發(fā)布時間：2022-02-16 19:29

　　哺乳動物出生后骨骼肌的生長發(fā)育屬于典型的數(shù)量性狀,主要受到微效多基因網(wǎng)絡(luò)所調(diào)控,其中大量關(guān)鍵的功能基因和調(diào)控元件的轉(zhuǎn)錄又受到DNA甲基化的調(diào)控。本研究分別采集了3頭180天和7年（平均日齡為2475天）金華豬雌性豬的背最長肌組織樣品,利用MeDIP-seq測序技術(shù)進行全基因組水平DNA甲基化分析,同時還利用基因芯片技術(shù)對樣本的mRNA轉(zhuǎn)錄組進行測定,進而揭示了兩個年齡段背最長肌的甲基化以及轉(zhuǎn)錄水平的差異。結(jié)果如下：1、肌纖維表型差異：7年豬骨骼肌肌纖維平均直徑顯著高于180天（7年：54.89±10.00μmVs.180天：44.85±8.60μm,P<0.01）；7年豬骨骼肌平均肌纖維橫截面面積顯著高于180天（7年：2544.70±1035.85μm2vs.180天：1680.96±657.44μm2,P<0.01）2、血清指標差異：7年和180天的豬血清脂蛋白α分別為103.10mg/L和94.10mg/L,兩者差異不顯著（P>0.05）；180天的膽固醇比7年高31.3%,達到極顯著（P=0.004）；180天的低密度脂蛋白比7年的高37.3%,達到顯著水平（... 

【文章來源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省211工程院校

【文章頁數(shù)】：148 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
高頻詞對照表
第一章 文獻綜述
    1 骨骼肌生長發(fā)育及其及其影響因素
        1.1 骨骼肌生長發(fā)育的規(guī)律
        1.2 影響肌纖維數(shù)量和大小的因素
        1.3 研究肌纖維數(shù)量和直徑對動物生產(chǎn)的意義
        1.4 年齡對骨骼肌發(fā)育的影響
        1.5 調(diào)控肌肉生長發(fā)育的基因
    2 DNA甲基化對骨骼肌生長發(fā)育的影響
        2.1 DNA甲基化的定義
        2.2 DNA甲基化的類型
        2.3 DNA甲基化的檢測方法
        2.4 DNA甲基化改變基因表達的機制
        2.5 甲基化與年齡的關(guān)系
    3 基因芯片技術(shù)
        3.1 生物芯片
        3.2 基因芯片的定義
        3.3 基因芯片的分類
        3.4 基因芯片的應(yīng)用
        3.5 基因芯片存在的問題
        3.6 基因芯片在研究豬肌纖維表達譜的情況
第二章 研究內(nèi)容與目的意義
    1 選題背景和研究內(nèi)容
    2 研究日的與意義
第三章 不同年齡段的骨骼肌肌纖維表型指標測定
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 試驗群體
        2.2 樣本采集
        2.3 主要儀器及試劑
        2.4 實驗方法
    3 結(jié)果與分析
        3.1 骨骼肌肌纖維的表型指標
        3.2 代謝相關(guān)的生化指標差異
    4 討論
        4.1 肌纖維表型指標差異
        4.2 血清指標差異
    本章小結(jié)
第四章 不同年齡段豬骨骼肌的DNA甲基化圖譜
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 試驗材料
        2.2 主要實驗儀器設(shè)備
        2.3 試驗所需試劑
        2.4 實驗方法
        2.5 基因組元件的定義
    3 結(jié)果與分析
        3.1 測序數(shù)據(jù)分析
        3.2 基因組CpG%的分布
        3.3 染色體甲基化分布特點
        3.4 亞端粒區(qū)和非亞端粒區(qū)的甲基化程度差異
        3.5 24個基因元件的甲基化分析
    4 討論
        4.1 X染色體與常染色體的甲基化差異
        4.2 甲基化程度與染色體特征
        4.3 亞端粒區(qū)和非亞端粒區(qū)的甲基化差異
        4.4 24個元件的甲基化差異
    本章小結(jié)
第五章 不同年齡段豬骨骼肌的甲基化差異
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 差異甲基化區(qū)域(DMRs)的鑒定
        2.2 啟動子區(qū)的DMRs功能富集分析
    3 結(jié)果
        3.1 DMRs的匯總情況
        3.2 24個基因元件的DMRs分布差異
        3.3 啟動子區(qū)域差異甲基化基因功能富集分析
    4 討論
        4.1 24個基因元件的DMR富集差異
        4.2 基因功能富集分析
    本章小結(jié)
第六章 不同年齡段的豬骨骼肌mRNA表達譜差異
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 實驗中所用主要儀器
        2.2 主要試劑
        2.3 Total RNA的提取
        2.4 RNA的凝膠電泳檢測
        2.5 基因芯片的操作過程
    3 數(shù)據(jù)分析
        3.1 數(shù)據(jù)預(yù)處理及標準化
        3.2 芯片實驗自身的質(zhì)控
        3.3 豬基因組芯片探針注釋文件的重注解
        3.4 差異基因分析
        3.5 GO和Pathway分析
    4 結(jié)果與分析
        4.1 RNA質(zhì)量檢測
        4.2 芯片的掃描結(jié)果
        4.3 芯片標準化的結(jié)果
        4.4 差異基因的聚類分析
        4.5 GO和Pathway的富集分析
    5 討論
        5.1 重復(fù)芯片的必要性
        5.2 單通道基因芯片的選擇
        5.3 基因芯片數(shù)據(jù)的標準化處理
        5.4 聚類分析
        5.5 GO和Pathway分析
    本章小結(jié)
第七章 甲基化介導(dǎo)的基因表達差異分析
    1 前言
    2 材料與方法
        2.1 設(shè)備和主要試劑盒
        2.2 檢測DMRs
        2.3 重亞硫酸鹽測序
    3 結(jié)果與分析
        3.1 基因功能富集分析
        3.2 基因表達和差異甲基化的聯(lián)合分析
        3.3 啟動子區(qū)域甲基化負調(diào)控基因的表達量
        3.4 BSP驗證結(jié)果
    4 討論
        4.1 基因富集分析
        4.2 21個基因參與肌肉發(fā)育的調(diào)控
    本章小結(jié)
第八章 結(jié)論與展望
    1 主要結(jié)論
    2 論文創(chuàng)新點
    3 下一步要進行的工作
參考文獻
致謝
博士在讀期間發(fā)表的論文
附錄


【參考文獻】：
期刊論文
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博士論文
[1]肌肉中calsarcin基因的差異表達和轉(zhuǎn)錄調(diào)控研究[D]. 王恒.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2007

碩士論文
[1]豬PPARGC1A基因在不同組織和生長發(fā)育階段中的差異表達[D]. 閔小紅.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[2]豬c-fos和MyoG基因與肌纖維性狀的關(guān)聯(lián)性研究[D]. 郭云雁.中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院 2007



本文編號：3628525