本研究基于數(shù)量性狀基因座（quantitative trait locus,QTL）對(duì)太湖流域地方品種關(guān)于豬支原體肺炎（mycoplasmal pneumonia of swine,MPS）的遺傳機(jī)制展開了三個(gè)層面的研究:（1）MPS候選基因分析。借助語義相似性分析、通路分析、富集分析等對(duì)MPS相關(guān)QTL進(jìn)行篩選與生物學(xué)注釋,輔以文本挖掘手段,找出相關(guān)基因以建立豬支原體肺炎候選基因集（MPSgdb）;（2）MPS與經(jīng)濟(jì)性狀的相關(guān)。根據(jù)MPSgdb及豬QTL數(shù)據(jù)庫,利用生物信息學(xué)工具分析MPS可能影響的經(jīng)濟(jì)性狀及其調(diào)控網(wǎng)絡(luò)、作用通路等,找到潛在多效基因;（3）MPS的品種間差異。利用實(shí)驗(yàn)室的簡(jiǎn)化基因組測(cè)序方法（genotyping by genome reducing and sequencing,GGRS）測(cè)定數(shù)據(jù),觀察太湖群體與西方群體在MPS候選基因及多效基因的基因頻率是否存在顯著差異,從而找到造成品種差異的關(guān)鍵位點(diǎn),完成候選基因的群體水平驗(yàn)證。研究目的在于利用相關(guān)理論與研究成果指導(dǎo)實(shí)際生產(chǎn)、提高生產(chǎn)效率、優(yōu)化抗病育種,同時(shí)也為太湖流域地方品種罹患MPS較為嚴(yán)重的情況尋找歷史依據(jù)。... 

【文章來源】：上海交通大學(xué)上海市 211工程院校 985工程院校 教育部直屬院校

【文章頁數(shù)】：84 頁

【學(xué)位級(jí)別】：碩士

【部分圖文】：

豬QTL數(shù)據(jù)庫與外部公共數(shù)據(jù)庫連接的概念結(jié)構(gòu)圖

第三章 MPS 與經(jīng)濟(jì)性狀的相關(guān)搭載效應(yīng)(hitchhikingeffect)是一種遺傳進(jìn)化機(jī)制，是指受選位點(diǎn)周圍的中性或者近中性位點(diǎn)會(huì)隨受選位點(diǎn)的頻率提高而提高頻率的現(xiàn)象。在搭載效應(yīng)中，攜帶受選等位基因的單倍型的頻率會(huì)迅速升高，從而導(dǎo)致受選位點(diǎn)周圍區(qū)域發(fā)生強(qiáng)烈的連鎖不平衡[53]。由于生產(chǎn)、經(jīng)濟(jì)等需要，在對(duì)物種的人工選擇過程中，通常會(huì)對(duì)一些重要的經(jīng)濟(jì)性狀進(jìn)行選擇，比如太湖流域地方品種的繁殖力、肉質(zhì)、毛色、抗病等特性。那么在長(zhǎng)期的馴化過程中，這些經(jīng)過選擇的性狀特點(diǎn)就在群體中保留。從基因組結(jié)構(gòu)的角度，即某些控制重要經(jīng)濟(jì)性狀的基因組區(qū)段中極個(gè)別等位基因被選擇保留下來，從而導(dǎo)致某些基因座的遺傳多樣性顯著低于基因組的平均水平。同時(shí)，這種選擇作用會(huì)產(chǎn)生搭載效應(yīng)[54]（見圖 3-1）。因此，可以通過觀察某些基因組區(qū)段或基因座的多樣性是否顯著偏低，來判斷其附近是否存在控制重要經(jīng)濟(jì)性狀的基因或主效 QTL[54]。

圖 3-1 MPS 候選基因關(guān)系網(wǎng)絡(luò) 6Fig. 3-1 Network 6 of MPS candidate genes育、血液系統(tǒng)發(fā)育和功能、造血作用lar Development, Hematological System Development and Function,

【參考文獻(xiàn)】：
期刊論文
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博士論文
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碩士論文
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本文編號(hào)：3452163