旨在利用全基因組拷貝數(shù)變異區(qū)域(copy number variation regions, CNVRs)關(guān)聯(lián)分析以及全基因組數(shù)量性狀基因座(quantitative trait locus, QTLs)定位聯(lián)合篩選出影響豬體高性狀的候選基因。本研究利用快速檢測(cè)基因組拷貝數(shù)變異軟件CNVcaller對(duì)本實(shí)驗(yàn)室構(gòu)建的大白×民豬F2代資源群體的重測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行拷貝數(shù)變異檢測(cè)。利用混合線性模型(mixed-linear model, MLM)將性別和胎次作為固定效應(yīng)對(duì)體高性狀進(jìn)行拷貝數(shù)變異全基因組關(guān)聯(lián)分析(CNVR-GWAS)。采用軟件R/qtl進(jìn)行QTL分析,并使用置換檢驗(yàn)(permutation test, PT)進(jìn)行檢驗(yàn)。將CNVR-GWAS與QTL結(jié)果進(jìn)行聯(lián)合注釋,結(jié)合GO富集和KEGG通路分析,對(duì)影響豬體高的位點(diǎn)和基因進(jìn)行挖掘。利用實(shí)時(shí)熒光定量PCR(qPCR)方法驗(yàn)證候選基因。結(jié)果表明,本群體在全基因組范圍內(nèi)共有3 099個(gè)CNVRs,其中有兩個(gè)CNVRs與體高性狀在全基因組范圍內(nèi)顯著相關(guān),分別位于7號(hào)染色體的25 358 001～26 696 400 bp處(CNVR1)和54 ...

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 研究材料及表型測(cè)定
    1.2 DNA提取及測(cè)序
    1.3 CNVR全基因組關(guān)聯(lián)分析
    1.4 QTL全基因組關(guān)聯(lián)分析
    1.5 豬體高顯著相關(guān)CNVR與QTL定位聯(lián)合分析
    1.6 利用qPCR方法對(duì)OR12D3基因拷貝數(shù)進(jìn)行驗(yàn)證
2 結(jié) 果
    2.1 豬體高性狀表型分布分析
    2.2 豬全基因組CNVR檢測(cè)及體高性狀顯著CNVRs鑒定
    2.3 影響豬體高性狀QTL的定位
    2.4 豬體高顯著相關(guān)的CNVR與QTL重疊區(qū)間的基因功能注釋
    2.5 qPCR對(duì)OR12D3基因拷貝數(shù)的驗(yàn)證
3 討 論
4 結(jié) 論



本文編號(hào)：3814227