山羊（Capra hircus）是一種重要的經(jīng)濟(jì)動(dòng)物,它為人們提供了優(yōu)質(zhì)的皮、毛和動(dòng)物蛋白。山羊的產(chǎn)羔率較低,且遺傳力也很低,限制了其育種進(jìn)程。近年來全國(guó)肉羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展迅速,傳統(tǒng)的育種方法已經(jīng)很難滿足人們的需求。安徽白山羊以性早熟、繁殖力高而著稱,母羊全年發(fā)情,一年產(chǎn)兩胎或兩年產(chǎn)三胎,產(chǎn)羔率高,是研究山羊繁殖性狀的理想材料。相較于綿羊,山羊高繁殖力相關(guān)基因的研究成果還不多。因此,本研究選取單羔和多羔安徽白山羊發(fā)情期卵巢為試驗(yàn)材料,通過RNA-Seq（Quantification）的方法來篩選和分析它們之間的差異表達(dá)基因,尋找控制山羊高繁殖力的主效基因,為山羊的分子育種提供理論依據(jù)。本試驗(yàn)分為以下2個(gè)部分：1.單、多羔安徽白山羊卵巢組織差異表達(dá)基因的篩選和分析為了篩選與安徽白山羊高繁殖力相關(guān)的基因,根據(jù)羊場(chǎng)最近5年的繁殖記錄,挑選單羔和多羔母羊各3只,利用RNA-Seq（Quantification）技術(shù)對(duì)單羔和多羔安徽白山羊卵巢組織進(jìn)行了高通量測(cè)序,結(jié)果在2個(gè)文庫里都產(chǎn)生了超過5,900,000的原始數(shù)據(jù),純凈序列占原始數(shù)據(jù)的比例分別達(dá)到98.60%和98.16%。在15890個(gè)檢測(cè)到的... 

【文章來源】：安徽農(nóng)業(yè)大學(xué)安徽省

【文章頁數(shù)】：70 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
英文縮略詞表
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1. 山羊高繁殖力相關(guān)基因的研究進(jìn)展
        1.1 研究較深入的高繁殖力相關(guān)基因
            1.1.1 GDF9基因
            1.1.2 GnRHR基因
            1.1.3 BMP15基因
            1.1.4 INH基因
            1.1.5 FSHR基因
        1.2 有待深入研究的高繁殖力相關(guān)基因
            1.2.1 AA-NAT基因
            1.2.2 ADIPOQ基因
            1.2.3 NPY-Y1R基因
            1.2.4 OPN基因
            1.2.5 其它
        1.3 討論與展望
    2. 篩選差異表達(dá)基因的主要研究方法
        2.1 mRNA差異顯示技術(shù)(DDRT-PCR)
        2.2 代表性差異顯示(RDA)
        2.3 基因表達(dá)系列分析(SAGE)
        2.4 基因芯片技術(shù)(Gene Chips)
        2.5 抑制消減雜交(SSH)
        2.6 RNA-Seq
        2.7 小結(jié)
第二章 單、多羔安徽白山羊卵巢組織差異表達(dá)基因的篩選與分析
    引言
    1 材料與方法
        1.1 安徽白山羊母羊主要繁殖性能的測(cè)定
        1.2 試驗(yàn)動(dòng)物的篩選
        1.3 樣品采集
        1.4 主要試劑和儀器
        1.5 RNA提取及質(zhì)量分析
        1.6 文庫的構(gòu)建和測(cè)序
        1.7 測(cè)序數(shù)據(jù)分析
        1.8 基因表達(dá)量統(tǒng)計(jì)
        1.9 差異表達(dá)基因篩選
        1.10 GO基因功能分類和KEGG通路富集分析
        1.11 RNA-Seq數(shù)據(jù)的驗(yàn)證
    2 結(jié)果
        2.1 安徽白山羊母羊的主要繁殖性能
        2.2 RNA樣品質(zhì)量檢測(cè)
        2.3 測(cè)序結(jié)果分析
        2.4 基因表達(dá)定量
        2.5 GO基因功能分類和KEGG Pathway顯著性富集分析結(jié)果
        2.6 定量PCR驗(yàn)證
    3 討論
        3.1 參考序列分析
        3.2 試驗(yàn)結(jié)果數(shù)據(jù)量分析
        3.3 與繁殖相關(guān)的信號(hào)通路分析
        3.4 表達(dá)量差異倍數(shù)最高的10個(gè)基因的功能
        3.5 前人已經(jīng)研究過的與高繁殖力有關(guān)的基因
    4 小結(jié)
第三章 FER1L4和SRD5A2基因在山羊不同組織中的表達(dá)譜分析
    引言
    1 材料和方法
        1.1 試驗(yàn)材料
        1.2 主要試劑和儀器
        1.3 試驗(yàn)方法
    2 結(jié)果
        2.1 熔解曲線分析
        2.2 FER1L4在安徽白山羊不同組織表達(dá)譜
        2.3 SRD5A2在安徽白山羊不同組織表達(dá)譜
        2.4 FER1L4在波爾山羊不同組織表達(dá)譜
        2.5 SRD5A2在波爾山羊不同組織表達(dá)譜
    3 分析與討論
        3.1 基因的時(shí)空表達(dá)譜分析
        3.2 FER1L4和SRD5A2的已知功能
        3.3 FER1L4和SRD5A2與山羊產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)系
        3.4 FER1L4和SRD5A2表達(dá)的組織特異性
    4 小結(jié)
第四章 結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附錄
致謝
個(gè)人簡(jiǎn)歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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[2]利用數(shù)字基因表達(dá)譜對(duì)小尾寒羊高繁性狀相關(guān)基因的篩選研究[J]. 羅慶苗,秦曉玉,苗向陽.  中國(guó)農(nóng)學(xué)通報(bào). 2012(23)
[3]幾種差異表達(dá)基因篩選方法比較[J]. 康曉龍,李新海,馮登偵.  中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2012(06)
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博士論文
[1]抑制素對(duì)山羊繁殖力的影響[D]. 趙中權(quán).西南大學(xué) 2011
[2]山羊產(chǎn)羔和牛精液品質(zhì)與卵泡發(fā)育性狀主基因鑒定及功能研究[D]. 滑國(guó)華.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2009
[3]大足黑山羊地方類群多胎性及與周邊山羊品種親緣進(jìn)化關(guān)系分子標(biāo)記研究[D]. 楊國(guó)鋒.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006

碩士論文
[1]山羊骨橋蛋白基因（OPN）多態(tài)性及其與胎盤效率、繁殖性能的相關(guān)性研究[D]. 謝暢.西南大學(xué) 2011
[2]GnRH和GDF9基因多態(tài)性研究及其與山羊產(chǎn)羔數(shù)的關(guān)聯(lián)分析[D]. 顏泉梅.西北農(nóng)林科技大學(xué) 2010
[3]與山羊繁殖性能相關(guān)候選基因的研究[D]. 閆艷.重慶大學(xué) 2010
[4]山羊高繁殖力候選基因GnRHR、BMP6和BMP15的多態(tài)性及與繁殖性狀的相關(guān)性研究[D]. 肖杰文.四川農(nóng)業(yè)大學(xué) 2008
[5]催乳素受體基因單核苷酸多態(tài)性與山羊繁殖性能的相關(guān)研究[D]. 康峰.河北農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
[6]山羊FSH受體基因第10外顯子多態(tài)性及其與繁殖性狀關(guān)系的研究[D]. 于艷.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
[7]山羊繁殖性狀五個(gè)候選基因多態(tài)性及其與產(chǎn)羔數(shù)性狀關(guān)聯(lián)分析[D]. 滑國(guó)華.華中農(nóng)業(yè)大學(xué) 2006
[8]綿、山羊MTNR1A基因的克隆測(cè)序及其與繁殖季節(jié)性的關(guān)聯(lián)研究[D]. 程篤學(xué).山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2005



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