基于WGCNA方法篩選內(nèi)蒙古絨山羊不同毛被類型相關(guān)基因及其分子機(jī)制的研究
發(fā)布時(shí)間:2021-10-27 03:02
內(nèi)蒙古絨山羊是我國(guó)優(yōu)良地方品種,所產(chǎn)山羊絨是毛紡織業(yè)中優(yōu)質(zhì)的天然纖維紡織原料,素有“纖維寶石”、“軟黃金”等美譽(yù)。課題組前期對(duì)內(nèi)蒙古絨山羊(阿爾巴斯型)生產(chǎn)性能數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,根據(jù)粗毛長(zhǎng)度(毛長(zhǎng))將內(nèi)蒙古絨山羊劃分為長(zhǎng)毛型(毛長(zhǎng)>22 cm)、短毛型(毛長(zhǎng)≤13 cm)和中間型(13 cm<毛長(zhǎng)≤22 cm)這三種毛被類型,并發(fā)現(xiàn)毛長(zhǎng)對(duì)絨毛其他重要經(jīng)濟(jì)性狀的間接選擇具有一定參考價(jià)值,選擇長(zhǎng)毛型個(gè)體能夠提高產(chǎn)絨量,增加羊絨長(zhǎng)度,降低羊絨細(xì)度。本研究在課題組前期研究基礎(chǔ)上,對(duì)12個(gè)月內(nèi)蒙古絨山羊長(zhǎng)毛型和短毛型個(gè)體共72份皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序數(shù)據(jù)進(jìn)行加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA),探尋與不同毛被類型相關(guān)的共表達(dá)模塊,挖掘候選基因,并對(duì)關(guān)鍵候選基因的相對(duì)表達(dá)量進(jìn)行檢測(cè),對(duì)蛋白表達(dá)進(jìn)行定位。研究得到以下主要結(jié)論:1、對(duì)72份轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)進(jìn)行WGCNA分析,將基因劃分為19個(gè)共表達(dá)模塊,其中發(fā)現(xiàn)Magenta模塊與毛被類型有較強(qiáng)的相關(guān)性。該模塊共有128個(gè)基因,包括49個(gè)角蛋白相關(guān)基因及多個(gè)與脂肪代謝相關(guān)的基因。GO功能主要富集在細(xì)胞組分中,包括中間絲、中間纖維細(xì)胞骨架、細(xì)胞骨架和角蛋...
【文章來源】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖3內(nèi)蒙古絨山羊不同毛長(zhǎng)分布圖??
?內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文?7_??圖4長(zhǎng)毛型和短毛型絨山羊??Fig.4?Long?and?short?hair?type?cashmere?goats[19J??注:左側(cè)為長(zhǎng)毛型絨山羊,右側(cè)為短毛型絨山羊。??李學(xué)武(2019)?[23,28,29]等進(jìn)一步研究毛被類型的遺傳規(guī)律,發(fā)現(xiàn)內(nèi)蒙古絨山羊??長(zhǎng)毛型個(gè)體的毛長(zhǎng)性狀具有較高的表型遺傳多樣性,其中長(zhǎng)毛型、中間型和短毛型??毛長(zhǎng)的遺傳力分別為0.22、0.16和0.11。并發(fā)現(xiàn)在三種毛被類型中,不同毛被類型??對(duì)其他重要經(jīng)濟(jì)性狀均有顯著性影響(表1),遺傳評(píng)估發(fā)現(xiàn)各性狀遺傳力和遺傳相??關(guān)也隨毛長(zhǎng)的增加而增加。其中長(zhǎng)毛型的毛和絨最細(xì),絨也最長(zhǎng),產(chǎn)絨量的表型值??最高,毛長(zhǎng)性狀遺傳力最高,且遺傳進(jìn)展最快,遺傳相關(guān)也最大。說明選擇長(zhǎng)毛型??個(gè)體能夠提高產(chǎn)絨量,增加羊絨長(zhǎng)度,降低羊絨細(xì)度。因此通過毛長(zhǎng)能對(duì)產(chǎn)絨量和??絨細(xì)等其他絨毛品質(zhì)性狀進(jìn)行間接選擇,可提高選育效率,并加速遺傳進(jìn)展。??表1不同毛被類型對(duì)其他重要經(jīng)濟(jì)性狀的方差分析??Table.?1?Variance?analysis?of?important?economic?traits?at?different?types?of?staple?Iength[231??^?性狀?短毛型?中間型?長(zhǎng)毛型?—??產(chǎn)絨量?864.11±191.01A?843.34±193.57c?845.55±205.81B ̄??毛細(xì)?67.60±6.91A?65.65±7.64B?62.62±6.33c??毛長(zhǎng)?9.99±1.89c?17.61±2.44B?24.10±1.84A??絨細(xì)?
的FPKM值|亞?|測(cè)序個(gè)體表型??\???I??I??加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)??篩選共表達(dá)模塊??,?1?,??基因表達(dá)模式分析j?|?GO富集分析1?[KEGG通路分析1?[基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)1?[蛋白互作網(wǎng)絡(luò)??fS(??篩選與不同毛被類型相關(guān)的候選基因??,?1?,??候選基因相對(duì)表達(dá)量驗(yàn)證?免疫組化技術(shù)??(qRT-PCR)?定位候選基因蛋白表達(dá)位點(diǎn)??V?^?^???J??解析內(nèi)蒙古絨山羊不同毛被類型相關(guān)基因及其分子機(jī)制??圖5技術(shù)路線圖??Fig.?5?The?technology?roadmap??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于WGCNA的馬鈴薯根系抗旱相關(guān)共表達(dá)模塊鑒定和核心基因發(fā)掘[J]. 秦天元,孫超,畢真真,梁文君,李鵬程,張俊蓮,白江平. 作物學(xué)報(bào). 2020(07)
[2]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析識(shí)別卵巢癌的特異性表達(dá)基因[J]. 連梅,鄒亦廬,陳劍鋒,陳杏婷,陳淑賢,郭玉佳. 臨床合理用藥雜志. 2019(35)
[3]利用WGCNA構(gòu)建與胃癌發(fā)展進(jìn)程相關(guān)的關(guān)鍵lncRNA網(wǎng)絡(luò)[J]. 阮班來,王桂玲. 解剖科學(xué)進(jìn)展. 2019(06)
[4]利用WGCNA鑒定玉米株高和穗位高基因共表達(dá)模塊[J]. 馬娟,曹言勇,王利鋒,李晶晶,王浩,范艷萍,李會(huì)勇. 作物學(xué)報(bào). 2020(03)
[5]蘇博美利奴羊毛囊發(fā)育相關(guān)lncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建[J]. 陳華峰,田可川,黃錫霞,阿布來提·蘇來曼,何軍敏,田月珍,徐新明,付雪峰,趙冰茹,朱樺,哈尼克孜·吐拉甫. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(19)
[6]我國(guó)絨山羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷程、現(xiàn)狀及展望[J]. 王宇翔. 現(xiàn)代畜牧獸醫(yī). 2019(07)
[7]FGF20、FGFR2和FGFR3在小鼠毛囊第一生長(zhǎng)周期的定位和差異表達(dá)[J]. 閆瑞琴,牛姝,吳晉強(qiáng),陸娜,張嬌嬌,吳佳豪,赫曉燕. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2019(05)
[8]常染色體隱性遺傳性羊毛狀發(fā)1例及基因突變研究[J]. 于聰,溫廣東,姚雪妍,徐宏俊,張建中,周城. 臨床皮膚科雜志. 2019(05)
[9]我國(guó)絨毛羊產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢(shì)與應(yīng)對(duì)策略[J]. 田可川. 飼料與畜牧. 2019(06)
[10]成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子FGF11、13、18對(duì)小鼠毛囊第一生長(zhǎng)周期作用的研究[J]. 曹校瑞,高淑媛,牛姝,程笳琪,赫曉燕. 中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2019(03)
博士論文
[1]內(nèi)蒙古絨山羊毛被類型遺傳規(guī)律及其對(duì)重要經(jīng)濟(jì)性狀間接選擇研究[D]. 李學(xué)武.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]不同毛被類型內(nèi)蒙古絨山羊皮膚毛囊周期性生長(zhǎng)及相關(guān)分子機(jī)理研究[D]. 范一星.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[3]綿羊角蛋白基因鑒定及毛用性狀關(guān)聯(lián)性研究[D]. 李文浩.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[4]通過權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定與膀胱癌病理特征及臨床預(yù)后相關(guān)的分子標(biāo)志物[D]. 舒博.武漢大學(xué) 2018
[5]成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子20對(duì)毛囊生長(zhǎng)、周期轉(zhuǎn)換及再生作用機(jī)制的研究[D]. 徐學(xué)剛.中國(guó)醫(yī)科大學(xué) 2018
[6]多組學(xué)研究揭示山羊高海拔適應(yīng)性及產(chǎn)絨性狀分子機(jī)制[D]. 宋伸.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[7]內(nèi)蒙古絨山羊胎兒期毛囊發(fā)生發(fā)育相關(guān)基因的篩選與鑒定[D]. 王樂樂.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[8]內(nèi)蒙古絨山羊絨毛品質(zhì)性狀早期選擇原理與方法的研究[D]. 王志英.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[9]新吉細(xì)毛羊和小尾寒羊的毛品質(zhì)性狀及皮膚轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 孫福亮.延邊大學(xué) 2016
[10]基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)灘羊卷曲被毛形成的分子機(jī)制研究[D]. 康曉龍.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
碩士論文
[1]褪黑激素對(duì)內(nèi)蒙古絨山羊毛囊生長(zhǎng)周期及Wnt10b、β-catenin基因表達(dá)的影響[D]. 穆卿.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]長(zhǎng)毛兔候選基因5’調(diào)控區(qū)多態(tài)性及其與產(chǎn)毛性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 張露.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[3]基于RNA-seq分析褪黑素對(duì)內(nèi)蒙古絨山羊毛囊發(fā)育相關(guān)基因表達(dá)的影響[D]. 王巖.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]KRT2基因在不同毛色羊駝皮膚中的表達(dá)及其對(duì)黑色素生成影響的研究[D]. 崔玉琮.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[5]阿勒泰羊毛絨品質(zhì)性狀及KRT36基因遺傳效應(yīng)分析[D]. 張敏.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[6]陸川豬皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及毛色決定分子機(jī)制初步分析[D]. 許鐘峯.廣西大學(xué) 2016
[7]中國(guó)美利奴羊(新疆型)KRT85、Notch2和ADAM9基因?qū)γ誀畹倪z傳效應(yīng)研究[D]. 迪麗娜熱·阿布都熱合曼.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[8]內(nèi)蒙古絨山羊不同毛被類型遺傳規(guī)律及其對(duì)重要經(jīng)濟(jì)性狀影響的研究[D]. 娜清.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[9]利用CRISPR-Cas9技術(shù)構(gòu)建FGF21基因敲除小鼠及其對(duì)毛發(fā)生長(zhǎng)的作用研究[D]. 張平.內(nèi)蒙古大學(xué) 2016
[10]Wnt5a和FGF4基因?qū)Z毛囊及羽毛發(fā)育影響的研究[D]. 李瑤.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號(hào):3460737
【文章來源】:內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)內(nèi)蒙古自治區(qū)
【文章頁數(shù)】:81 頁
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【部分圖文】:
圖3內(nèi)蒙古絨山羊不同毛長(zhǎng)分布圖??
?內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)碩士學(xué)位論文?7_??圖4長(zhǎng)毛型和短毛型絨山羊??Fig.4?Long?and?short?hair?type?cashmere?goats[19J??注:左側(cè)為長(zhǎng)毛型絨山羊,右側(cè)為短毛型絨山羊。??李學(xué)武(2019)?[23,28,29]等進(jìn)一步研究毛被類型的遺傳規(guī)律,發(fā)現(xiàn)內(nèi)蒙古絨山羊??長(zhǎng)毛型個(gè)體的毛長(zhǎng)性狀具有較高的表型遺傳多樣性,其中長(zhǎng)毛型、中間型和短毛型??毛長(zhǎng)的遺傳力分別為0.22、0.16和0.11。并發(fā)現(xiàn)在三種毛被類型中,不同毛被類型??對(duì)其他重要經(jīng)濟(jì)性狀均有顯著性影響(表1),遺傳評(píng)估發(fā)現(xiàn)各性狀遺傳力和遺傳相??關(guān)也隨毛長(zhǎng)的增加而增加。其中長(zhǎng)毛型的毛和絨最細(xì),絨也最長(zhǎng),產(chǎn)絨量的表型值??最高,毛長(zhǎng)性狀遺傳力最高,且遺傳進(jìn)展最快,遺傳相關(guān)也最大。說明選擇長(zhǎng)毛型??個(gè)體能夠提高產(chǎn)絨量,增加羊絨長(zhǎng)度,降低羊絨細(xì)度。因此通過毛長(zhǎng)能對(duì)產(chǎn)絨量和??絨細(xì)等其他絨毛品質(zhì)性狀進(jìn)行間接選擇,可提高選育效率,并加速遺傳進(jìn)展。??表1不同毛被類型對(duì)其他重要經(jīng)濟(jì)性狀的方差分析??Table.?1?Variance?analysis?of?important?economic?traits?at?different?types?of?staple?Iength[231??^?性狀?短毛型?中間型?長(zhǎng)毛型?—??產(chǎn)絨量?864.11±191.01A?843.34±193.57c?845.55±205.81B ̄??毛細(xì)?67.60±6.91A?65.65±7.64B?62.62±6.33c??毛長(zhǎng)?9.99±1.89c?17.61±2.44B?24.10±1.84A??絨細(xì)?
的FPKM值|亞?|測(cè)序個(gè)體表型??\???I??I??加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析(WGCNA)??篩選共表達(dá)模塊??,?1?,??基因表達(dá)模式分析j?|?GO富集分析1?[KEGG通路分析1?[基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)1?[蛋白互作網(wǎng)絡(luò)??fS(??篩選與不同毛被類型相關(guān)的候選基因??,?1?,??候選基因相對(duì)表達(dá)量驗(yàn)證?免疫組化技術(shù)??(qRT-PCR)?定位候選基因蛋白表達(dá)位點(diǎn)??V?^?^???J??解析內(nèi)蒙古絨山羊不同毛被類型相關(guān)基因及其分子機(jī)制??圖5技術(shù)路線圖??Fig.?5?The?technology?roadmap??
【參考文獻(xiàn)】:
期刊論文
[1]基于WGCNA的馬鈴薯根系抗旱相關(guān)共表達(dá)模塊鑒定和核心基因發(fā)掘[J]. 秦天元,孫超,畢真真,梁文君,李鵬程,張俊蓮,白江平. 作物學(xué)報(bào). 2020(07)
[2]基于加權(quán)基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)分析識(shí)別卵巢癌的特異性表達(dá)基因[J]. 連梅,鄒亦廬,陳劍鋒,陳杏婷,陳淑賢,郭玉佳. 臨床合理用藥雜志. 2019(35)
[3]利用WGCNA構(gòu)建與胃癌發(fā)展進(jìn)程相關(guān)的關(guān)鍵lncRNA網(wǎng)絡(luò)[J]. 阮班來,王桂玲. 解剖科學(xué)進(jìn)展. 2019(06)
[4]利用WGCNA鑒定玉米株高和穗位高基因共表達(dá)模塊[J]. 馬娟,曹言勇,王利鋒,李晶晶,王浩,范艷萍,李會(huì)勇. 作物學(xué)報(bào). 2020(03)
[5]蘇博美利奴羊毛囊發(fā)育相關(guān)lncRNA與mRNA共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建[J]. 陳華峰,田可川,黃錫霞,阿布來提·蘇來曼,何軍敏,田月珍,徐新明,付雪峰,趙冰茹,朱樺,哈尼克孜·吐拉甫. 中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué). 2019(19)
[6]我國(guó)絨山羊產(chǎn)業(yè)發(fā)展歷程、現(xiàn)狀及展望[J]. 王宇翔. 現(xiàn)代畜牧獸醫(yī). 2019(07)
[7]FGF20、FGFR2和FGFR3在小鼠毛囊第一生長(zhǎng)周期的定位和差異表達(dá)[J]. 閆瑞琴,牛姝,吳晉強(qiáng),陸娜,張嬌嬌,吳佳豪,赫曉燕. 動(dòng)物醫(yī)學(xué)進(jìn)展. 2019(05)
[8]常染色體隱性遺傳性羊毛狀發(fā)1例及基因突變研究[J]. 于聰,溫廣東,姚雪妍,徐宏俊,張建中,周城. 臨床皮膚科雜志. 2019(05)
[9]我國(guó)絨毛羊產(chǎn)業(yè)現(xiàn)狀及發(fā)展趨勢(shì)與應(yīng)對(duì)策略[J]. 田可川. 飼料與畜牧. 2019(06)
[10]成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子FGF11、13、18對(duì)小鼠毛囊第一生長(zhǎng)周期作用的研究[J]. 曹校瑞,高淑媛,牛姝,程笳琪,赫曉燕. 中國(guó)獸醫(yī)雜志. 2019(03)
博士論文
[1]內(nèi)蒙古絨山羊毛被類型遺傳規(guī)律及其對(duì)重要經(jīng)濟(jì)性狀間接選擇研究[D]. 李學(xué)武.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[2]不同毛被類型內(nèi)蒙古絨山羊皮膚毛囊周期性生長(zhǎng)及相關(guān)分子機(jī)理研究[D]. 范一星.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[3]綿羊角蛋白基因鑒定及毛用性狀關(guān)聯(lián)性研究[D]. 李文浩.甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué) 2019
[4]通過權(quán)重基因共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)鑒定與膀胱癌病理特征及臨床預(yù)后相關(guān)的分子標(biāo)志物[D]. 舒博.武漢大學(xué) 2018
[5]成纖維細(xì)胞生長(zhǎng)因子20對(duì)毛囊生長(zhǎng)、周期轉(zhuǎn)換及再生作用機(jī)制的研究[D]. 徐學(xué)剛.中國(guó)醫(yī)科大學(xué) 2018
[6]多組學(xué)研究揭示山羊高海拔適應(yīng)性及產(chǎn)絨性狀分子機(jī)制[D]. 宋伸.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[7]內(nèi)蒙古絨山羊胎兒期毛囊發(fā)生發(fā)育相關(guān)基因的篩選與鑒定[D]. 王樂樂.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[8]內(nèi)蒙古絨山羊絨毛品質(zhì)性狀早期選擇原理與方法的研究[D]. 王志英.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[9]新吉細(xì)毛羊和小尾寒羊的毛品質(zhì)性狀及皮膚轉(zhuǎn)錄組學(xué)研究[D]. 孫福亮.延邊大學(xué) 2016
[10]基于轉(zhuǎn)錄組學(xué)灘羊卷曲被毛形成的分子機(jī)制研究[D]. 康曉龍.中國(guó)農(nóng)業(yè)大學(xué) 2013
碩士論文
[1]褪黑激素對(duì)內(nèi)蒙古絨山羊毛囊生長(zhǎng)周期及Wnt10b、β-catenin基因表達(dá)的影響[D]. 穆卿.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[2]長(zhǎng)毛兔候選基因5’調(diào)控區(qū)多態(tài)性及其與產(chǎn)毛性狀的關(guān)聯(lián)分析[D]. 張露.山東農(nóng)業(yè)大學(xué) 2018
[3]基于RNA-seq分析褪黑素對(duì)內(nèi)蒙古絨山羊毛囊發(fā)育相關(guān)基因表達(dá)的影響[D]. 王巖.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[4]KRT2基因在不同毛色羊駝皮膚中的表達(dá)及其對(duì)黑色素生成影響的研究[D]. 崔玉琮.山西農(nóng)業(yè)大學(xué) 2017
[5]阿勒泰羊毛絨品質(zhì)性狀及KRT36基因遺傳效應(yīng)分析[D]. 張敏.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[6]陸川豬皮膚組織轉(zhuǎn)錄組測(cè)序及毛色決定分子機(jī)制初步分析[D]. 許鐘峯.廣西大學(xué) 2016
[7]中國(guó)美利奴羊(新疆型)KRT85、Notch2和ADAM9基因?qū)γ誀畹倪z傳效應(yīng)研究[D]. 迪麗娜熱·阿布都熱合曼.新疆農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[8]內(nèi)蒙古絨山羊不同毛被類型遺傳規(guī)律及其對(duì)重要經(jīng)濟(jì)性狀影響的研究[D]. 娜清.內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué) 2016
[9]利用CRISPR-Cas9技術(shù)構(gòu)建FGF21基因敲除小鼠及其對(duì)毛發(fā)生長(zhǎng)的作用研究[D]. 張平.內(nèi)蒙古大學(xué) 2016
[10]Wnt5a和FGF4基因?qū)Z毛囊及羽毛發(fā)育影響的研究[D]. 李瑤.吉林農(nóng)業(yè)大學(xué) 2014
本文編號(hào):3460737
本文鏈接:http://sikaile.net/yixuelunwen/dongwuyixue/3460737.html
最近更新
教材專著