大多數(shù)奶牛重要經(jīng)濟性狀如產(chǎn)奶量、乳脂量、乳蛋白量等屬于受大量基因和諸多環(huán)境因素共同影響的數(shù)量性狀。對影響奶牛重要經(jīng)濟性狀遺傳變異的鑒定不僅有利于揭示奶牛數(shù)量性狀的遺傳學(xué)機制,還能幫助我們理解長期以來的高強度定向選擇對奶牛群體遺傳特征的影響,同時為制定和完善奶牛育種目標(biāo)提供參考。由人類遺傳學(xué)家提出的全基因組關(guān)聯(lián)分析方法,旨在充分利用群體水平的連鎖不平衡,在全基因組內(nèi)篩查影響表型變異的遺傳位點。隨著各物種高密度SNP芯片技術(shù)的不斷發(fā)展,全基因組關(guān)聯(lián)分析方法又被廣泛地應(yīng)用到各種家養(yǎng)動植物和模式生物數(shù)量性狀的遺傳研究中。本研究利用國際公牛評定中心（Uppsala, Sweden）收集的瑞士褐牛后裔驗證公牛估計育種值數(shù)據(jù)和Illumina50K SNP芯片（共包括54001個SNPs探針）全基因組SNPs分型數(shù)據(jù)資料,主要采用單標(biāo)記線性混合模型方法,對產(chǎn)奶量（n=5043）、乳脂量（n=5043）、乳蛋白量（n=5043）、泌乳母牛的產(chǎn)犢循環(huán)能力（n=3807）、體高（n=4610）、體深（n=4402）、棱角性（n=2061）、體細(xì)胞評分（n=4803）、泌乳速度（n=4411）九個重要經(jīng)濟性... 

【文章來源】：西北農(nóng)林科技大學(xué)陜西省 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：105 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
ABSTRACT
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 前言
    1.2 標(biāo)記-QTL連鎖分析
        1.2.1 遺傳標(biāo)記和遺傳圖譜
        1.2.2 資源群體
        1.2.3 QTL-標(biāo)記連鎖分析的統(tǒng)計方法
        1.2.4 家養(yǎng)動物數(shù)量性狀連鎖分析的主要成果
    1.3 全基因組關(guān)聯(lián)研究
        1.3.1 全基因組關(guān)聯(lián)研究的歷史背景
        1.3.2 全基因組關(guān)聯(lián)研究方法的發(fā)展
        1.3.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析的樣本量估計
        1.3.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析與失蹤遺傳力
        1.3.5 奶牛全基因組關(guān)聯(lián)分析研究進(jìn)展
    1.4 QTN分析的挑戰(zhàn)
    1.5 研究目的與意義
第二章 樣本群體混雜因素的分析
    2.1 材料與方法
        2.1.1 資源群體
        2.1.2 基因組通脹的檢測
        2.1.3 關(guān)聯(lián)分析的統(tǒng)計推斷
    2.2 結(jié)果與分析
        2.2.1 表型信息的總結(jié)
        2.2.2 SNP芯片的基因分型結(jié)果
        2.2.3 群體混雜因素的調(diào)查
    2.3 討論
        2.3.1 樣本規(guī)模對數(shù)量性狀GWAS分析的影響
        2.3.2 樣本群體混雜因素的分析
    2.4 小結(jié)
第三章 線性混合模型的全基因組關(guān)聯(lián)分析
    3.1 材料與方法
        3.1.1 樣本群體
        3.1.2 關(guān)聯(lián)分析的統(tǒng)計模型
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 線性混合模型關(guān)聯(lián)結(jié)果的通脹程度
        3.2.2 線性混合模型的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    3.3 討論
        3.3.1 數(shù)量性狀GWAS分析的線性混合模型方法
        3.3.2 估計育種值作為響應(yīng)變量的優(yōu)勢
        3.3.3 關(guān)聯(lián)結(jié)果與報道結(jié)果的比較
        3.3.4 泌乳性狀的微效多基因遺傳機制
    3.4 小結(jié)
第四章 條件全基因組關(guān)聯(lián)分析
    4.1 材料與方法
        4.1.1 樣本群體
        4.1.2 條件關(guān)聯(lián)分析的統(tǒng)計模型
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 最顯著SNP作為協(xié)變量的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
        4.2.2 體高育種值作為協(xié)變量的關(guān)聯(lián)分析結(jié)果
    4.3 討論
        4.3.1 最顯著SNP作為協(xié)變量的條件關(guān)聯(lián)分析
        4.3.2 體高育種值作為協(xié)變量的條件關(guān)聯(lián)分析
    4.4 小結(jié)
第五章 泌乳性狀和體高遺傳方差的染色體剖分
    5.1 材料與方法
        5.1.1 樣本數(shù)據(jù)
        5.1.2 遺傳方差估計的統(tǒng)計模型
        5.1.3 染色體長度與遺傳方差的相關(guān)性分析
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 常染色體上SNPs共同解釋的表型方差
        5.2.2 每條常染色體上SNPs解釋的表型方差
        5.2.3 常染色體解釋表型方差的線性回歸分析
    5.3 討論
        5.3.1 泌乳性狀和體高的微效多基因遺傳模式
        5.3.2 染色體遺傳方差與QTL定位結(jié)果比較
    5.4 小結(jié)
第六章 關(guān)聯(lián)結(jié)果的生物信息學(xué)功能注釋
    6.1 材料與方法
        6.1.1 功能注釋的關(guān)聯(lián)區(qū)域
        6.1.2 注釋工具與原理
    6.2 結(jié)果與分析
        6.2.1 與泌乳速度關(guān)聯(lián)的主要區(qū)域的注釋
        6.2.2 與棱角性關(guān)聯(lián)的主要區(qū)域的注釋
        6.2.3 與體細(xì)胞評分關(guān)聯(lián)的主要區(qū)域的注釋
        6.2.4 與體高等關(guān)聯(lián)的主要區(qū)域的注釋
    6.3 討論
        6.3.1 主要關(guān)聯(lián)區(qū)域注釋結(jié)果的討論
        6.3.2 生長激素-胰島素樣生長因子-I軸基因
    6.4 小結(jié)
第七章 結(jié)論
    7.1 主要結(jié)論
    7.2 本研究的創(chuàng)新點
    7.3 進(jìn)一步研究內(nèi)容
    7.4 展望
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個人簡介



本文編號：3488519