脂肪沉積（Fat deposition）是豬生產(chǎn)及育種中最為重要的經(jīng)濟(jì)性狀指標(biāo)之一，豬皮下脂肪的含量，如背膘厚度和腹脂重，主要決定胴體品質(zhì)；而肌內(nèi)脂肪含量（IMF）主要影響豬肉質(zhì)品質(zhì)，如嫩度、多汁性及加工后的風(fēng)味。本研究旨在鑒別影響豬脂肪沉積性狀的數(shù)量性狀位點(diǎn)（QTL），并對(duì)X染色體上主效QTL的位置候選基因IRS4進(jìn)行研究，以期從分子水平解析豬脂肪沉積性狀的遺傳機(jī)理。本研究第一部分利用白色杜洛克×二花臉資源家系（926頭F2代個(gè)體）、蘇太豬（杜洛克和二花臉雜交的培育品種，408頭）、純種二花臉豬（317頭）、純種萊蕪豬（316頭）和杜長(zhǎng)大三元雜交商品豬（610頭）共5個(gè)實(shí)驗(yàn)群體的Illumina60K SNP基因型數(shù)據(jù)，針對(duì)腹脂重和胸部膘厚表型，開(kāi)展單個(gè)群體的全基因組關(guān)聯(lián)分析（GWAS），并合并相同屠宰日齡的F2群體和蘇太豬群體進(jìn)行薈萃GWAS分析（Meta-analysis），獲得了以下結(jié)果：1、只在F2群體中鑒別到2個(gè)與腹脂重表型顯著關(guān)聯(lián)位點(diǎn)（SNPs），且都分布在7號(hào)染色體上，其余群體未檢測(cè)出顯著關(guān)聯(lián)信號(hào)。2、在F2群體中鑒別到246個(gè)與胸部膘厚表型顯著相關(guān)的SNPs，分布于4... 

【文章來(lái)源】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)江西省

【文章頁(yè)數(shù)】：52 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1 引言
    2 脂肪的形成機(jī)理
    3 研究豬胴體脂肪沉積在豬育種中的意義
    4 全基因組關(guān)聯(lián)分析簡(jiǎn)介
        4.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析概述
        4.2 GWAS 的深度分析策略
    5 高通量基因表達(dá)譜（gene expression profile）
        5.1 數(shù)字基因表達(dá)譜概述
        5.2 高通量數(shù)字基因表達(dá)譜原理
    6 數(shù)量性狀轉(zhuǎn)錄本（quantitative trait transcript，QTT）定位
    7 脂肪沉積性狀在 X 染色體上 QTL 定位進(jìn)展
    8 X 染色體上脂肪沉積候選基因 IRS4 的研究進(jìn)展
        8.1 IRS4 基因介紹
        8.2 候選基因 IRS4 的研究進(jìn)展
    9 本研究的目的和意義
第二章 研究正文
    第一部分：豬脂肪沉積性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析研究
        1 前言
        2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
            2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
            2.2 樣本采集與表型測(cè)定
            2.3 DNA 樣本制備
            2.4 RNA 樣品提取
            2.5 全基因組 60K SNP 芯片分型及質(zhì)控
            2.6 GWAS 分析
            2.7 QTT 分析
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.1 各實(shí)驗(yàn)群體表型值簡(jiǎn)單統(tǒng)計(jì)
            3.2 GWAS 分析結(jié)果
                3.2.1 腹脂重 GWAS 結(jié)果
                3.2.2 胸部膘厚 GWAS 分析結(jié)果
                3.2.3 QTT 分析結(jié)果
        4 分析與討論
            4.1 位置候選基因的分析
            4.2 GWAS 與 QTT 定位結(jié)果的比較
            4.3 同一性狀在不同群體信號(hào)異同
    第二部分：豬脂肪沉積性狀候選基因 IRS4 的相關(guān)研究
        1 前言
        2 實(shí)驗(yàn)材料與方法
            2.1 實(shí)驗(yàn)動(dòng)物
            2.2 樣本采集與表型測(cè)定
            2.3 SNPS 的搜尋
            2.4 SNPS 的基因型檢測(cè)
            2.5 關(guān)聯(lián)分析統(tǒng)計(jì)方法
            2.6 生物信息學(xué)分析
        3 實(shí)驗(yàn)結(jié)果
            3.1 表型數(shù)據(jù)信息分析
            3.2 多態(tài)位點(diǎn)鑒定
            3.3 多態(tài)位點(diǎn)的基因檢測(cè)
                3.3.1 多態(tài)位點(diǎn)基因型判定標(biāo)準(zhǔn)
                3.3.2 多態(tài)位點(diǎn)基因型判定結(jié)果分析
            3.4 關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果
                3.4.1 SNP 位點(diǎn)關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
                3.4.2 單倍型關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
            3.5 生物信息學(xué)分析
                3.5.1 IRS4 蛋白質(zhì)的原子組成
                3.5.2 IRS4 蛋白質(zhì)氨基酸組成及其理化性質(zhì)
                3.5.3 二硫鍵、信號(hào)肽特殊結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
                3.5.4 糖基化和磷酸化位點(diǎn)預(yù)測(cè)
                3.5.5 蛋白質(zhì)序列空間結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)
                3.5.6 預(yù)測(cè)錯(cuò)義突變對(duì)氨基酸序列功能造成的影響
        4 分析與討論
    第三部分：結(jié)論
        1 關(guān)于豬脂肪沉積性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2 關(guān)于候選基因 IRS4 的相關(guān)研究
參考文獻(xiàn)
附表一
附表二
致謝


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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本文編號(hào)：3550507