系統(tǒng)進化樹
    2.5 penton蛋白理化性質(zhì)分析
    2.6 penton蛋白結(jié)構(gòu)與功能預(yù)測分析
    2.7 penton蛋白B細胞多參數(shù)預(yù)測
3 討 論
4 結(jié) 論



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