本研究基于本實驗室之前對奶牛生產(chǎn)壽命和體型線性性狀全基因組關聯(lián)分析研究的基礎上,選取IBSP基因的rs110298719,rs109305259以及METTL13基因的rs41257804等三個SNP位點進行擴大樣本驗證,并找尋一個新的候選基因FoxO1基因,結合PCR-SSCP 和 PCR-RFLP等技術分析其與奶牛生產(chǎn)壽命和體型線性性狀的關系。除此之外,本試驗還分析了奶牛體型線性性狀和生產(chǎn)壽命的關系,試驗結果如下：1. FoxO1基因第4外顯子1 292位點處發(fā)生C/T突變,產(chǎn)生了一個BseG I酶切位點,酶切后產(chǎn)生CC, CT, TT三種基因型,其頻率分別是0.9081,0.0854,0.0065。等位基因C的頻率P（C）是0.95,等位基因T的頻率P（T）為0.05。Ho為0.9065,He為0.0935,Ne為1.1032,PIC為0.0892,表現(xiàn)為低度多態(tài)。x2檢驗表明此位點在此群體中不符合哈代-溫伯格平衡狀態(tài)（P<0.05）。與生產(chǎn)壽命和奶牛體型線性性狀進行關聯(lián)分析（一般線性模型）表明TT基因型的奶�？偯谌樵聰�(shù)顯著高于CC與CT型奶�？偯谌樵聰�(shù)（P<0.05... 

【文章來源】：華中農(nóng)業(yè)大學湖北省 211工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：72 頁

【學位級別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
縮略語表
1 文獻綜述
    1.1 引言
    1.2 試驗的研究基礎
    1.3 奶牛生產(chǎn)壽命的研究進展
        1.3.1 衡量奶牛生產(chǎn)壽命的指標
        1.3.2 奶牛生產(chǎn)壽命的遺傳力估計
        1.3.3 影響奶牛生產(chǎn)壽命的因素
    1.4 候選基因及驗證SNP所處基因的研究進展
        1.4.1 FoxO1基因的研究進展
        1.4.2 METTL13基因的研究進展
        1.4.3 IBSP基因的研究進展
        1.4.4 Rs109305259概述
2 試驗研究目的和意義
3 試驗材料和方法
    3.1 試驗材料
        3.1.1 試驗樣本的采集
        3.1.2 主要儀器設備
        3.1.3 試驗試劑及其配制
    3.2 試驗方法
        3.2.1 奶牛基因組DNA的提取及濃度測定
        3.2.2 引物設計及聚合酶鏈式反應(PCR)的條件
        3.2.3 PCR產(chǎn)物的瓊脂糖凝膠檢測
        3.2.4 聚丙烯酰胺凝膠電泳和銀染檢測
        3.2.5 PCR-SSCP檢測
        3.2.6 PCR產(chǎn)物的回收與測序
        3.2.7 酶切分型
    3.3 試驗數(shù)據(jù)的收集及統(tǒng)計分析方法
        3.3.1 奶牛體型線性性狀
        3.3.2 奶牛生產(chǎn)壽命數(shù)據(jù)的收集
        3.3.3 群體遺傳學研究及統(tǒng)計分析
4 試驗結果與分析
    4.1 奶牛全基因組DNA的檢測
    4.2 FoxO1基因
        4.2.1 FoxO1基因目的片段擴增產(chǎn)物
        4.2.2 FoxO1基因目的片段SNP的尋找
        4.2.3 FoxO1基因目的片段的回收測序
        4.2.4 FoxO1基因的酶切分型
        4.2.5 FoxO1基因的遺傳信息
        4.2.6 FoxO1基因型與荷斯坦奶牛生產(chǎn)壽命和奶牛體型線性性狀的關聯(lián)分析
    4.3 IBSP基因
        4.3.1 IBSP基因目的片段擴增產(chǎn)物
        4.3.2 IBSP基因目的片段混合測序
        4.3.3 IBSP基因的酶切分型
        4.3.4 IBSP基因的遺傳信息
        4.3.5 IBSP基因型與荷斯坦奶牛生產(chǎn)壽命的關聯(lián)分析
    4.4 SNP Rs109305259位點
        4.4.1 Rs109305259所在目的片段擴增產(chǎn)物
        4 4.2 Rs109305259所在目的片段的回收測序
        4.4.3 Rs109305259所在目的片段的酶切分型
        4.4.4 Rs109305259所在片段的遺傳學分析
        4.4.5 Rs109305259所在目的片段的基因型與荷斯坦奶牛生產(chǎn)壽命的關聯(lián)分析
    4.5 METTL13基因
        4.5.1 METTL13基因目的片段擴增產(chǎn)物
        4.5.2 METTL13基因目的片段的回收測序
        4.5.3 METTL13基因的酶切分型
        4.5.4 METTL13基因遺傳學分析
        4.5.5 METTL13基因型與荷斯坦奶牛體型線性性狀的關聯(lián)分析
    4.6 奶牛體型線性性狀與奶牛生產(chǎn)壽命的關系
5 討論
    5.1 武漢地區(qū)荷斯坦奶牛生產(chǎn)壽命和奶牛體型線性性狀
    5.2 荷斯坦奶牛不同基因多態(tài)性研究與GWAS結果的對比
        5.2.1 最小等位基因頻率的對比
        5.2.2 奶牛生產(chǎn)壽命和奶牛體型線性性狀的對比
    5.3 荷斯坦奶牛FoxO1基因多態(tài)性與奶牛生產(chǎn)壽命和體型線性性狀
    5.4 荷斯坦奶牛IBSP基因多態(tài)性及Rs109305259和奶牛生產(chǎn)壽命
    5.5 荷斯坦奶牛METTL13基因多態(tài)性和體型線性性狀
6 小結
    6.1 試驗的研究成果
    6.2 本試驗的創(chuàng)新點
參考文獻
致謝


【參考文獻】：
期刊論文
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碩士論文
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本文編號：3507470