為分析河南省豬流行性腹瀉病毒（PEDV）S基因的遺傳變異情況,設(shè)計(jì)并合成能夠擴(kuò)增N基因和S基因的引物,利用RT-PCR方法對(duì)2017年1月至2018年5月河南省11個(gè)地區(qū)規(guī)模豬場(chǎng)的178份病料進(jìn)行檢測(cè)、克隆和測(cè)序,并在氨基酸水平上將本研究分離株的S基因與國(guó)內(nèi)外流行毒株的S基因進(jìn)行比對(duì)分析。結(jié)果顯示,河南省11個(gè)地區(qū)的178份樣品,PEDV陽(yáng)性樣品113份,陽(yáng)性率63.5%（113/178）。選取29株P(guān)EDV代表株進(jìn)行氨基酸序列比較,結(jié)果顯示,29株分離株與經(jīng)典株CV777同源性為88.4%～90.3%,與經(jīng)典株CV777相比,29株代表株在S1區(qū)域存在堿基的插入、缺失和變異現(xiàn)象;基于S基因的遺傳進(jìn)化分析表明,本研究的29株分離株均屬于G2群,而以CV777為代表的經(jīng)典株屬于G1群。通過(guò)與經(jīng)典株CV777的S蛋白進(jìn)行抗原表位比對(duì)分析,在5～190 aa存在較大差異。本研究結(jié)果明確了目前河南省PEDV的遺傳變異情況,為河南省豬流行性腹瀉（PED）的診斷和防控提供參考依據(jù)。 

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【文章目錄】：
1 材料與方法
    1.1 病料樣品
    1.2 引物設(shè)計(jì)
    1.3 樣本處理及RNA的提取
    1.4 N、S基因的擴(kuò)增
    1.5 S基因的測(cè)序
    1.6 S基因序列分析
    1.7 參考序列
2 結(jié)果
    2.1 PEDV N、S基因的擴(kuò)增
    2.2 S基因的測(cè)序結(jié)果分析
    2.3 基于S基因的遺傳進(jìn)化分析
    2.4 PEDV S基因的氨基酸同源性分析
    2.5 S蛋白抗原表位預(yù)測(cè)分析
3 討論


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]抗豬流行性腹瀉病毒制劑研究進(jìn)展[J]. 王艷豐,張丁華,朱金鳳,常洪濤,張戰(zhàn)軍,陳付梅.  中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2019(08)
[2]河南地區(qū)豬流行性腹瀉病毒S基因和ORF3基因分子特征和遺傳進(jìn)化分析[J]. 趙麗,李存法,韓昊瑩,張鴻鑫,盧婷婷,陳紅英,雷連成.  中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2018(05)
[3]河南省2014-2015年豬流行性腹瀉病毒流行株遺傳進(jìn)化分析[J]. 韓莎莎,張玉娟,時(shí)慶賀,石昂,楊利,常洪濤,趙軍,王川慶,陳陸.  中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(06)
[4]豬流行性腹瀉病毒河南流行株S基因的克隆與遺傳進(jìn)化分析[J]. 喬涵,李輝,趙麗,張宇,楊興武,徐朋麗,韓昊瑩,楊明凡,陳紅英.  中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2017(05)

碩士論文
[1]豬流行性腹瀉病毒變異株與經(jīng)典疫苗株S蛋白免疫原性差異分析[D]. 陳靜.河南農(nóng)業(yè)大學(xué) 2015



本文編號(hào)：3653506