用于豬肉產(chǎn)品溯源的相關(guān)SNP的挖掘與引物篩選
發(fā)布時間:2022-02-14 22:04
我國是生產(chǎn)和消費(fèi)豬肉量最大的國家,豬肉是我國居民消費(fèi)的最主要肉類產(chǎn)品,對其建立有效的溯源系統(tǒng),更是迫在眉睫。隨著當(dāng)代高通量測序技術(shù)的發(fā)展,DNA標(biāo)記已經(jīng)逐漸被用于肉類產(chǎn)品的溯源系統(tǒng)建立。在DNA標(biāo)記中, SNP(Single Nucleotide Polymorphisms)標(biāo)記,以其相對簡單且檢測成本較低,是一種可有效對豬肉產(chǎn)品進(jìn)行溯源的遺傳學(xué)方法。為種豬檔案庫建設(shè)所需,本研究選用我國最常用的商品豬種洛克、長白和大約克豬,對杜洛克、長白和大約克豬個體身份的DNA識別進(jìn)行了研究。并提供了一種新的遺傳標(biāo)記——“多位點(diǎn)合并基因型DNA片段”,用于豬個體身份識別及其產(chǎn)品的溯源。一、為了更多地挖掘可用于豬個體識別的SNP,共篩選了8對引物,PCR擴(kuò)增后將產(chǎn)物直接測序,得到了63個SNP。取雜合度≥0.10的SNP,這些SNP在不同品種中所組成的基因型數(shù)目不同,最終可用于實(shí)驗中三個品種溯源的SNP,在杜洛克中有16個,在長白中13有個,在大約克中有17個,可組成131220(杜洛克)、2160(長白)、6480(大約克)種基因型。以這些SNP為基礎(chǔ)的基因分型策略,足以應(yīng)用到飼養(yǎng)杜洛克豬的豬場進(jìn)行...
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省211工程院校教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:59 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
英文縮寫
第一部分 文獻(xiàn)綜述
第一章 肉產(chǎn)品溯源技術(shù)的研究進(jìn)展
1.1 非遺傳學(xué)的肉產(chǎn)品溯源研究及應(yīng)用
1.2 遺傳學(xué)的肉產(chǎn)品溯源研究進(jìn)展
第二章 SNP標(biāo)記的研究進(jìn)展
2.1 SNP檢測方法
2.2 SNP標(biāo)記的優(yōu)勢和特點(diǎn)
第三章 SNP用于溯源的研究進(jìn)展
3.1 SNP標(biāo)記用于人及其它物種研究
3.2 SNP標(biāo)記用于豬肉產(chǎn)品的溯源研究
參考文獻(xiàn)
第二部分 實(shí)驗研究
第四章 豬個體身份識別的SNP篩選
1. 材料與方法
1.1 材料
1.2 實(shí)驗方法與步驟
1.3 數(shù)據(jù)分析
1.4 豬個體身份識別的SNP數(shù)字條形碼編制
2 結(jié)果與分析
2.1 SNP檢測
2.2 SNP連鎖不平衡分析
2.3 用于制作條形碼的SNP篩選結(jié)果
2.4 SNP條形碼及數(shù)字條形碼編制
2.5 基因型分析
3. 討論
3.1 豬個體身份識別
3.2 SNP的混樣PCR測序檢測
參考文獻(xiàn)
第五章 多位點(diǎn)合并基因型DNA片段篩選
1. 材料與方法
1.1 材料
1.2 實(shí)驗方法與步驟
2. 結(jié)果與分析
2.1 檢測SNP位點(diǎn)
2.2 SNP及引物篩選結(jié)果匯總
2.3 有效引物獲得效率
3. 討論
3.1 SNP的“奠基者”效應(yīng)
3.2 “多位點(diǎn)合并基因型DNA片段”
參考文獻(xiàn)
全文結(jié)論
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]新一代基因測序技術(shù)及其在腫瘤研究中的應(yīng)用[J]. 陳琛,萬海粟,周清華. 中國肺癌雜志. 2010(02)
[2]TNFβ的基因多態(tài)性在漢族SLE病人中的分布特點(diǎn)及與其他不同種族人群的比較[J]. 王育新,章友康,朱世樂,劉玉春,白千帆,鄭欣. 北京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 1998(04)
[3]葉酸代謝酶的基因多態(tài)性與神經(jīng)管畸形的關(guān)系[J]. 趙如冰,朱慧萍,李竹. 北京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 1998(02)
[4]隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA影響因素的研究[J]. 陳永久,張亞平. 動物學(xué)研究. 1997(02)
[5]云南4個少數(shù)民族的隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA分析[J]. 王文,蘭宏,宿兵,施立明. 科學(xué)通報. 1994(20)
本文編號:3625348
【文章來源】:南京農(nóng)業(yè)大學(xué)江蘇省211工程院校教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:59 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【文章目錄】:
摘要
ABSTRACT
英文縮寫
第一部分 文獻(xiàn)綜述
第一章 肉產(chǎn)品溯源技術(shù)的研究進(jìn)展
1.1 非遺傳學(xué)的肉產(chǎn)品溯源研究及應(yīng)用
1.2 遺傳學(xué)的肉產(chǎn)品溯源研究進(jìn)展
第二章 SNP標(biāo)記的研究進(jìn)展
2.1 SNP檢測方法
2.2 SNP標(biāo)記的優(yōu)勢和特點(diǎn)
第三章 SNP用于溯源的研究進(jìn)展
3.1 SNP標(biāo)記用于人及其它物種研究
3.2 SNP標(biāo)記用于豬肉產(chǎn)品的溯源研究
參考文獻(xiàn)
第二部分 實(shí)驗研究
第四章 豬個體身份識別的SNP篩選
1. 材料與方法
1.1 材料
1.2 實(shí)驗方法與步驟
1.3 數(shù)據(jù)分析
1.4 豬個體身份識別的SNP數(shù)字條形碼編制
2 結(jié)果與分析
2.1 SNP檢測
2.2 SNP連鎖不平衡分析
2.3 用于制作條形碼的SNP篩選結(jié)果
2.4 SNP條形碼及數(shù)字條形碼編制
2.5 基因型分析
3. 討論
3.1 豬個體身份識別
3.2 SNP的混樣PCR測序檢測
參考文獻(xiàn)
第五章 多位點(diǎn)合并基因型DNA片段篩選
1. 材料與方法
1.1 材料
1.2 實(shí)驗方法與步驟
2. 結(jié)果與分析
2.1 檢測SNP位點(diǎn)
2.2 SNP及引物篩選結(jié)果匯總
2.3 有效引物獲得效率
3. 討論
3.1 SNP的“奠基者”效應(yīng)
3.2 “多位點(diǎn)合并基因型DNA片段”
參考文獻(xiàn)
全文結(jié)論
致謝
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]新一代基因測序技術(shù)及其在腫瘤研究中的應(yīng)用[J]. 陳琛,萬海粟,周清華. 中國肺癌雜志. 2010(02)
[2]TNFβ的基因多態(tài)性在漢族SLE病人中的分布特點(diǎn)及與其他不同種族人群的比較[J]. 王育新,章友康,朱世樂,劉玉春,白千帆,鄭欣. 北京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 1998(04)
[3]葉酸代謝酶的基因多態(tài)性與神經(jīng)管畸形的關(guān)系[J]. 趙如冰,朱慧萍,李竹. 北京醫(yī)科大學(xué)學(xué)報. 1998(02)
[4]隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA影響因素的研究[J]. 陳永久,張亞平. 動物學(xué)研究. 1997(02)
[5]云南4個少數(shù)民族的隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)DNA分析[J]. 王文,蘭宏,宿兵,施立明. 科學(xué)通報. 1994(20)
本文編號:3625348
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