本研究旨在克隆豬鏈球菌rpoE基因,并通過(guò)生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)分析豬鏈球菌rpoE基因編碼蛋白功能及其調(diào)節(jié)機(jī)制。以豬鏈球菌基因組為模板擴(kuò)增rpoE基因,成功測(cè)序后通過(guò)生物信息學(xué)軟件預(yù)測(cè)該基因編碼蛋白的理化性質(zhì)、抗原表位等。結(jié)果表明,成功克隆的豬鏈球菌rpoE基因全長(zhǎng)582 bp,編碼一種富含谷氨酸、天冬氨酸及絲氨酸的親水性胞質(zhì)蛋白;二級(jí)結(jié)構(gòu)分析顯示,RpoE蛋白主要結(jié)構(gòu)元件為α-螺旋和無(wú)規(guī)則卷曲,分別占52.3%和36.3%。綜合分析認(rèn)為,RpoE蛋白上存在5個(gè)優(yōu)勢(shì)抗原表位。 

【文章來(lái)源】：浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2020,32(07)北大核心CSCD

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【部分圖文】：

RpoE磷酸化位點(diǎn)分析

利用IEDB程序進(jìn)行RpoE蛋白B細(xì)胞抗原表位分析。RpoE蛋白表面可及性采用Emini法預(yù)測(cè),得分較高區(qū)域分別為8-15、24-34、43-52、95-113、140-157和179-189位氨基酸(圖2-A)。用Parker法進(jìn)行蛋白親水性分析,得分較高區(qū)域主要集中在后半段,分別為6-15、24-34、94-123、125-136、139-165和166-193位氨基酸(圖2-B)。使用Karplus-Schulz法分析RpoE可塑性,發(fā)現(xiàn)前半部分布較均勻,高可塑性區(qū)域主要集中靠近C端側(cè),分別為5-16、23-34、44-55、95-113、124-165和166-179位氨基酸(圖2-C)。RpoE蛋白抗原性使用Kolaskar & Tongaonkar在線分析,結(jié)果顯示,RpoE氨基酸序列平均抗原指數(shù)為0.980,抗原指數(shù)較高的區(qū)域?yàn)?1-28、51-71、78-90、133-145和184-193位氨基酸(圖2-D)。對(duì)RpoE編碼肽鏈表面可及性、親水性、可塑性和抗原性綜合分析,并結(jié)合蛋白二級(jí)結(jié)構(gòu)特點(diǎn)進(jìn)行篩選,認(rèn)為優(yōu)勢(shì)B細(xì)胞抗原表位大體應(yīng)滿足如下指標(biāo),序列位于無(wú)規(guī)則卷曲區(qū)域內(nèi),氨基酸數(shù)目在5～15,以及表面可及性指數(shù)≥1.0,可塑性指數(shù)≥1.015,親水性指數(shù)≥3.210,抗原性指數(shù)≥0.980,最終篩選出 5個(gè)優(yōu)勢(shì)B細(xì)胞抗原表位,具體序列見(jiàn)表1。

RpoE與其他蛋白間相互作用關(guān)系通過(guò)STRING程序進(jìn)行分析,顯示存在10個(gè)蛋白與RpoE間存在相互作用(圖3-B),其分別為RpoZ、RpoB、RpoA、RpoC、folE、PyrG、PnP、SSU05_2118、SSU05_0839和SSU05_0544。與RpoE相互作用網(wǎng)絡(luò)相關(guān)的生物學(xué)通路主要包括RNA代謝及轉(zhuǎn)錄、芳香族化合物及其他環(huán)狀化合物合成過(guò)程。3 討論

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]羊口瘡病毒安徽株023基因的原核表達(dá)與生物信息學(xué)分析[J]. 張高峰,楊侃侃,張謙,王元紅,俞趙榮,張學(xué)琪,魯智敏,劉自敏,李永東,王勇.  浙江農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào). 2019(01)

博士論文
[1]豬鏈球菌生物被膜形成及致病機(jī)理研究[D]. 汪洋.南京農(nóng)業(yè)大學(xué) 2011



本文編號(hào)：3567470