哺乳動(dòng)物出生后骨骼肌的生長(zhǎng)發(fā)育屬于典型的數(shù)量性狀,主要受到微效多基因網(wǎng)絡(luò)所調(diào)控,其中大量關(guān)鍵的功能基因和調(diào)控元件的轉(zhuǎn)錄又受到DNA甲基化的調(diào)控。本研究分別采集了3頭180天和7年（平均日齡為2475天）金華豬雌性豬的背最長(zhǎng)肌組織樣品,利用MeDIP-seq測(cè)序技術(shù)進(jìn)行全基因組水平DNA甲基化分析,同時(shí)還利用基因芯片技術(shù)對(duì)樣本的mRNA轉(zhuǎn)錄組進(jìn)行測(cè)定,進(jìn)而揭示了兩個(gè)年齡段背最長(zhǎng)肌的甲基化以及轉(zhuǎn)錄水平的差異。結(jié)果如下：1、肌纖維表型差異：7年豬骨骼肌肌纖維平均直徑顯著高于180天（7年：54.89±10.00μmVs.180天：44.85±8.60μm,P<0.01）；7年豬骨骼肌平均肌纖維橫截面面積顯著高于180天（7年：2544.70±1035.85μm2vs.180天：1680.96±657.44μm2,P<0.01）2、血清指標(biāo)差異：7年和180天的豬血清脂蛋白α分別為103.10mg/L和94.10mg/L,兩者差異不顯著（P>0.05）；180天的膽固醇比7年高31.3%,達(dá)到極顯著（P=0.004）；180天的低密度脂蛋白比7年的高37.3%,達(dá)到顯著水平（... 

【文章來(lái)源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省211工程院校

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【學(xué)位級(jí)別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
高頻詞對(duì)照表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育及其及其影響因素
        1.1 骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育的規(guī)律
        1.2 影響肌纖維數(shù)量和大小的因素
        1.3 研究肌纖維數(shù)量和直徑對(duì)動(dòng)物生產(chǎn)的意義
        1.4 年齡對(duì)骨骼肌發(fā)育的影響
        1.5 調(diào)控肌肉生長(zhǎng)發(fā)育的基因
    2 DNA甲基化對(duì)骨骼肌生長(zhǎng)發(fā)育的影響
        2.1 DNA甲基化的定義
        2.2 DNA甲基化的類型
        2.3 DNA甲基化的檢測(cè)方法
        2.4 DNA甲基化改變基因表達(dá)的機(jī)制
        2.5 甲基化與年齡的關(guān)系
    3 基因芯片技術(shù)
        3.1 生物芯片
        3.2 基因芯片的定義
        3.3 基因芯片的分類
        3.4 基因芯片的應(yīng)用
        3.5 基因芯片存在的問(wèn)題
        3.6 基因芯片在研究豬肌纖維表達(dá)譜的情況
第二章 研究?jī)?nèi)容與目的意義
    1 選題背景和研究?jī)?nèi)容
    2 研究日的與意義
第三章 不同年齡段的骨骼肌肌纖維表型指標(biāo)測(cè)定
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 試驗(yàn)群體
        2.2 樣本采集
        2.3 主要儀器及試劑
        2.4 實(shí)驗(yàn)方法
    3 結(jié)果與分析
        3.1 骨骼肌肌纖維的表型指標(biāo)
        3.2 代謝相關(guān)的生化指標(biāo)差異
    4 討論
        4.1 肌纖維表型指標(biāo)差異
        4.2 血清指標(biāo)差異
    本章小結(jié)
第四章 不同年齡段豬骨骼肌的DNA甲基化圖譜
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 試驗(yàn)材料
        2.2 主要實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備
        2.3 試驗(yàn)所需試劑
        2.4 實(shí)驗(yàn)方法
        2.5 基因組元件的定義
    3 結(jié)果與分析
        3.1 測(cè)序數(shù)據(jù)分析
        3.2 基因組CpG%的分布
        3.3 染色體甲基化分布特點(diǎn)
        3.4 亞端粒區(qū)和非亞端粒區(qū)的甲基化程度差異
        3.5 24個(gè)基因元件的甲基化分析
    4 討論
        4.1 X染色體與常染色體的甲基化差異
        4.2 甲基化程度與染色體特征
        4.3 亞端粒區(qū)和非亞端粒區(qū)的甲基化差異
        4.4 24個(gè)元件的甲基化差異
    本章小結(jié)
第五章 不同年齡段豬骨骼肌的甲基化差異
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 差異甲基化區(qū)域(DMRs)的鑒定
        2.2 啟動(dòng)子區(qū)的DMRs功能富集分析
    3 結(jié)果
        3.1 DMRs的匯總情況
        3.2 24個(gè)基因元件的DMRs分布差異
        3.3 啟動(dòng)子區(qū)域差異甲基化基因功能富集分析
    4 討論
        4.1 24個(gè)基因元件的DMR富集差異
        4.2 基因功能富集分析
    本章小結(jié)
第六章 不同年齡段的豬骨骼肌mRNA表達(dá)譜差異
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 實(shí)驗(yàn)中所用主要儀器
        2.2 主要試劑
        2.3 Total RNA的提取
        2.4 RNA的凝膠電泳檢測(cè)
        2.5 基因芯片的操作過(guò)程
    3 數(shù)據(jù)分析
        3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理及標(biāo)準(zhǔn)化
        3.2 芯片實(shí)驗(yàn)自身的質(zhì)控
        3.3 豬基因組芯片探針注釋文件的重注解
        3.4 差異基因分析
        3.5 GO和Pathway分析
    4 結(jié)果與分析
        4.1 RNA質(zhì)量檢測(cè)
        4.2 芯片的掃描結(jié)果
        4.3 芯片標(biāo)準(zhǔn)化的結(jié)果
        4.4 差異基因的聚類分析
        4.5 GO和Pathway的富集分析
    5 討論
        5.1 重復(fù)芯片的必要性
        5.2 單通道基因芯片的選擇
        5.3 基因芯片數(shù)據(jù)的標(biāo)準(zhǔn)化處理
        5.4 聚類分析
        5.5 GO和Pathway分析
    本章小結(jié)
第七章 甲基化介導(dǎo)的基因表達(dá)差異分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 設(shè)備和主要試劑盒
        2.2 檢測(cè)DMRs
        2.3 重亞硫酸鹽測(cè)序
    3 結(jié)果與分析
        3.1 基因功能富集分析
        3.2 基因表達(dá)和差異甲基化的聯(lián)合分析
        3.3 啟動(dòng)子區(qū)域甲基化負(fù)調(diào)控基因的表達(dá)量
        3.4 BSP驗(yàn)證結(jié)果
    4 討論
        4.1 基因富集分析
        4.2 21個(gè)基因參與肌肉發(fā)育的調(diào)控
    本章小結(jié)
第八章 結(jié)論與展望
    1 主要結(jié)論
    2 論文創(chuàng)新點(diǎn)
    3 下一步要進(jìn)行的工作
參考文獻(xiàn)
致謝
博士在讀期間發(fā)表的論文
附錄


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]我國(guó)豬群健康管理體系的構(gòu)建[J]. 樊福好.  養(yǎng)豬. 2011(03)
[3]北京城鄉(xiāng)社區(qū)20～44歲居民高血壓患病率及其危險(xiǎn)因素[J]. 王勁松,余金明,胡大一,孫藝紅,王芳,王家宏,管緋,王桂蓮.  中華高血壓雜志. 2009(09)
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[7]應(yīng)用基因芯片分析結(jié)核分枝桿菌常見(jiàn)耐藥基因型的研究[J]. 吳雪瓊,張瓊,張俊仙,梁建琴,魯紅麗,李洪敏,張洪恩,陸陽(yáng),榮利,呂翠環(huán),張廣宇,邢婉麗.  中國(guó)防癆雜志. 2006(01)
[8]心血管病預(yù)防的現(xiàn)狀和展望[J]. 顧東風(fēng).  中華預(yù)防醫(yī)學(xué)雜志. 2003(02)
[9]含不同比例梅山豬血緣雜交肉豬肉質(zhì)及肌纖維組織學(xué)特性研究[J]. 吳德,楊鳳,周安國(guó),陳代文.  養(yǎng)豬. 2003(01)
[10]鹽酸克倫特羅及其危害[J]. 常秉文,劉永志.  內(nèi)蒙古畜牧科學(xué). 2002(02)

博士論文
[1]肌肉中calsarcin基因的差異表達(dá)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究[D]. 王恒.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007

碩士論文
[1]豬PPARGC1A基因在不同組織和生長(zhǎng)發(fā)育階段中的差異表達(dá)[D]. 閔小紅.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[2]豬c-fos和MyoG基因與肌纖維性狀的關(guān)聯(lián)性研究[D]. 郭云雁.中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2007



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