旨在探究大熊貓糞便中微生物組成以及耐藥基因和寄生蟲的真實(shí)情況。采集6只健康成年大熊貓的新鮮糞便,利用宏轉(zhuǎn)錄組學(xué)測(cè)序技術(shù)分析大熊貓糞便微生物組成及功能、耐藥基因種類、豐度和寄生蟲的組成,探討優(yōu)勢(shì)細(xì)菌與耐藥基因的相關(guān)性。結(jié)果表明,大熊貓糞便內(nèi)微生物種類多樣,包括細(xì)菌、真菌和病毒等,但以細(xì)菌為主。在門水平上,細(xì)菌類群中厚壁菌門（Firmicutes）和變形菌門（Proteobacteria）為優(yōu)勢(shì)菌門,在真菌菌門中擔(dān)子菌門（Basidiomycota）、子囊菌門（Ascomycota）和毛霉亞門（Mucoromycota）相對(duì)豐度較高,雌性和雄性大熊貓糞便菌群豐度沒有顯著性差異（P>0.05）。Unigenes功能分析表明,大熊貓糞便微生物的功能主要涉及碳水化合物、氨基酸代謝等過程。在大熊貓糞便中共檢測(cè)出25大類、304種耐藥基因,其中,外排泵類基因的種類最多、相對(duì)豐度最高。此外,在大熊貓糞便中共發(fā)現(xiàn)63屬126種寄生蟲,寄生蟲種包括線蟲、絳蟲和吸蟲,其中,線蟲為優(yōu)勢(shì)蟲種。通過相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn),鏈球菌屬（Streptococcus）、埃希桿菌屬（Escherichia）、腸球菌屬（Ent... 

【文章來源】：畜牧獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,51(11)北大核心CSCD

【文章頁數(shù)】：13 頁

【部分圖文】：

大熊貓糞便內(nèi)主要抗生素耐藥基因分布Circos圖

由于大熊貓這一物種的特殊性,難以直接從腸道內(nèi)獲取樣品,因此,常以大熊貓糞便為試驗(yàn)樣品,對(duì)其腸道微生物進(jìn)行分析[2-3,8]。通過對(duì)宏轉(zhuǎn)錄組文庫中的unigenes進(jìn)行功能注釋和富集分析,從基因?qū)用娣治隽顺赡甏笮茇埣S便中微生物功能的整體表達(dá)特征。分析顯示3個(gè)數(shù)據(jù)庫結(jié)果基本一致,即成年大熊貓腸道微生物的功能主要涉及代謝過程,如COG分類中的碳水化合物運(yùn)輸、代謝與氨基酸運(yùn)輸和代謝,GO功能注釋中的代謝過程,以及KEGG 通路中的碳水化合物代謝和氨基酸代謝等,此結(jié)果提示成年大熊貓的代謝活動(dòng)較強(qiáng)。相關(guān)報(bào)道也表明,動(dòng)物腸道微生物能夠通過生化修飾參與營養(yǎng)物質(zhì)的分解與加工促進(jìn)宿主營養(yǎng)代謝, 哺乳動(dòng)物血液中10%的代謝產(chǎn)物來自腸道微生物[15-16],而碳水化合物代謝和蛋白代謝這類代謝活動(dòng)的優(yōu)勢(shì)地位在仔豬腸道微生物轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究中也被發(fā)現(xiàn)[17]。通過富集分析發(fā)現(xiàn)少量雄性和雌雄大熊貓間的差異unigenes被注釋到KEGG 通路的代謝相關(guān)通路中,表明雄性和雌雄大熊貓腸道微生物在代謝方面存在一定差異,這可能與雌雄大熊貓腸道菌群結(jié)構(gòu)差異有關(guān)。此外,Baars等[18]研究發(fā)現(xiàn)雌雄生理過程受到不同的調(diào)節(jié),不同性別小鼠的脂質(zhì)代謝也受到腸道菌群的影響,其中雌雄膽汁酸水平的差異也可能影響導(dǎo)致脂質(zhì)代謝的性別差異。圖4 細(xì)菌(屬水平)與耐藥基因的相關(guān)性

在門水平,各樣品中物種主要由細(xì)菌組成(41.12%～83.31%),厚壁菌門(15.67%～53.96%)和變形菌門(8.30%～45.30%)是成年大熊貓糞便中細(xì)菌菌群的兩大主要門,其次為擬桿菌門(Bacteroidetes)(0.10%～0.83%)和放線菌門(Actinobacteria)(0.07%～0.35%)。圈養(yǎng)大熊貓糞便內(nèi)均含有相對(duì)豐度含量較高的真菌為擔(dān)子菌門(0.003%～0.07%)、子囊菌門(0.01%～0.05%)和毛霉亞門(0.001%～0.04%)。在屬分類水平,總相對(duì)豐度大于1%的物種見表2,其相對(duì)豐度在雄性組(M1～M3)和雌性組(F1～F3) 沒有顯著性差異(P>0.05),物種由6個(gè)細(xì)菌菌屬組成。梭菌(Clostridium)和鏈球菌在樣品M2、F1、F2和F3中所占比列較高,在樣品M1和M3中梭菌和Intestinibacter所占比列較高。結(jié)果顯示,細(xì)菌梭菌和鏈球菌為 6只大熊貓糞便內(nèi)的優(yōu)勢(shì)物種,平均相對(duì)豐度較高。

【參考文獻(xiàn)】：
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