PMA-qPCR技術(shù)用于結(jié)核分支桿菌耐藥性快速檢測(cè)的初步研究
發(fā)布時(shí)間:2023-01-05 11:04
目的:為建立結(jié)核桿菌快速藥敏檢測(cè)技術(shù),縮短獲得藥敏檢測(cè)結(jié)果的時(shí)間,及時(shí)為患者提供正確的治療方案。我們將PMA-qPCR偶聯(lián)技術(shù)應(yīng)用于結(jié)核桿菌耐藥診斷,以期對(duì)結(jié)核桿菌耐藥性做出快速檢測(cè)。 方法:根據(jù)GenBank中公布的結(jié)核分支桿菌16sRNA基因的保守序列選取一段長為206bp的基因片段設(shè)計(jì)引物。以qPCR所得初始模板量的多少作為PMA抑制死菌擴(kuò)增的判定標(biāo)準(zhǔn)。用二甲基亞砜將PMA稀釋到0.5mg/ml,并將PMA與結(jié)核分枝桿菌樣品進(jìn)行作用,用以選取和優(yōu)化以下試驗(yàn)條件: (1)終濃度為3ug/ml的PMA與結(jié)核單菌懸液作用,設(shè)置不同曝光時(shí)間,選取PMA與DNA共價(jià)交聯(lián)及游離PMA完全鈍化的最佳曝光時(shí)間,并以此作為后續(xù)試驗(yàn)中的曝光時(shí)間;(2)用熱滅活、超聲裂解和紫外照射法將結(jié)核桿菌殺死并分別與3ug/ml的PMA作用,曝光后進(jìn)行qPCR,通過CT值分析PMA對(duì)死菌擴(kuò)增的抑制效果,選取結(jié)核分支桿菌死菌懸液制備的最佳方法;(3)不同濃度的PMA與結(jié)核分支桿菌活菌相互作用后,在650W鹵素?zé)粝缕毓?5min,根據(jù)qPCR結(jié)果選擇不抑制結(jié)核分支桿菌活菌擴(kuò)增的最小PMA濃度;(4)用熱滅...
【文章頁數(shù)】:52 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
導(dǎo)師評(píng)閱表
課題來源
摘要
英文摘要
英文縮略詞表
前言
第一章 文獻(xiàn)綜述
前言
1 傳統(tǒng)的生長檢測(cè)為基礎(chǔ)的藥敏試驗(yàn)
2 以快速培養(yǎng)生長檢測(cè)為基礎(chǔ)的藥敏試驗(yàn)
2.1 顯微鏡觀察藥敏檢測(cè)技術(shù)(MODS)
2.2 BACTEC460系統(tǒng)
2.3 BactecMGIT960系統(tǒng)
2.4 噬菌體檢測(cè)法
3 以檢測(cè)基因突變?yōu)榛A(chǔ)的快速藥敏試驗(yàn)
3.1 以檢測(cè)DNA單鏈構(gòu)象為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法的研究
3.2 以檢測(cè)熒光共振能量傳遞為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法
3.3 以異源雙鏈結(jié)構(gòu)分析為基礎(chǔ)的方法
4 商品化的突變檢測(cè)技術(shù)
4.1 基因芯片技術(shù)
4.2 GeneXpert檢測(cè)系統(tǒng)
4.3 結(jié)核分枝桿菌線性探針技術(shù)
5 直接測(cè)序法
6 高分辨率溶解曲線(HRM)
第二章 實(shí)驗(yàn)部分
實(shí)驗(yàn)一 三種死菌懸液制備方法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
摘要
1 材料和方法
1.1 材料
1.2 方法
2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.1 PMA對(duì)DNA擴(kuò)增抑制效果的評(píng)估
2.2 熱滅活法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
2.3 超聲裂解致死法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
2.4 紫外照射致死法對(duì)PMA-qPCR檢測(cè)結(jié)果的影響
2.5 三種制備死菌方法的比較
3 討論
實(shí)驗(yàn)二 PMA-qPCR快速檢測(cè)結(jié)核活菌方法的建立
摘要
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
2 結(jié)果與分析
2.1 最佳曝光時(shí)間
2.2 不抑制活菌擴(kuò)增的最小PMA濃度
2.3 完全抑制死菌擴(kuò)增的最小PMA濃度
2.4 PMA-qPCR對(duì)不同比例活/死菌的檢測(cè)
2.5 qPCR檢測(cè)的靈敏性
3 討論
實(shí)驗(yàn)三 PMA-qPCR技術(shù)應(yīng)用于結(jié)核耐藥菌的快速鑒別診斷方法的初步研究
摘要
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
1.3 結(jié)核單菌懸液的制備
1.4 PMA和樣品的處理方法
1.5 抗結(jié)核藥物的藥效學(xué)檢測(cè)(刃天青藥敏檢測(cè)法)
1.6 PMA-qPCR反應(yīng)體系
1.7 PMA-qPCR對(duì)結(jié)核藥敏試驗(yàn)的檢測(cè)
2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.1 刃天青藥敏試驗(yàn)檢測(cè)藥物的有效性
2.2 PMA-qPCR對(duì)結(jié)核桿菌藥敏檢測(cè)結(jié)果
3 討論
實(shí)驗(yàn)總結(jié)
創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡(jiǎn)介及發(fā)表論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]創(chuàng)傷弧菌PMA RTi-PCR檢測(cè)技術(shù)的建立[J]. 張晶,周勇,陶霞,吳新偉. 中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2013(01)
[2]PMA-qPCR方法用于監(jiān)測(cè)超聲波滅菌效率的適用性及其應(yīng)用[J]. 李聰聰,余以剛,邱楊,肖性龍,郭毅岱. 現(xiàn)代食品科技. 2012(04)
[3]MODS技術(shù)的研究和應(yīng)用進(jìn)展[J]. 黃自坤,李俊明. 中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué). 2012(03)
[4]細(xì)菌活的非可培養(yǎng)狀態(tài)的分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 李正義,賈俊濤,祝素珍,姜英輝,房保海,雷質(zhì)文. 食品科學(xué). 2011(15)
[5]PMA與PCR結(jié)合的細(xì)菌活細(xì)胞檢測(cè)方法[J]. 羅劍飛,林煒鐵,郭勇. 華南理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2010(09)
[6]細(xì)胞破碎方法對(duì)幾丁質(zhì)脫乙酰酶活力的影響[J]. 岳洪霞,趙祥穎,田延軍,張家祥,楊麗萍,韓延磊,劉建軍. 山東食品發(fā)酵. 2010 (01)
[7]中國結(jié)核病流行新特點(diǎn)及挑戰(zhàn)[J]. 萬康林. 疾病監(jiān)測(cè). 2008(11)
[8]食品病原微生物快速檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 蔣志國,杜琪珍. 食品研究與開發(fā). 2008(03)
[9]不同細(xì)胞裂解方法提取活性污泥總DNA研究[J]. 曲艷玲,廖永紅,汪蘋,牟文亨. 北京工商大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(02)
[10]PCR-SSCP方法用于痰標(biāo)本中結(jié)核分支桿菌耐藥基因的檢測(cè)[J]. 包洪,于庭,劉愛忠,印璞,蒼忠齊. 中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué). 2007(01)
本文編號(hào):3727883
【文章頁數(shù)】:52 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【文章目錄】:
導(dǎo)師評(píng)閱表
課題來源
摘要
英文摘要
英文縮略詞表
前言
第一章 文獻(xiàn)綜述
前言
1 傳統(tǒng)的生長檢測(cè)為基礎(chǔ)的藥敏試驗(yàn)
2 以快速培養(yǎng)生長檢測(cè)為基礎(chǔ)的藥敏試驗(yàn)
2.1 顯微鏡觀察藥敏檢測(cè)技術(shù)(MODS)
2.2 BACTEC460系統(tǒng)
2.3 BactecMGIT960系統(tǒng)
2.4 噬菌體檢測(cè)法
3 以檢測(cè)基因突變?yōu)榛A(chǔ)的快速藥敏試驗(yàn)
3.1 以檢測(cè)DNA單鏈構(gòu)象為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法的研究
3.2 以檢測(cè)熒光共振能量傳遞為基礎(chǔ)的檢測(cè)方法
3.3 以異源雙鏈結(jié)構(gòu)分析為基礎(chǔ)的方法
4 商品化的突變檢測(cè)技術(shù)
4.1 基因芯片技術(shù)
4.2 GeneXpert檢測(cè)系統(tǒng)
4.3 結(jié)核分枝桿菌線性探針技術(shù)
5 直接測(cè)序法
6 高分辨率溶解曲線(HRM)
第二章 實(shí)驗(yàn)部分
實(shí)驗(yàn)一 三種死菌懸液制備方法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
摘要
1 材料和方法
1.1 材料
1.2 方法
2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.1 PMA對(duì)DNA擴(kuò)增抑制效果的評(píng)估
2.2 熱滅活法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
2.3 超聲裂解致死法對(duì)PMA-qPCR結(jié)果的影響
2.4 紫外照射致死法對(duì)PMA-qPCR檢測(cè)結(jié)果的影響
2.5 三種制備死菌方法的比較
3 討論
實(shí)驗(yàn)二 PMA-qPCR快速檢測(cè)結(jié)核活菌方法的建立
摘要
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
2 結(jié)果與分析
2.1 最佳曝光時(shí)間
2.2 不抑制活菌擴(kuò)增的最小PMA濃度
2.3 完全抑制死菌擴(kuò)增的最小PMA濃度
2.4 PMA-qPCR對(duì)不同比例活/死菌的檢測(cè)
2.5 qPCR檢測(cè)的靈敏性
3 討論
實(shí)驗(yàn)三 PMA-qPCR技術(shù)應(yīng)用于結(jié)核耐藥菌的快速鑒別診斷方法的初步研究
摘要
1 材料與方法
1.1 材料
1.2 方法
1.3 結(jié)核單菌懸液的制備
1.4 PMA和樣品的處理方法
1.5 抗結(jié)核藥物的藥效學(xué)檢測(cè)(刃天青藥敏檢測(cè)法)
1.6 PMA-qPCR反應(yīng)體系
1.7 PMA-qPCR對(duì)結(jié)核藥敏試驗(yàn)的檢測(cè)
2 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
2.1 刃天青藥敏試驗(yàn)檢測(cè)藥物的有效性
2.2 PMA-qPCR對(duì)結(jié)核桿菌藥敏檢測(cè)結(jié)果
3 討論
實(shí)驗(yàn)總結(jié)
創(chuàng)新點(diǎn)
參考文獻(xiàn)
致謝
作者簡(jiǎn)介及發(fā)表論文
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]創(chuàng)傷弧菌PMA RTi-PCR檢測(cè)技術(shù)的建立[J]. 張晶,周勇,陶霞,吳新偉. 中國人獸共患病學(xué)報(bào). 2013(01)
[2]PMA-qPCR方法用于監(jiān)測(cè)超聲波滅菌效率的適用性及其應(yīng)用[J]. 李聰聰,余以剛,邱楊,肖性龍,郭毅岱. 現(xiàn)代食品科技. 2012(04)
[3]MODS技術(shù)的研究和應(yīng)用進(jìn)展[J]. 黃自坤,李俊明. 中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué). 2012(03)
[4]細(xì)菌活的非可培養(yǎng)狀態(tài)的分子生物學(xué)檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 李正義,賈俊濤,祝素珍,姜英輝,房保海,雷質(zhì)文. 食品科學(xué). 2011(15)
[5]PMA與PCR結(jié)合的細(xì)菌活細(xì)胞檢測(cè)方法[J]. 羅劍飛,林煒鐵,郭勇. 華南理工大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2010(09)
[6]細(xì)胞破碎方法對(duì)幾丁質(zhì)脫乙酰酶活力的影響[J]. 岳洪霞,趙祥穎,田延軍,張家祥,楊麗萍,韓延磊,劉建軍. 山東食品發(fā)酵. 2010 (01)
[7]中國結(jié)核病流行新特點(diǎn)及挑戰(zhàn)[J]. 萬康林. 疾病監(jiān)測(cè). 2008(11)
[8]食品病原微生物快速檢測(cè)技術(shù)研究進(jìn)展[J]. 蔣志國,杜琪珍. 食品研究與開發(fā). 2008(03)
[9]不同細(xì)胞裂解方法提取活性污泥總DNA研究[J]. 曲艷玲,廖永紅,汪蘋,牟文亨. 北京工商大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版). 2007(02)
[10]PCR-SSCP方法用于痰標(biāo)本中結(jié)核分支桿菌耐藥基因的檢測(cè)[J]. 包洪,于庭,劉愛忠,印璞,蒼忠齊. 中國實(shí)驗(yàn)診斷學(xué). 2007(01)
本文編號(hào):3727883
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