蒙古羊是我國(guó)古老的綿羊品種,以其抗逆性強(qiáng)、肉品質(zhì)好而著稱,其基因組中蘊(yùn)藏著大量寶貴的遺傳資源。本研究利用Illumina Hiseq2000測(cè)序平臺(tái)和鳥槍法策略對(duì)蒙古羊進(jìn)行了全基因組測(cè)序,為蒙古羊抗寒、抗病性強(qiáng)等優(yōu)良性狀相關(guān)基因的篩選提供了基礎(chǔ)。測(cè)序結(jié)果顯示蒙古羊基因組大小為2.91Gb,基因組組裝的contigN50的長(zhǎng)度為20.1K, scaffold N50的長(zhǎng)度為2731.3K,平均GC含量為42%,平均覆蓋深度達(dá)到40÷以上。重復(fù)序列的大小為1.01Gb,占基因組的34.71%,其中轉(zhuǎn)座因子占90%以上。利用基因結(jié)構(gòu)預(yù)測(cè)和功能預(yù)測(cè),蒙古羊基因組中約有21,704個(gè)基因,其中能確定功能的數(shù)有20,600個(gè),占基因總數(shù)的96.70%,非編碼RNA的大小占基因組的0.015%。蒙古羊基因組共鑒定了17,015個(gè)基因家族,其中特有家族為30個(gè),沒(méi)有聚類的基因有1,063個(gè)在上述研究的基礎(chǔ)上,采用aCGH芯片技術(shù),以綿羊基因組序列為信息設(shè)計(jì)探針,構(gòu)建了蒙古羊、哈薩克羊、藏羊、湖羊和杜泊羊的拷貝數(shù)變異多樣性（CNVs）圖譜。結(jié)果顯示,共檢測(cè)出51個(gè)CNVRs,包括24個(gè)擴(kuò)張型,22個(gè)缺失... 

【文章來(lái)源】：內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)

【文章頁(yè)數(shù)】：125 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

GSFLX系統(tǒng)流程

Fig 1.1 Procedure of GS FLX system11111 mina 公司的 Genome Analyzer 于 2006 年問(wèn)世，它是基于 Solexa技術(shù)的測(cè)序技術(shù)。Genome Analyzer技術(shù)同樣是邊合成邊測(cè)序。將單鏈DNA “一端通過(guò)接頭與芯片連接，另外一端和引物互補(bǔ)，形成橋狀結(jié)構(gòu)。每個(gè)單鏈DNA被擴(kuò)增，成為單克隆的DNA族，然后線性化。在DNA合成時(shí)，焚光信號(hào)結(jié)果被收集，就可以得知每個(gè)模板DNA片段的序列丨33】。GenomeAnalyzer系統(tǒng)樣品需要量低，操作簡(jiǎn)單，自動(dòng)化程度高，運(yùn)行成本較低，是性價(jià)比較高的新一代測(cè)序技術(shù)。Genome Analyzer系統(tǒng)流程見圖1.2。

圖1.3 SOLiD系統(tǒng)數(shù)據(jù)分析過(guò)程Figl.3 Procedure of SOLiD system近期出現(xiàn)的Helicos公司的Heliscope單分子測(cè)序儀、PacificBiosciences 公司的 SMRT 技術(shù)和 Oxford Nanopore Technologies 公司正在研

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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本文編號(hào)：3504897