水貂杯狀病毒SD1株的分離鑒定及序列分析
發(fā)布時(shí)間:2021-09-25 11:22
為分析水貂杯狀病毒中國(guó)分離株的遺傳特征,本研究于2018年在山東地區(qū)某水貂養(yǎng)殖場(chǎng)內(nèi)感染圓環(huán)病毒死亡的水貂中分離到1株水貂杯狀病毒(mink calicivirus, MCV),命名為SD1株,本研究對(duì)其進(jìn)行了PCR鑒定、電鏡觀察和遺傳演化分析。結(jié)果顯示,SD1株可在MDCK細(xì)胞上產(chǎn)生明顯細(xì)胞病變。電鏡觀察可見(jiàn)病毒粒子表面成楔形杯狀樣凹陷,無(wú)囊膜,具有杯狀病毒的形態(tài)特征。遺傳演化分析顯示,SD1株與2007年國(guó)內(nèi)2株MCV的同源性分別為92.0%和91.2%,為水瘡性病毒屬新成員;RdRp基因編碼的氨基酸序列比對(duì)分析顯示其相對(duì)保守,蛋白變異不大,而vp1基因推導(dǎo)的氨基酸序列比對(duì)分析顯示其變異較大,與國(guó)內(nèi)分離株(MF677852)相比存在47處替換,該變異是否會(huì)引起病毒致病力的改變有待進(jìn)一步解析。本研究為MCV流行株病原學(xué)研究提供參考,同時(shí)提示需重視MCV在水貂病毒感染中的作用。
【文章來(lái)源】:中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(11)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
病毒感染MDCK細(xì)胞產(chǎn)生的CPE(400×)
以提取的分離病毒RNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板,利用檢測(cè)引物擴(kuò)增MCV RdRp基因片段。結(jié)果顯示,PCR產(chǎn)物與預(yù)期大小相符(圖3)。以上述cDNA為模板,根據(jù)表1設(shè)計(jì)的5對(duì)引物分別擴(kuò)增MCV基因組各片段,克隆于T載體中,將PCR鑒定為陽(yáng)性的各重組質(zhì)粒測(cè)序,并將獲得的5段基因序列經(jīng)Seqman軟件拼接成全基因組序列,通過(guò)NCBI BLAST進(jìn)行比對(duì)。結(jié)果顯示,該序列與1株MCV全基因組序列同源性為92.0%,該結(jié)果表明分離病毒為MCV,并將其命名為SD1株。圖3 分離病毒的PCR鑒定
圖3 分離病毒的PCR鑒定
本文編號(hào):3409638
【文章來(lái)源】:中國(guó)獸醫(yī)學(xué)報(bào). 2020,40(11)北大核心CSCD
【文章頁(yè)數(shù)】:7 頁(yè)
【部分圖文】:
病毒感染MDCK細(xì)胞產(chǎn)生的CPE(400×)
以提取的分離病毒RNA反轉(zhuǎn)錄的cDNA為模板,利用檢測(cè)引物擴(kuò)增MCV RdRp基因片段。結(jié)果顯示,PCR產(chǎn)物與預(yù)期大小相符(圖3)。以上述cDNA為模板,根據(jù)表1設(shè)計(jì)的5對(duì)引物分別擴(kuò)增MCV基因組各片段,克隆于T載體中,將PCR鑒定為陽(yáng)性的各重組質(zhì)粒測(cè)序,并將獲得的5段基因序列經(jīng)Seqman軟件拼接成全基因組序列,通過(guò)NCBI BLAST進(jìn)行比對(duì)。結(jié)果顯示,該序列與1株MCV全基因組序列同源性為92.0%,該結(jié)果表明分離病毒為MCV,并將其命名為SD1株。圖3 分離病毒的PCR鑒定
圖3 分離病毒的PCR鑒定
本文編號(hào):3409638
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