本研究從基因組水平對豬的重要且復(fù)雜的經(jīng)濟(jì)性狀-胴體性狀研究，并篩選背膘厚性狀的主效候選基因。本研究構(gòu)建了大白豬×民豬F2代資源群體，對其應(yīng)用Illumina Porcine SNP60K BeadChip基因分型，之后對豬的胴體性狀進(jìn)行了全基因組關(guān)聯(lián)分析（Genome-wideAssociation Study, GWAS），并對背膘厚性狀的顯著區(qū)間深入研究篩選主效候選基因。1、對F2資源群體的頭重、蹄重、板油重、背膘厚、胴體長、胴體重和屠宰體重七個性狀進(jìn)行描述分析，均值分別為7.52kg,1.69kg,1.46kg,3.84cm,95.58cm,78.96kg and109.11kg。2、根據(jù)GRAMMAR-GC （Genome-wide Rapid Association using the Mixed Model andRegression-Genomic Control）計算方法，應(yīng)用R語言環(huán)境下GenABEL軟件包和DMU軟件對F2資源群體個體的頭重、蹄重、板油重、背膘厚、胴體長、胴體重和屠宰體重7個性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果顯示除胴體重外，其余6個指標(biāo)均檢測到了全基因組... 

【文章來源】：中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院北京市

【文章頁數(shù)】：94 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
摘要
Abstract
第一章 文獻(xiàn)綜述
    1.1 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        1.1.1 GWAS 樣本量
        1.1.2 GWAS 試驗設(shè)計
        1.1.3 基因分型與質(zhì)控
        1.1.4 性狀選擇
        1.1.5 數(shù)量性狀遺傳
        1.1.6 GWAS 統(tǒng)計分析
        1.1.7 GWAS 的局限
        1.1.8 GWAS 的研究進(jìn)展
    1.2 RNA 干擾
        1.2.1 RNA 干擾概述
        1.2.2 RNAi 作用機(jī)制
        1.2.3 體外合成 siRNA 種類
        1.2.4 RNAi 的應(yīng)用
    1.3 3T3-L1 前體脂肪細(xì)胞
    1.4 HMGA1 基因
    1.5 本研究目的及意義
第二章 豬部分胴體性狀的 GWAS 研究
    2.1 試驗材料
        2.1.1 試驗動物
        2.1.2 組織樣本的采集及保存
        2.1.3 儀器、主要試劑和溶液配制
    2.2 試驗方法
        2.2.1 技術(shù)路線
        2.2.2 胴體表型性狀測定
        2.2.3 全基因組 DNA 提取及檢測
        2.2.4 SNP 基因型的判定
        2.2.5 對基因型數(shù)據(jù)進(jìn)行質(zhì)量控制
        2.2.6 數(shù)據(jù)分析
    2.3 試驗結(jié)果與分析
        2.3.1 豬胴體性狀表型數(shù)據(jù)分析結(jié)果
        2.3.2 質(zhì)量控制
        2.3.3 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.3.4 群體分層結(jié)果分析
    2.4 討論
        2.4.1 試驗群體
        2.4.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析
        2.4.3 群體分層
        2.4.4 GWAS 分析結(jié)果討論
    2.5 本章小結(jié)
第三章 背膘厚性狀候選主效基因的篩選
    3.1 試驗材料
        3.1.1 試驗動物及組織樣本采集
        3.1.2 儀器、主要試劑和溶液配制
    3.2 試驗方法
        3.2.1 單倍型分析
        3.2.2 選擇性清除分析(Selective sweep)
    3.3 試驗結(jié)果
        3.3.1 單倍型分析結(jié)果
        3.3.2 選擇性清除分析結(jié)果
        3.3.3 熒光定量 PCR 結(jié)果
    3.4 討論
        3.4.1 單倍型分析
        3.4.2 選擇性清除分析討論
        3.4.3 候選基因確定的討論
        3.4.4 熒光定量 PCR 結(jié)果討論
    3.5 本章小結(jié)
第四章 HMGA1 基因功能的細(xì)胞驗證
    4.1 試驗材料
        4.1.1 細(xì)胞系
        4.1.2 儀器、主要試劑和溶液配制
    4.2 試驗方法
        4.2.1 3T3-L1 前體脂肪細(xì)胞的培養(yǎng)
        4.2.2 3T3-L1 前體脂肪細(xì)胞油紅 O 染色
        4.2.3 siRNA 干擾
    4.3 試驗結(jié)果分析
        4.3.1 3T3-L1 前體脂肪細(xì)胞的培養(yǎng)及誘導(dǎo)分化
        4.3.2 siRNA 轉(zhuǎn)染結(jié)果
        4.3.3 熒光定量 PCR
    4.4 討論
    4.5 本章小結(jié)
第五章 全文結(jié)論
參考文獻(xiàn)
附表
致謝
作者簡歷


【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
[1]全基因組關(guān)聯(lián)分析在畜禽中的研究進(jìn)展[J]. 王繼英,王海霞,遲瑞賓,郭建鳳,武英.  中國農(nóng)業(yè)科學(xué). 2013(04)
[2]3T3-L1前脂肪細(xì)胞在功能性成分評價中的應(yīng)用[J]. 蔡教英,劉姚,王文君,楊武英.  食品科學(xué). 2011(21)
[3]RNA干擾的研究進(jìn)展及應(yīng)用[J]. 李方華,侯玲玲,蘇曉華,鄭揚(yáng),龐全海,關(guān)偉軍,馬月輝.  生物技術(shù)通訊. 2010(05)
[4]人類復(fù)雜疾病關(guān)聯(lián)研究中群體分層的檢出和校正[J]. 智聯(lián)騰,周鋼橋,賀福初.  遺傳. 2007(01)
[5]脂肪細(xì)胞分化過程中的分子事件[J]. 龐衛(wèi)軍,李影,盧榮華,白亮,吳江維,楊公社.  細(xì)胞生物學(xué)雜志. 2005(05)



本文編號：3462006