鴨甲肝病毒3型SD1201株全基因組序列分析及部分致病性研究
發(fā)布時間:2022-07-14 12:24
鴨病毒性肝炎(Duck viral hepatitis, DVH)是由鴨肝炎病毒(Duck hepatitis virus,DHV)引起的雛鴨的一種高度致死性傳染病,主要感染1~3周齡雛鴨。隨著我國水禽業(yè)的發(fā)展,DVH發(fā)病率和死亡率均呈現(xiàn)上升趨勢,已成為危害養(yǎng)鴨業(yè)健康發(fā)展的主要疾病之一。近年來,由鴨甲肝病毒3型(Duck hepatitisAvirus type3, DHAV-3)引起的DVH廣泛流行于中國和韓國。DHAV-3型DVH的流行病學特點、臨床癥狀和病理變化與DHAV-1型非常相似,所引起的DVH也難以鑒別。為深入了解DHAV-3基因組變異情況,本研究對1株DHAV-3山東分離株SD1201進行了全基因組序列測定分析與致病性研究。本研究主要包括以下內容:1、SD1201株DHAV-3的全基因組測序及結果分析本研究應用RT-PCR方法擴增了DHAV-3山東分離株SD1201的不同核酸片段,并對其進行了全基因組序列測定與分析。結果表明SD1201株的基因組結構為5’UTR-VP0-VP3-VP1-2A1-2A2-2B-2C-3A-3B-3C-3D-3’UTR,符合小核糖核酸病毒科...
【文章頁數(shù)】:58 頁
【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
符號及縮略詞
目錄
中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 鴨甲肝病毒的研究概述
1.1.1 DHAV 病原學研究
1.1.2 DHAV 的流行病學研究
1.1.3 DHAV 的診斷方法
1.1.4 DHAV 的預防與治療
1.2 熒光定量 RT-PCR 方法概述
1.2.1 定義概述
1.2.2 熒光定量 RT-PCR 分類
1.2.3 熒光定量 RT-PCR 應用
1.3 DHAV 的相關規(guī)律
1.3.1 DHAV 的增殖規(guī)律
1.3.2 致病機理
1.4 DHAV 病毒分布規(guī)律的研究進展
1.5 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 菌(毒)株
2.1.2 試驗動物
2.1.3 酶和相關試劑
2.1.4 主要儀器
2.1.5 實驗所用的溶液及其配制
2.2 方法
2.2.1 試驗一 SD1201 株 DHAV-3 的分離培養(yǎng)以及全基因組測序
2.2.2 試驗二 SD1201 株 DHAV-3 的致病性分析
2.2.3 實驗三用熒光定量 RT-PCR 方法檢測 SD1201 株 DHAV-3 在雛鴨體內的病毒載量
3 結果與分析
3.1 SD1201 株 DHAV-3 全基因組測序的結果分析
3.1.1 目的片段擴增結果
3.1.2 SD1201 株 DHAV-3 全基因結構同源性比對
3.1.3 SD1201 株 DHAV-3 全基因同源性比對
3.1.4 氨基酸序列進化樹的構建和分析
3.1.5 VP1 高變區(qū)氨基酸序列分析
3.1.6 VP1 蛋白氨基酸序列的親水性、抗原指數(shù)和表面可及性分析
3.2 毒力檢測的結果
3.2.1 鴨胚半數(shù)致死量
3.2.2 雛鴨半數(shù)致死量
3.2.3 病理切片觀察
3.3 熒光定量檢測雛鴨在各個部位的載量分布
3.3.1 人工感染雛鴨的臨床癥狀以及剖檢變化
3.3.2 DHAV-3 在雛鴨體內不同部位的的動態(tài)定量分布規(guī)律
4 討論
4.1 全基因組測序的結果討論
4.2 毒力測定
4.3 檢測 DHAV-3 熒光定量 RT-PCR 方法
5 結論
參考文獻
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表論文情況
附錄
【參考文獻】:
期刊論文
[1]鴿源鴨甲肝病毒1型的分離與鑒定[J]. 施少華,陳紅梅,陳珍,傅光華,萬春和,程龍飛,蘇敬良,黃瑜. 福建農(nóng)業(yè)學報. 2012(11)
[2]基因C型鴨甲肝病毒VP1基因的克隆及原核表達[J]. 皮晉魁,聶培婷,黃秋雪,岳華,張煥容. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(09)
[3]鴨甲型病毒性肝炎的研究進展[J]. 任麗倩,李晶,畢玉海,陳璨,張大丙,劉文軍. 生物工程學報. 2012(07)
[4]鴨甲肝病毒基因A型和C型雙重RT-PCR檢測方法的建立[J]. 黃秋雪,湯承,聶培婷,岳華. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(02)
[5]雛鴨感染鴨病毒性肝炎的組織病理學觀察[J]. 伍莉,朱周福. 中國獸醫(yī)雜志. 2011(05)
[6]鴨肝炎病毒分子流行病學分析[J]. 袁率珍,范書才,李虹,姜畔,張兵. 中國預防獸醫(yī)學報. 2010(11)
[7]鴨肝炎病毒浙江分離株全基因組測序及其VP1基因的序列分析[J]. 邵澤香,韋強,鮑國連,崔言順,劉燕,王春平,季權安,李建亮. 中國獸醫(yī)學報. 2010(08)
[8]2007~2009年華南地區(qū)鴨肝炎病毒流行病學調查及分離株的VP1基因變異分析[J]. 何冉婭,于淼,張玉玲,張得玉,曹宗喜,張桂紅. 中國動物傳染病學報. 2010(01)
[9]鴨甲肝病毒VP1基因的克隆和序列分析[J]. 彭小薇,徐永亮,王笑言,付余,張大丙. 中國獸醫(yī)雜志. 2009(09)
[10]基因C型鴨肝炎病毒的分離和鑒定[J]. 潘夢,付余,王笑言,徐永亮,溫納相,王麗艷,張大丙. 中國獸醫(yī)雜志. 2009(03)
碩士論文
[1]新型鴨肝炎病毒全基因組測序及其VP1基因的克隆表達分析[D]. 趙立娜.山東農(nóng)業(yè)大學 2010
[2]實時熒光定量RT-PCR檢測1型鴨病毒性肝炎方法的建立和應用[D]. 楊苗.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
本文編號:3661119
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【學位級別】:碩士
【文章目錄】:
符號及縮略詞
目錄
中文摘要
Abstract
1 前言
1.1 鴨甲肝病毒的研究概述
1.1.1 DHAV 病原學研究
1.1.2 DHAV 的流行病學研究
1.1.3 DHAV 的診斷方法
1.1.4 DHAV 的預防與治療
1.2 熒光定量 RT-PCR 方法概述
1.2.1 定義概述
1.2.2 熒光定量 RT-PCR 分類
1.2.3 熒光定量 RT-PCR 應用
1.3 DHAV 的相關規(guī)律
1.3.1 DHAV 的增殖規(guī)律
1.3.2 致病機理
1.4 DHAV 病毒分布規(guī)律的研究進展
1.5 本研究的目的和意義
2 材料與方法
2.1 材料
2.1.1 菌(毒)株
2.1.2 試驗動物
2.1.3 酶和相關試劑
2.1.4 主要儀器
2.1.5 實驗所用的溶液及其配制
2.2 方法
2.2.1 試驗一 SD1201 株 DHAV-3 的分離培養(yǎng)以及全基因組測序
2.2.2 試驗二 SD1201 株 DHAV-3 的致病性分析
2.2.3 實驗三用熒光定量 RT-PCR 方法檢測 SD1201 株 DHAV-3 在雛鴨體內的病毒載量
3 結果與分析
3.1 SD1201 株 DHAV-3 全基因組測序的結果分析
3.1.1 目的片段擴增結果
3.1.2 SD1201 株 DHAV-3 全基因結構同源性比對
3.1.3 SD1201 株 DHAV-3 全基因同源性比對
3.1.4 氨基酸序列進化樹的構建和分析
3.1.5 VP1 高變區(qū)氨基酸序列分析
3.1.6 VP1 蛋白氨基酸序列的親水性、抗原指數(shù)和表面可及性分析
3.2 毒力檢測的結果
3.2.1 鴨胚半數(shù)致死量
3.2.2 雛鴨半數(shù)致死量
3.2.3 病理切片觀察
3.3 熒光定量檢測雛鴨在各個部位的載量分布
3.3.1 人工感染雛鴨的臨床癥狀以及剖檢變化
3.3.2 DHAV-3 在雛鴨體內不同部位的的動態(tài)定量分布規(guī)律
4 討論
4.1 全基因組測序的結果討論
4.2 毒力測定
4.3 檢測 DHAV-3 熒光定量 RT-PCR 方法
5 結論
參考文獻
致謝
攻讀碩士期間發(fā)表論文情況
附錄
【參考文獻】:
期刊論文
[1]鴿源鴨甲肝病毒1型的分離與鑒定[J]. 施少華,陳紅梅,陳珍,傅光華,萬春和,程龍飛,蘇敬良,黃瑜. 福建農(nóng)業(yè)學報. 2012(11)
[2]基因C型鴨甲肝病毒VP1基因的克隆及原核表達[J]. 皮晉魁,聶培婷,黃秋雪,岳華,張煥容. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(09)
[3]鴨甲型病毒性肝炎的研究進展[J]. 任麗倩,李晶,畢玉海,陳璨,張大丙,劉文軍. 生物工程學報. 2012(07)
[4]鴨甲肝病毒基因A型和C型雙重RT-PCR檢測方法的建立[J]. 黃秋雪,湯承,聶培婷,岳華. 中國預防獸醫(yī)學報. 2012(02)
[5]雛鴨感染鴨病毒性肝炎的組織病理學觀察[J]. 伍莉,朱周福. 中國獸醫(yī)雜志. 2011(05)
[6]鴨肝炎病毒分子流行病學分析[J]. 袁率珍,范書才,李虹,姜畔,張兵. 中國預防獸醫(yī)學報. 2010(11)
[7]鴨肝炎病毒浙江分離株全基因組測序及其VP1基因的序列分析[J]. 邵澤香,韋強,鮑國連,崔言順,劉燕,王春平,季權安,李建亮. 中國獸醫(yī)學報. 2010(08)
[8]2007~2009年華南地區(qū)鴨肝炎病毒流行病學調查及分離株的VP1基因變異分析[J]. 何冉婭,于淼,張玉玲,張得玉,曹宗喜,張桂紅. 中國動物傳染病學報. 2010(01)
[9]鴨甲肝病毒VP1基因的克隆和序列分析[J]. 彭小薇,徐永亮,王笑言,付余,張大丙. 中國獸醫(yī)雜志. 2009(09)
[10]基因C型鴨肝炎病毒的分離和鑒定[J]. 潘夢,付余,王笑言,徐永亮,溫納相,王麗艷,張大丙. 中國獸醫(yī)雜志. 2009(03)
碩士論文
[1]新型鴨肝炎病毒全基因組測序及其VP1基因的克隆表達分析[D]. 趙立娜.山東農(nóng)業(yè)大學 2010
[2]實時熒光定量RT-PCR檢測1型鴨病毒性肝炎方法的建立和應用[D]. 楊苗.四川農(nóng)業(yè)大學 2009
本文編號:3661119
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