低致病性H7N7禽流感病毒的分子進(jìn)化分析及其致病性研究
發(fā)布時間:2022-01-03 19:38
禽流感病毒(Avian Influenza Virus,AIV)屬于正黏病毒科(Orthomyxoviridae),是一種RNA病毒。病毒表面有兩種蛋白,分別為血凝素(Hemagglutinin,HA)和神經(jīng)氨酸酶(Neuraminidase,NA),在世界各地的野生鳥類和家禽中已發(fā)現(xiàn)16種HA(H1-H16)和9種NA(N1-N9)抗原亞型的流感病毒。H7亞型禽流感病毒是其中常見的一種亞型,其HA基因可以與N1-N9中的所有NA基因組合,這些組合的病毒大多數(shù)為低致病性,但也有部分是高致病性。H7亞型禽流感病毒通常在家禽中暴發(fā),對養(yǎng)殖業(yè)造成了嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失,也可以突破種間屏障感染人,對公共衛(wèi)生安全造成嚴(yán)重的威脅。野鳥是禽流感病毒的自然宿主,禽流感病毒可以通過糞便、污染水源、食物等方式從野鳥傳播給家禽,再通過人與家禽之間的密切接觸將病毒傳播給人。在我們每年對上海野生鳥類攜帶禽流感病毒的主動預(yù)警和溯源研究中,2018年首次從上海崇明的野生鳥類中分離到一株新重組H7N7低致病性禽流感病毒(A/common teal/Shanghai/CM1216/2018),我們將它作為研究對象,通過同源性...
【文章來源】:華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:90 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
A型流感病毒顆粒(Krammeretal.,2018)
華東師范大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文23感病毒,其中兩株H7N7禽流感病毒擴(kuò)增得到了全基因組,經(jīng)過序列對比分析發(fā)現(xiàn)這兩株分離株的核苷酸序列是完全相同的。命名該病毒為A/commonteal/Shanghai/CM1216/2018,以下簡稱CM1216。對病毒的所有基因序列進(jìn)行擴(kuò)增,得到的核苷酸序列上傳保存在Genbank中,登錄號為MK554564-MK55571。圖2-1采樣地點地圖上海位于東亞-澳大利西亞候鳥飛行區(qū),圖片由ArcGIS10.2軟件繪制。Figure2-1MapofsamplingsiteatwhichtheCM1216wasisolated.ShanghaiislocatedintheEastAsian-Australasianmigratoryflyway.ThepicturewasmappedbyArcGIS10.2software.2.3.2同源性分析通過對CM1216的基因組序列進(jìn)行分析表明,2018年CM1216的7個基因片段(NP基因除外)與同時期韓國野鳥中分離到的H7N7禽流感病毒(A/White-frontedGoose/SouthKorea/KNU18-119/2018)的核苷酸同源性最高(98.58%–99.90%),NP基因與2018年從野鴨分離的另一株韓國H7N1禽流感病毒(A/wildduck/SouthKorea/KNU2018-113/2018)核苷酸同源性最高(99.73%)(表2-7)。除與同期韓國H7禽流感病毒高度同源外,CM1216的HA和NA基因與格
華東師范大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文26圖2-2CM1216基因HA的系統(tǒng)發(fā)育樹NJ樹是用MEGA-X中的Kimura2-parameter模型構(gòu)建的(http://www.megasoftwarenet/)。Bootstrap值設(shè)定為1000;未顯示小于75%的值。CM1216以黑色三角形表示。其他基因進(jìn)化樹構(gòu)建方式和HA基因相同。Figure2-2PhylogenetictreeoftheHAgeneofCM1216Theneighbour-joiningtreewasconstructedintheMEGA-XsoftwarewiththeKimura2-parametermodel(http://www.megasoftware.net/).1000bootstrapreplicateswereinstalled;valueslowerthan75%werenotshown.Thevirus(CM1216)characterizedinthisstudyisindicatedbyafilledtriangle.OthertreeswereconstructedinthesamewayasHAgene.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]H7N9禽流感病毒對人類致病的分子基礎(chǔ)分析[J]. 于玉鳳,郭曉蘭,王穎,周俊梅,方丹云,曾谷城,晏輝鈞,江麗芳. 中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)科學(xué)版). 2013(05)
[2]H5N1高致病性禽流感病毒的危害及生態(tài)問題[J]. 張繼榮,趙德龍,尹祚華,雷富民. 動物學(xué)雜志. 2007(06)
[3]自主活動鳥類禽流感及新城疫的生態(tài)學(xué)與流行病學(xué)調(diào)查分析[J]. 李曦,符芳,崔尚金,童光志. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2006(03)
[4]禽流感病毒分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 何后軍,戴益民,付光華. 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)). 2004(02)
本文編號:3566859
【文章來源】:華東師范大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校
【文章頁數(shù)】:90 頁
【學(xué)位級別】:碩士
【部分圖文】:
A型流感病毒顆粒(Krammeretal.,2018)
華東師范大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文23感病毒,其中兩株H7N7禽流感病毒擴(kuò)增得到了全基因組,經(jīng)過序列對比分析發(fā)現(xiàn)這兩株分離株的核苷酸序列是完全相同的。命名該病毒為A/commonteal/Shanghai/CM1216/2018,以下簡稱CM1216。對病毒的所有基因序列進(jìn)行擴(kuò)增,得到的核苷酸序列上傳保存在Genbank中,登錄號為MK554564-MK55571。圖2-1采樣地點地圖上海位于東亞-澳大利西亞候鳥飛行區(qū),圖片由ArcGIS10.2軟件繪制。Figure2-1MapofsamplingsiteatwhichtheCM1216wasisolated.ShanghaiislocatedintheEastAsian-Australasianmigratoryflyway.ThepicturewasmappedbyArcGIS10.2software.2.3.2同源性分析通過對CM1216的基因組序列進(jìn)行分析表明,2018年CM1216的7個基因片段(NP基因除外)與同時期韓國野鳥中分離到的H7N7禽流感病毒(A/White-frontedGoose/SouthKorea/KNU18-119/2018)的核苷酸同源性最高(98.58%–99.90%),NP基因與2018年從野鴨分離的另一株韓國H7N1禽流感病毒(A/wildduck/SouthKorea/KNU2018-113/2018)核苷酸同源性最高(99.73%)(表2-7)。除與同期韓國H7禽流感病毒高度同源外,CM1216的HA和NA基因與格
華東師范大學(xué)2020屆碩士學(xué)位論文26圖2-2CM1216基因HA的系統(tǒng)發(fā)育樹NJ樹是用MEGA-X中的Kimura2-parameter模型構(gòu)建的(http://www.megasoftwarenet/)。Bootstrap值設(shè)定為1000;未顯示小于75%的值。CM1216以黑色三角形表示。其他基因進(jìn)化樹構(gòu)建方式和HA基因相同。Figure2-2PhylogenetictreeoftheHAgeneofCM1216Theneighbour-joiningtreewasconstructedintheMEGA-XsoftwarewiththeKimura2-parametermodel(http://www.megasoftware.net/).1000bootstrapreplicateswereinstalled;valueslowerthan75%werenotshown.Thevirus(CM1216)characterizedinthisstudyisindicatedbyafilledtriangle.OthertreeswereconstructedinthesamewayasHAgene.
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]H7N9禽流感病毒對人類致病的分子基礎(chǔ)分析[J]. 于玉鳳,郭曉蘭,王穎,周俊梅,方丹云,曾谷城,晏輝鈞,江麗芳. 中山大學(xué)學(xué)報(醫(yī)學(xué)科學(xué)版). 2013(05)
[2]H5N1高致病性禽流感病毒的危害及生態(tài)問題[J]. 張繼榮,趙德龍,尹祚華,雷富民. 動物學(xué)雜志. 2007(06)
[3]自主活動鳥類禽流感及新城疫的生態(tài)學(xué)與流行病學(xué)調(diào)查分析[J]. 李曦,符芳,崔尚金,童光志. 中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報. 2006(03)
[4]禽流感病毒分子生物學(xué)研究進(jìn)展[J]. 何后軍,戴益民,付光華. 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)). 2004(02)
本文編號:3566859
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