奶牛業(yè)是畜牧業(yè)非常重要的組成部分之一,其發(fā)展水平標(biāo)志著畜牧業(yè)的先進(jìn)程度。奶牛的產(chǎn)奶性狀作為最重要的經(jīng)濟(jì)性狀,一直是分子育種的研究熱點(diǎn)。對奶牛產(chǎn)奶性狀的功能基因的挖掘和驗(yàn)證是奶牛分子育種的重要前提和基礎(chǔ),本課題組前期對中國荷斯坦牛群體進(jìn)行了產(chǎn)奶性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS）研究,定位到了105個(gè)基因組水平的顯著SNP位點(diǎn)。本研究在全基因組關(guān)聯(lián)分析研究結(jié)果的基礎(chǔ)上,選取了分布于牛13條染色體共約6.6Mb的顯著區(qū)段,運(yùn)用目標(biāo)區(qū)域捕獲技術(shù)對60頭中國荷斯坦公牛進(jìn)行高通量混池測序,共得到了該區(qū)段內(nèi)127218個(gè)SNP,其中735個(gè)位于編碼區(qū),418個(gè)位于UTR區(qū)。通過生物信息學(xué)分析及篩選,選取了200個(gè)SNP進(jìn)行深入研究,試驗(yàn)群體來自北京的17個(gè)公牛家系以及上海的15個(gè)公牛家系共734頭母牛,運(yùn)用飛行質(zhì)譜技術(shù)進(jìn)行基因分型,利用單標(biāo)記回歸分析混合模型對五個(gè)產(chǎn)奶性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析,研究共發(fā)現(xiàn)40個(gè)顯著的SNPs,分布于33個(gè)基因中,與前期全基因組關(guān)聯(lián)分析一致的基因有17個(gè),同時(shí)影響五個(gè)產(chǎn)奶性狀的基因有7個(gè),分別為DGAT1, HEATR7A, VPS28, CPSF1, PPP1R16A,GPT... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)大學(xué)北京市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：110 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 引言
    1.1 奶牛產(chǎn)奶性狀QTL定位情況及候選基因研究進(jìn)展
    1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析與基因組選擇在奶牛育種中的應(yīng)用
    1.3 高通量測序技術(shù)的發(fā)展與應(yīng)用
    1.4 本研究的目的和意義
第二章 運(yùn)用目標(biāo)區(qū)域捕獲測序技術(shù)檢測中國荷斯坦牛GWAS顯著區(qū)段遺傳變異
    2.1 試驗(yàn)材料與方法
    2.2 結(jié)果與分析
    2.3 討論
第三章 中國荷斯坦牛產(chǎn)奶性狀關(guān)聯(lián)分析
    3.1 試驗(yàn)材料與方法
    3.2 結(jié)果與分析
    3.3 討論與結(jié)論
第四章 EEF1D和RPL8基因的功能驗(yàn)證
    4.1 試驗(yàn)材料與方法
    4.2 結(jié)果與分析
    4.3 討論
第五章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
致謝
個(gè)人簡歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]An RNA-seq-based Gene Expression Profiling of Radiation-induced Tumorigenic Mammary Epithelial Cells[J]. Lina Ma,Linghu Nie,Jing Liu,Bing Zhang,Shuhui Song,Min Sun,Jin Yang,Yadong Yang,Xiangdong Fang,Songnian Hu,Yongliang Zhao,Jun Yu.  Genomics, Proteomics & Bioinformatics. 2012(06)



本文編號：3578282